ہائی تھرو پٹ جین ٹائپنگ، خاص طور پر بڑے پیمانے پر آبادی پر، جینیاتی ایسوسی ایشن اسٹڈیز میں ایک بنیادی قدم ہے، جو فعال جین کی دریافت، ارتقائی تجزیہ وغیرہ کے لیے جینیاتی بنیاد فراہم کرتا ہے۔ ) کو فی نمونہ ترتیب دینے کی لاگت کو کم کرنے کے لیے متعارف کرایا گیا ہے، جبکہ جینیاتی مارکر کی دریافت پر معقول کارکردگی کو برقرار رکھا گیا ہے۔یہ عام طور پر دی گئی سائز کی حد کے اندر پابندی کے ٹکڑے کو نکال کر حاصل کیا جاتا ہے، جسے کم نمائیندگی لائبریری (RRL) کا نام دیا گیا ہے۔مخصوص-لوکس ایمپلیفائیڈ فریگمنٹ سیکوینسنگ (SLAF-Seq) ڈی نوو SNP دریافت اور بڑی آبادی کی SNP جین ٹائپنگ کے لیے ایک خود ساختہ حکمت عملی ہے۔
تکنیکی ورک فلو
SLAF بمقابلہ موجودہ RRL طریقے
SLAF کے فوائد
اعلی جینیاتی مارکر کی دریافت کی کارکردگی- ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ ٹیکنالوجی کے ساتھ مل کر، SLAF-Seq پورے جینوم میں دریافت ہونے والے سیکڑوں ہزاروں ٹیگز حاصل کر سکتا ہے تاکہ متنوع تحقیقی منصوبوں کی درخواست کو پورا کیا جا سکے، یا تو حوالہ جینوم کے ساتھ یا اس کے بغیر۔
اپنی مرضی کے مطابق اور لچکدار تجرباتی ڈیزائن- مختلف تحقیقی اہداف یا انواع کے لیے، مختلف انزیمیٹک ہاضمے کی حکمت عملی دستیاب ہیں جن میں سنگل انزائم، ڈوئل انزائم اور ملٹی انزائم ہاضمہ شامل ہیں۔سلیکو میں ہاضمہ کی حکمت عملی کا پہلے سے جائزہ لیا جائے گا تاکہ ایک بہترین انزائم ڈیزائن کو یقینی بنایا جا سکے۔
انزیمیٹک عمل انہضام میں اعلی کارکردگی- پہلے سے ڈیزائن کردہ انزیمیٹک ہاضمہ کروموسوم پر زیادہ یکساں طور پر تقسیم شدہ SLAFs فراہم کرتا ہے۔ٹکڑا جمع کرنے کی کارکردگی 95 فیصد سے زیادہ حاصل کر سکتی ہے۔
دہرائی جانے والی ترتیب سے گریز کریں۔- SLAF-Seq ڈیٹا میں دہرائی جانے والی ترتیب کا فیصد کم کر کے 5% سے کم کر دیا گیا ہے، خاص طور پر ان انواع میں جن میں دہرائے جانے والے عناصر کی اعلی سطح ہے، جیسے کہ گندم، مکئی وغیرہ۔
خود تیار شدہ بایو انفارمیٹک ورک فلو- BMK نے حتمی آؤٹ پٹ کی وشوسنییتا اور درستگی کو یقینی بنانے کے لیے SLAF-Seq ٹیکنالوجی پر لاگو ایک مربوط بایو انفارمیٹک ورک فلو تیار کیا۔
SLAF کی درخواست
جینیاتی تعلق کا نقشہ
اعلی کثافت جینیاتی نقشے کی تعمیر اور کرسنتھیمم میں پھولوں کی قسم کی خصوصیات کو کنٹرول کرنے والی لوکی کی شناخت
جرنل: ہارٹیکلچر ریسرچ شائع شدہ: 2020.7
جی ڈبلیو اے ایس
جینوم وائڈ ایسوسی ایشن اور لنکج میپنگ کا استعمال کرتے ہوئے سویا بین کے بیجوں میں آئسوفاون مواد سے وابستہ امیدوار جین کی شناخت
جرنل: پلانٹ جرنل شائع ہوا: 2020.08
ارتقائی جینیات
آبادی کا جینومک تجزیہ اور ڈی نوو اسمبلی ایک ارتقائی کھیل کے طور پر گھاس کے چاول کی اصلیت کو ظاہر کرتی ہے۔
جریدہ: مالیکیولر پلانٹ شائع ہوا: 2019.5
بلکڈ سیگریگینٹ تجزیہ (BSA)
GmST1، جو ایک سلفوٹرانسفیریز کو انکوڈ کرتا ہے، سویا بین موزیک وائرس کے تناؤ G2 اور G3 کے خلاف مزاحمت فراہم کرتا ہے۔
جریدہ: پلانٹ، سیل اور ماحولیات شائع شدہ: 2021.04
حوالہ
سن ایکس، لیو ڈی، ژانگ ایکس، وغیرہ۔SLAF-Seq: بڑے پیمانے پر ڈی نووو SNP کی دریافت اور جین ٹائپنگ کا ایک موثر طریقہ ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کا استعمال کرتے ہوئے[J]۔پلس ایک، 2013، 8(3):e58700
گانا X، Xu Y، Gao K، et al.اعلی کثافت والے جینیاتی نقشے کی تعمیر اور کرسنتھیمم میں پھولوں کی قسم کی خصوصیات کو کنٹرول کرنے والی لوکی کی شناخت (کرسنتھیمم × موریفولیئم رمات۔)Hortic Res.2020؛ 7:108۔
وو ڈی، لی ڈی، ژاؤ ایکس، وغیرہ۔جینوم وائڈ ایسوسی ایشن اور لنکج میپنگ کا استعمال کرتے ہوئے سویا بین کے بیجوں میں isoflavone مواد سے وابستہ امیدوار جین کی شناخت۔پلانٹ جے 2020؛104(4): 950-963۔
سن جے، ما ڈی، تانگ ایل، وغیرہ۔آبادی کا جینومک تجزیہ اور ڈی نوو اسمبلی ایک ارتقائی کھیل کے طور پر ویڈی رائس کی اصلیت کو ظاہر کرتی ہے۔مول پلانٹ۔2019؛ 12(5):632-647۔مول پلانٹ۔2018;11(11):1360-1376۔
Zhao X، Jing Y، Luo Z، et al.GmST1، جو ایک سلفوٹرانسفیریز کو انکوڈ کرتا ہے، سویا بین موزیک وائرس کے تناؤ G2 اور G3 کے خلاف مزاحمت فراہم کرتا ہے۔پلانٹ سیل ماحولیات۔2021؛ 10.1111/pce.14066
پوسٹ ٹائم: جنوری-04-2022