يعد التنميط الجيني عالي الإنتاجية، خاصة على نطاق واسع من السكان، خطوة أساسية في دراسات الارتباط الجيني، والتي توفر الأساس الجيني لاكتشاف الجينات الوظيفية، والتحليل التطوري، وما إلى ذلك. بدلاً من إعادة تسلسل الجينوم الكامل العميق، يتم تقليل تسلسل الجينوم التمثيلي (RRGS) ) تم تقديمه لتقليل تكلفة التسلسل لكل عينة، مع الحفاظ على كفاءة معقولة في اكتشاف العلامات الجينية.يتم تحقيق ذلك عادة عن طريق استخراج جزء التقييد ضمن نطاق حجم معين، والذي يسمى مكتبة التمثيل المخفض (RRL).يعد تسلسل الأجزاء المضخم للمكان المحدد (SLAF-Seq) استراتيجية تم تطويرها ذاتيًا لاكتشاف de novo SNP والتنميط الجيني SNP لأعداد كبيرة من السكان.
سير العمل الفني
SLAF مقابل طرق RRL الحالية
مزايا SLAF
كفاءة أعلى في اكتشاف العلامات الجينية– بالاشتراك مع تقنية التسلسل عالية الإنتاجية، يمكن لـ SLAF-Seq تحقيق مئات الآلاف من العلامات المكتشفة داخل الجينوم بأكمله لتلبية طلب مشاريع بحثية متنوعة، إما مع أو بدون الجينوم المرجعي.
تصميم تجريبي مخصص ومرن– بالنسبة لأهداف أو أنواع بحثية مختلفة، تتوفر استراتيجيات مختلفة للهضم الأنزيمي بما في ذلك الهضم الإنزيمي الفردي والإنزيم المزدوج والهضم متعدد الإنزيمات.سيتم تقييم استراتيجية الهضم مسبقًا في السيليكو لضمان تصميم الإنزيم الأمثل.
كفاءة عالية في الهضم الأنزيمي- يوفر الهضم الأنزيمي المصمم مسبقًا SLAFs موزعة بالتساوي على الكروموسوم.كفاءة جمع الأجزاء يمكن أن تحقق أكثر من 95%.
تجنب التسلسل المتكرر– يتم تقليل نسبة التسلسل التكراري في بيانات SLAF-Seq إلى أقل من 5%، خاصة في الأنواع ذات المستوى العالي من العناصر المتكررة، مثل القمح والذرة وغيرها.
سير عمل المعلوماتية الحيوية المطور ذاتيًا- طورت BMK سير عمل متكامل للمعلومات الحيوية ينطبق على تقنية SLAF-Seq لضمان موثوقية ودقة المخرجات النهائية.
تطبيق SLAF
خريطة الروابط الوراثية
بناء خريطة وراثية عالية الكثافة وتحديد المواقع المتحكمة في صفات نوع الزهرة في نبات الأقحوان (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
المجلة: أبحاث البستنة تاريخ النشر: 2020.7
جواس
تحديد الجين المرشح المرتبط بمحتوى الأيسوفافون في بذور فول الصويا باستخدام الارتباط على مستوى الجينوم ورسم خرائط الارتباط
المجلة: مجلة النبات تاريخ النشر: 2020.08
الوراثة التطورية
يكشف التحليل الجينومي السكاني وتجميع دي نوفو عن أصل الأرز الحشائش كلعبة تطورية
المجلة: Molecular Plant تاريخ النشر: 2019.5
التحليل المنفصل المجمع (BSA)
GmST1، الذي يشفر ناقلة الكبريت، يمنح مقاومة لسلالات فيروس فسيفساء فول الصويا G2 وG3
المجلة: النبات والخلية والبيئة تاريخ النشر: 2021.04
مرجع
صن إكس، ليو د، تشانغ إكس، وآخرون.SLAF-Seq: طريقة فعالة لاكتشاف دي نوفو SNP على نطاق واسع والتنميط الجيني باستخدام التسلسل عالي الإنتاجية [J].بلوس واحد، 2013، 8 (3): e58700
سونغ إكس، شو واي، جاو ك، وآخرون.بناء خريطة وراثية عالية الكثافة وتحديد المواقع التي تتحكم في سمات نوع الزهرة في الأقحوان (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).هورتيك الدقة.2020;7:108.
وو د، لي د، تشاو إكس، وآخرون.تحديد الجين المرشح المرتبط بمحتوى الايسوفلافون في بذور فول الصويا باستخدام الارتباط على نطاق الجينوم ورسم خرائط الارتباط.مصنع J.2020؛104(4): 950-963.
صن جي، ما دي، تانغ إل، وآخرون.يكشف تحليل الجينوم السكاني وجمعية دي نوفو عن أصل الأرز العشبي باعتباره لعبة تطورية.نبات مول.2019;12(5):632-647.نبات مول.2018;11(11):1360-1376.
تشاو إكس، جينغ واي، لوه زي، وآخرون.GmST1، الذي يشفر ناقلة الكبريت، يمنح مقاومة لسلالات فيروس فسيفساء فول الصويا G2 وG3.بيئة الخلية النباتية.2021;10.1111/pce.14066
وقت النشر: 04 يناير 2022