A nagy áteresztőképességű genotipizálás, különösen nagyméretű populáción, a genetikai asszociációs vizsgálatok alapvető lépése, amely genetikai alapot biztosít a funkcionális génfelfedezéshez, evolúciós elemzéshez stb. A teljes genom mélyreható újraszekvenálása helyett csökkentett reprezentációs genomszekvenálás (RRGS) ).Ezt általában úgy érik el, hogy a restrikciós fragmenst egy adott mérettartományon belül extrahálják, amelyet redukált reprezentációs könyvtárnak (RRL) neveznek.A specifikus lókusz amplifikált fragmens szekvenálás (SLAF-Seq) egy saját fejlesztésű stratégia nagy populációk de novo SNP felfedezésére és SNP genotipizálására.
Műszaki munkafolyamat
SLAF vs meglévő RRL metódusok
A SLAF előnyei
Magasabb genetikai marker felfedezési hatékonyság– A nagy áteresztőképességű szekvenálási technológiával kombinálva az SLAF-Seq több százezer címkét képes elérni a teljes genomban, hogy teljesítse a különböző kutatási projektek kérését, akár referencia genommal, akár anélkül.
Testreszabott és rugalmas kísérleti tervezés– Különböző kutatási célokhoz vagy fajokhoz különböző enzimatikus emésztési stratégiák állnak rendelkezésre, beleértve az egyenzimes, kettős enzimes és többenzimes emésztést.Az emésztési stratégiát in silico előre kiértékelik az optimális enzimkialakítás biztosítása érdekében.
Nagy hatékonyság az enzimes emésztésben– Az előre megtervezett enzimatikus emésztés egyenletesebb eloszlást biztosít a kromoszómákon.A töredékgyűjtés hatékonysága elérheti a 95%-ot is.
Kerülje az ismétlődő sorozatokat– Az ismétlődő szekvenciák százalékos aránya az SLAF-Seq adatokban 5% alá csökken, különösen azoknál a fajoknál, amelyekben magas az ismétlődő elemek szintje, mint például a búza, a kukorica stb.
Saját fejlesztésű bioinformatikai munkafolyamat– A BMK a SLAF-Seq technológiára alkalmazható integrált bioinformatikai munkafolyamatot dolgozott ki a végső kimenet megbízhatóságának és pontosságának biztosítása érdekében.
SLAF alkalmazása
Genetikai kapcsolódási térkép
Nagy sűrűségű genetikai térkép készítése és a krizantém (Chrysanthemum x morifolium Ramat.) virágtípus tulajdonságait szabályozó lókuszok azonosítása
Folyóirat: Kertészeti Kutatás Megjelenés: 2020.7
GWAS
A szójabab magvak izofavon tartalmához kapcsolódó génjelölt azonosítása genomszintű asszociációs és kapcsolódási térképezés segítségével
Folyóirat: The Plant Journal Megjelenés: 2020.08
Evolúciós genetika
A populációs genomikai elemzés és a de novo összeállítás felfedi a gyomos rizs, mint evolúciós játék eredetét
Folyóirat: Molecular Plant Megjelenés: 2019.5
Tömeges szegregáns elemzés (BSA)
A szulfotranszferázt kódoló GmST1 rezisztenciát biztosít a szójabab mozaikvírus G2 és G3 törzseivel szemben.
Folyóirat: Plant, Cell&Environment Megjelenés: 2021.04
Referencia
Sun X, Liu D, Zhang X és mtsai.SLAF-Seq: hatékony módszer nagyléptékű de novo SNP felfedezésre és genotipizálásra nagy áteresztőképességű szekvenálás segítségével[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K és mások.Nagy sűrűségű genetikai térkép készítése és a krizantém (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) virágtípus tulajdonságait szabályozó lókuszok azonosítása.Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X és mtsai.A szójabab magvak izoflavontartalmával kapcsolatos jelölt gén azonosítása genomszintű asszociációs és kapcsolódási térképezés segítségével.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L és munkatársai.A populációgenomikai elemzés és a De Novo Assembly feltárja a Weedy Rice, mint evolúciós játék eredetét.Mol üzem.2019;12(5):632-647.Mol üzem.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z és mások.A szulfotranszferázt kódoló GmST1 rezisztenciát biztosít a szójabab mozaikvírus G2 és G3 törzseivel szemben.Növényi sejt környezet.2021;10.1111/db.14066
Feladás időpontja: 2022-04-04