Gjenotipizimi me performancë të lartë, veçanërisht në popullatën në shkallë të gjerë, është një hap themelor në studimet e asociacionit gjenetik, i cili siguron bazën gjenetike për zbulimin funksional të gjenit, analizën evolucionare, etj. Në vend të risekuencës së thellë të të gjithë gjenomit, sekuenca e reduktuar e përfaqësimit të gjenomit (RRGS ) është futur për të minimizuar koston e renditjes për mostër, duke ruajtur efikasitetin e arsyeshëm në zbulimin e shënuesve gjenetikë.Kjo zakonisht arrihet duke nxjerrë fragmentin kufizues brenda diapazonit të caktuar të madhësisë, i cili quhet bibliotekë e reduktuar e përfaqësimit (RRL).Sekuenca e fragmenteve të përforcuara me vendndodhje specifike (SLAF-Seq) është një strategji e zhvilluar vetë për zbulimin de novo të SNP dhe gjenotipizimin e SNP të popullatave të mëdha.
Rrjedha teknike e punës
SLAF vs metodat ekzistuese RRL
Përparësitë e SLAF
Efikasitet më i lartë i zbulimit të shënuesve gjenetikë– I kombinuar me teknologjinë e renditjes me performancë të lartë, SLAF-Seq mund të arrijë qindra mijëra etiketa të zbuluara brenda gjithë gjenomit për të përmbushur kërkesën e projekteve të ndryshme kërkimore, me ose me një gjenom referencë.
Dizajn eksperimental i personalizuar dhe fleksibël– Për qëllime ose specie të ndryshme kërkimore, ekzistojnë strategji të ndryshme të tretjes enzimatike, duke përfshirë tretjen me një enzimë, me dy enzimë dhe me shumë enzima.Strategjia e tretjes do të paravlerësohet në silikon për të siguruar një dizajn optimal të enzimës.
Efikasitet i lartë në tretjen enzimatike– Tretja enzimatike e para-projektuar siguron SLAF të shpërndara në mënyrë më të barabartë në kromozom.Efikasiteti i mbledhjes së fragmenteve mund të arrijë mbi 95%.
Shmangni sekuencën e përsëritur– Përqindja e sekuencës përsëritëse në të dhënat SLAF-Seq zvogëlohet në më pak se 5%, veçanërisht në speciet me nivel të lartë të elementeve përsëritëse, si gruri, misri, etj.
Rrjedha e punës bioinformatike e zhvilluar vetë– BMK zhvilloi një rrjedhë pune të integruar bioinformatike të zbatueshme për teknologjinë SLAF-Seq për të siguruar besueshmërinë dhe saktësinë e rezultatit përfundimtar.
Aplikimi i SLAF
Harta e lidhjes gjenetike
Ndërtimi i hartës gjenetike me densitet të lartë dhe identifikimi i vendndodhjeve që kontrollojnë tiparet e tipit të luleve në Krizantemë (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Revista: Hulumtimi i Hortikulturës Publikuar: 2020.7
GWAS
Identifikimi i një gjeni kandidat të lidhur me përmbajtjen e izofavonit në farat e sojës duke përdorur lidhjen e gjenomit dhe hartën e lidhjes
Revista: The Plant Journal Publikuar: 2020.08
Gjenetika Evolucionare
Analiza gjenomike e popullsisë dhe montimi de novo zbulojnë origjinën e orizit të egër si një lojë evolucionare
Revista: Molecular Plant Publikuar: 2019.5
Analiza e ndarë në masë (BSA)
GmST1, e cila kodon një sulfotransferazë, jep rezistencë ndaj shtameve të virusit të mozaikut të sojës G2 dhe G3
Revista: Bimë, Qelizë dhe Mjedis Publikuar: 2021.04
Referenca
Sun X, Liu D, Zhang X, etj.SLAF-Seq: një metodë efikase e zbulimit dhe gjenotipizimit de novo të SNP-së në shkallë të gjerë duke përdorur sekuencën me performancë të lartë[J].Plos one, 2013, 8 (3): e58700
Kënga X, Xu Y, Gao K, etj.Ndërtimi i hartës gjenetike me densitet të lartë dhe identifikimi i lokacioneve që kontrollojnë tiparet e tipit të luleve në Krizantemë (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, etj.Identifikimi i një gjeni kandidat të lidhur me përmbajtjen e izoflavonit në farat e sojës duke përdorur lidhjen e gjenomit dhe hartën e lidhjes.Fabrika J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, etj.Analiza gjenomike e popullsisë dhe Asambleja De Novo zbulojnë origjinën e orizit Weedy si një lojë evolucionare.Bima mol.2019; 12 (5): 632-647.Bima mol.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, etj.GmST1, e cila kodon një sulfotransferazë, jep rezistencë ndaj shtameve të virusit të mozaikut të sojës G2 dhe G3.Mjedisi i qelizave bimore.2021;10.1111/pce.14066
Koha e postimit: Jan-04-2022