Жоғары өнімді генотиптеу, әсіресе кең ауқымды популяцияда, генетикалық ассоциацияны зерттеудегі іргелі қадам болып табылады, ол гендердің функционалды ашылуына, эволюциялық талдауына және т.б. үшін генетикалық негізді қамтамасыз етеді. Терең тұтас геномды қайта секвенирлеудің орнына, геномды секвенирлеуді қысқарту (RRGS) ) генетикалық маркерді ашудың ақылға қонымды тиімділігін сақтай отырып, бір үлгідегі реттілік құнын азайту үшін енгізілген.Бұған әдетте қысқартылған өкілдік кітапханасы (RRL) деп аталатын берілген өлшем ауқымында шектеу фрагментін шығару арқылы қол жеткізіледі.Спецификалық локусты күшейтілген фрагменттерді секвенирлеу (SLAF-Seq) - бұл жаңадан SNP ашу және үлкен популяциялардың SNP генотипін анықтау үшін өздігінен әзірленген стратегия.
Техникалық жұмыс барысы
SLAF және бар RRL әдістері
SLAF артықшылықтары
Генетикалық маркерді ашу тиімділігі жоғары– Жоғары өнімді секвенирлеу технологиясымен біріктірілген SLAF-Seq анықтамалық геномы бар немесе онсыз әртүрлі зерттеу жобаларының сұранысын орындау үшін бүкіл геномда табылған жүздеген мың белгілерге қол жеткізе алады.
Реттелетін және икемді эксперименттік дизайн– Әртүрлі зерттеу мақсаты немесе түрлері үшін бір ферментті, қос ферментті және көп ферментті ас қорытуды қоса алғанда, әртүрлі ферментативті ас қорыту стратегиялары қол жетімді.Оңтайлы фермент дизайнын қамтамасыз ету үшін ас қорыту стратегиясы кремнийде алдын ала бағаланады.
Ферменттік ас қорытудағы жоғары тиімділік– Алдын ала жобаланған ферментативті ас қорыту хромосомадағы SLAF біркелкі бөлінгенін қамтамасыз етеді.Фрагменттерді жинаудың тиімділігі 95%-дан асады.
Қайталанатын реттіліктен аулақ болыңыз– SLAF-Seq деректеріндегі қайталанатын реттілік пайызы, әсіресе бидай, жүгері және т.б. сияқты қайталанатын элементтердің деңгейі жоғары түрлерде 5%-дан төменге дейін төмендейді.
Өздігінен әзірленген биоинформатикалық жұмыс процесі– BMK соңғы өнімнің сенімділігі мен дәлдігін қамтамасыз ету үшін SLAF-Seq технологиясына қолданылатын интеграцияланған биоинформатикалық жұмыс процесін әзірледі.
SLAF қолдану
Генетикалық байланыс картасы
Хризантемадағы (Хризантема x morifolium Ramat.) жоғары тығыздықтағы генетикалық картаны құру және гүл типті белгілерді бақылайтын локустарды анықтау.
Журнал: Бағбандық зерттеулері жарияланған: 2020.7
GWAS
Геномды біріктіру және байланыс картасын қолдану арқылы соя тұқымдарындағы изофавон мазмұнымен байланысты кандидат генін анықтау
Журнал: The Plant Journal Жарияланды: 2020.08
Эволюциялық генетика
Популяциялық геномдық талдау және жаңа құрастыру эволюциялық ойын ретінде арамшөпті күріштің пайда болуын көрсетеді.
Журнал: Molecular Plant Жарияланды: 2019.5
Жаппай бөлінген талдау (BSA)
Сульфотрансферазаны кодтайтын GmST1 соя мозаикалық вирусының G2 және G3 штамдарына төзімділік береді.
Журнал: Plant, Cell & Environment Жарияланды: 2021.04
Анықтама
Sun X, Liu D, Zhang X, т.б.SLAF-Seq: кең ауқымды де жаңа SNP ашудың тиімді әдісі және жоғары өткізу қабілеттілігі секвенирлеу [J] арқылы генотиптеу.Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, т.б.Хризантемадағы (Хризантема × morifolium Ramat.) гүл типті белгілерді бақылайтын локустарды анықтау және жоғары тығыздықтағы генетикалық карта құру.Hortic Res.2020;7:108.
Ву Д, Ли Д, Чжао Х және т.б.Соя тұқымдарындағы изофлавон мазмұнымен байланысты кандидат генін геномдық ассоцияция мен байланыс картасын қолдану арқылы анықтау.Зауыт J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L және т.б.Популяциялық геномдық талдау және Де Ново Ассамблеясы арамшөпті күріштің шығу тегін эволюциялық ойын ретінде көрсетеді.Моль зауыты.2019;12(5):632-647.Моль зауыты.2018;11(11):1360-1376.
Чжао Х, Цзин Ы, Луо Ц және т.б.Сульфотрансферазаны кодтайтын GmST1 соя мозаикалық вирусының G2 және G3 штамдарына төзімділік береді.Өсімдік жасушасының ортасы.2021;10.1111/бет.14066
Жіберу уақыты: 04.04.2022 ж