Өндөр хүчин чадалтай генотипчлэл, ялангуяа том хэмжээний популяци нь генетикийн холбоо судлалын үндсэн алхам бөгөөд энэ нь функциональ генийг илрүүлэх, хувьслын шинжилгээ гэх мэт генетикийн үндсийг бүрдүүлдэг. Бүхэл геномын гүн дахин дараалал тогтоохын оронд геномын төлөөллийн дарааллыг багасгасан (RRGS) ) генетикийн маркер илрүүлэхэд боломжийн үр ашгийг хадгалахын зэрэгцээ нэг дээжийн дарааллын зардлыг багасгах зорилгоор нэвтрүүлсэн.Энэ нь ихэвчлэн багасгасан дүрслэлийн сан (RRL) гэж нэрлэгддэг өгөгдсөн хэмжээний хязгаарт хязгаарлалтын хэсгийг задлах замаар хийгддэг.Тодорхой байршилтай олшруулсан фрагментийн дараалал (SLAF-Seq) нь олон тооны популяциудад SNP-ийн генотип, SNP-ийг шинээр илрүүлэхэд зориулсан өөрөө боловсруулсан стратеги юм.
Техникийн ажлын урсгал
SLAF болон одоо байгаа RRL аргууд
SLAF-ийн давуу тал
Генийн тэмдэглэгээг илрүүлэх өндөр үр ашиг– SLAF-Seq нь өндөр бүтээмжтэй дэс дарааллын технологитой хослуулан, лавлагаа геномтой эсвэл лавлагаагүйгээр төрөл бүрийн судалгааны төслүүдийн хүсэлтийг биелүүлэхийн тулд бүхэл геномын дотор илрүүлсэн хэдэн зуун мянган тэмдэглэгээг гаргаж чадна.
Захиалгат, уян хатан туршилтын загвар– Судалгааны зорилго, төрөл зүйлийн хувьд нэг фермент, хос фермент, олон ферментийн задрал зэрэг ферментийн задралын өөр өөр стратеги байдаг.Ферментийн оновчтой загварыг баталгаажуулахын тулд хоол боловсруулах стратегийг цахиурт урьдчилан үнэлнэ.
Ферментийн боловсруулалтын өндөр үр ашигтай– Урьдчилан боловсруулсан ферментийн боловсруулалт нь хромосом дээр илүү жигд тархсан SLAF-ыг хангадаг.Фрагмент цуглуулах үр дүнтэй нь 95% -иас дээш үр дүнд хүрч чадна.
Дахин давтагдах дарааллаас зайлсхий– SLAF-Seq өгөгдлийн давталтын дарааллын хувь, ялангуяа улаан буудай, эрдэнэ шиш гэх мэт давтагдах элементүүдийн өндөр түвшинтэй зүйлүүдийн хувьд 5%-иас бага болж буурдаг.
Өөрөө боловсруулсан биоинформатик ажлын урсгал– BMK нь эцсийн гарцын найдвартай, үнэн зөв байдлыг хангах үүднээс SLAF-Seq технологид хамаарах био мэдээллийн нэгдсэн ажлын урсгалыг боловсруулсан.
SLAF-ийн хэрэглээ
Генетик холболтын зураг
Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)-ийн цэцгийн төрлийн шинж чанарыг хянах өндөр нягтралтай генетикийн зураглал, байршлыг тодорхойлох.
Сэтгүүл: Цэцэрлэгжүүлэлтийн судалгаа Нийтлэгдсэн: 2020.7
GWAS
Шар буурцгийн үрэнд агуулагдах изофавоны агууламжтай холбоотой нэр дэвшигч генийг геномын хүрээний холбоо, холбоосын зураглал ашиглан тодорхойлох.
Сэтгүүл: The Plant Journal Нийтэлсэн: 2020.08
Хувьслын генетик
Популяцийн геномын шинжилгээ ба де ново угсралт нь хогийн ургамалтай будааны гарал үүслийг хувьслын тоглоом болгон харуулж байна.
Сэтгүүл: Молекулын ургамал Нийтлэгдсэн: 2019.5
Бөөн тусгаарлах шинжилгээ (BSA)
Сульфотрансферазыг кодлодог GmST1 нь шар буурцгийн мозайк вирусын G2 ба G3 омгийг тэсвэрлэдэг.
Сэтгүүл: Ургамал, эс, хүрээлэн буй орчин Нийтлэгдсэн: 2021.04
Лавлагаа
Sun X, Liu D, Zhang X, нар.SLAF-Seq: өндөр бүтээмжтэй дараалал[J] ашиглан том хэмжээний SNP илрүүлэх, генотиплох үр дүнтэй арга.Plos one, 2013, 8(3):e58700
Дуу X, Xu Y, Gao K, нар.Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.)-ийн цэцгийн төрлийн шинж чанарыг хянах өндөр нягтралтай генетикийн зураглал, байршлыг тодорхойлох.Hortic Res.2020;7:108.
Ву Д, Ли Д, Жао Х, нар.Шар буурцгийн үр дэх изофлавоны агууламжтай холбоотой нэр дэвшигчийн генийг геномын өргөн хүрээний холбоо, холбоосын зураглалыг ашиглан тодорхойлох.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Популяцийн геномын шинжилгээ ба Де Ново ассемблэй нь хогийн ургамалтай будааны гарал үүслийг хувьслын тоглоом болгон илчилсэн.Мол үйлдвэр.2019;12(5):632-647.Мол үйлдвэр.2018;11(11):1360-1376.
Жао Х, Жин Ы, Луо З нар.Сульфотрансферазыг кодлодог GmST1 нь шар буурцгийн мозайк вирусын G2 ба G3 омгийг эсэргүүцэх чадвартай.Ургамлын эсийн орчин.2021;10.1111/х.14066
Шуудангийн цаг: 2022-01-04