Genotiparea cu randament ridicat, în special pe populația la scară largă, este un pas fundamental în studiile de asociere genetică, care oferă o bază genetică pentru descoperirea genelor funcționale, analiza evolutivă etc. În loc de resecvențierea profundă a întregului genom, secvențierea genomului cu reprezentare redusă (RRGS ) este introdus pentru a minimiza costul de secvențiere per probă, menținând în același timp eficiența rezonabilă în descoperirea markerilor genetici.Acest lucru se realizează în mod obișnuit prin extragerea fragmentului de restricție în intervalul de dimensiuni dat, care este numit bibliotecă de reprezentare redusă (RRL).Secvențierea fragmentelor amplificate cu locus specific (SLAF-Seq) este o strategie dezvoltată de sine pentru descoperirea de novo a SNP și genotiparea SNP a populațiilor mari.
Fluxul de lucru tehnic
SLAF vs metodele RRL existente
Avantajele SLAF
Eficiență mai mare a descoperirii markerilor genetici- Combinat cu tehnologia de secvențiere de mare debit, SLAF-Seq ar putea realiza sute de mii de etichete descoperite în întregul genom pentru a îndeplini cererea diverselor proiecte de cercetare, fie cu sau fără un genom de referință.
Design experimental personalizat și flexibil– Pentru diferite scopuri de cercetare sau specii, sunt disponibile diferite strategii de digestie enzimatică, inclusiv digestia cu o singură enzimă, cu două enzime și cu mai multe enzime.Strategia de digestie va fi pre-evaluată in silico pentru a asigura un design optim al enzimei.
Eficiență ridicată în digestia enzimatică- Digestia enzimatică pre-proiectată oferă SLAF-uri mai uniform distribuite pe cromozomi.Colectarea eficientă a fragmentelor poate atinge peste 95%.
Evitați secvența repetitivă– Procentul de secvență repetitivă în datele SLAF-Seq este redus la mai puțin de 5%, în special la speciile cu nivel ridicat de elemente repetitive, cum ar fi grâul, porumbul etc.
Flux de lucru bioinformatic auto-dezvoltat– BMK a dezvoltat un flux de lucru bioinformatic integrat aplicabil tehnologiei SLAF-Seq pentru a asigura fiabilitatea și acuratețea rezultatului final.
Aplicarea SLAF
Harta legăturii genetice
Construirea hărții genetice de înaltă densitate și identificarea locilor care controlează trăsăturile de tip flori la Crizantema (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jurnal: Cercetare în horticultură Publicat: 2020.7
GWAS
Identificarea unei gene candidate asociată cu conținutul de izofavone din semințele de soia utilizând asocierea la nivelul întregului genom și maparea legăturilor
Jurnal: The Plant Journal Publicat: 2020.08
Genetica evoluționistă
Analiza genomică a populației și asamblarea de novo dezvăluie originea orezului cu buruieni ca joc evolutiv
Jurnal: Molecular Plant Publicat: 2019.5
Analiza segregant în bloc (BSA)
GmST1, care codifică o sulfotransferază, conferă rezistență la tulpinile de virusul mozaicului de soia G2 și G3
Jurnal: Plant, Cell&Environment Publicat: 2021.04
Referinţă
Sun X, Liu D, Zhang X și colab.SLAF-Seq: o metodă eficientă de descoperire și genotipizare a SNP de novo la scară largă folosind secvențierea de mare debit [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K și colab.Construirea hărții genetice de înaltă densitate și identificarea locilor care controlează trăsăturile de tip flori la Crizantema (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X și colab.Identificarea unei gene candidate asociată cu conținutul de izoflavone din semințele de soia folosind asocierea la nivelul întregului genom și maparea legăturii.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L și colab.Analiza genomică a populației și adunarea De Novo dezvăluie Originea orezului cu buruieni ca joc evolutiv.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z și colab.GmST1, care codifică o sulfotransferază, conferă rezistență la tulpinile G2 și G3 de virusul mozaicului de soia.Mediul celulelor vegetale.2021;10.1111/buc.14066
Ora postării: 04-ian-2022