Visoko zmogljivo genotipiziranje, zlasti na obsežni populaciji, je temeljni korak v študijah genetskih asociacij, ki zagotavlja genetsko osnovo za funkcionalno odkrivanje genov, evolucijsko analizo itd. Namesto globokega ponovnega sekvenciranja celotnega genoma je sekvenciranje genoma z zmanjšano reprezentacijo (RRGS ) je uveden za zmanjšanje stroškov sekvenciranja na vzorec, hkrati pa ohranja razumno učinkovitost pri odkrivanju genetskih markerjev.To se običajno doseže z ekstrakcijo restrikcijskega fragmenta znotraj danega obsega velikosti, ki se imenuje knjižnica zmanjšane reprezentacije (RRL).Sekvenciranje pomnoženih fragmentov specifičnega lokusa (SLAF-Seq) je samorazvita strategija za de novo odkrivanje SNP in genotipizacijo SNP velikih populacij.
Tehnični potek dela
SLAF v primerjavi z obstoječimi metodami RRL
Prednosti SLAF
Večja učinkovitost odkrivanja genetskih markerjev– V kombinaciji z visoko zmogljivo tehnologijo zaporedja bi lahko SLAF-Seq dosegel več sto tisoč oznak, odkritih v celotnem genomu, da bi izpolnil zahteve različnih raziskovalnih projektov, bodisi z našim referenčnim genomom ali brez njega.
Prilagojeno in prilagodljivo eksperimentalno oblikovanje– Za različne raziskovalne cilje ali vrste so na voljo različne encimske prebavne strategije, vključno z enim encimom, dvoencimsko in večencimsko prebavo.Strategija prebave bo predhodno ovrednotena in silico, da se zagotovi optimalna zasnova encimov.
Visoka učinkovitost pri encimski prebavi– Vnaprej oblikovana encimska razgradnja zagotavlja enakomernejšo porazdelitev SLAF na kromosomu.Učinkovitost zbiranja fragmentov lahko doseže več kot 95 %.
Izogibajte se ponavljajočemu se zaporedju– Odstotek ponavljajočega se zaporedja v podatkih SLAF-Seq je zmanjšan na manj kot 5 %, zlasti pri vrstah z visoko stopnjo ponavljajočih se elementov, kot so pšenica, koruza itd.
Samorazvit bioinformatski potek dela– BMK je razvil integriran bioinformacijski potek dela, ki se uporablja za tehnologijo SLAF-Seq, da zagotovi zanesljivost in natančnost končnega rezultata.
Uporaba SLAF
Zemljevid genetske povezanosti
Konstrukcija genetskega zemljevida z visoko gostoto in identifikacija lokusov, ki nadzorujejo lastnosti vrste cvetov pri krizantemi (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Revija: Horticulture Research Objavljeno: 7. 2020
GWAS
Identifikacija kandidatnega gena, povezanega z vsebnostjo izofavona v sojinih semenih, z uporabo celotnega genomskega povezovanja in preslikave povezav
Revija: The Plant Journal Objavljeno: 8. 2020
Evolucijska genetika
Populacijska genomska analiza in de novo sestavljanje razkrivata izvor plevelnega riža kot evolucijsko igro
Revija: Molecular Plant Objavljeno: 5. 2019
Skupna segregantna analiza (BSA)
GmST1, ki kodira sulfotransferazo, daje odpornost na seva virusa sojinega mozaika G2 in G3
Revija: Plant, Cell&Environment Objavljeno: 4. 2021
Referenca
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: učinkovita metoda obsežnega odkrivanja de novo SNP in genotipizacije z uporabo visoko zmogljivega sekvenciranja [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Konstrukcija genetskega zemljevida z visoko gostoto in identifikacija lokusov, ki nadzorujejo lastnosti vrste cvetov pri krizantemi (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7: 108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikacija kandidatnega gena, povezanega z vsebnostjo izoflavona v sojinih semenih, z uporabo asociacije na celotnem genomu in kartiranja povezav.Plant J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Populacijska genomska analiza in skupščina De Novo razkrivata izvor Weedy Rice kot evolucijsko igro.Obrat Mol.2019; 12 (5): 632-647.Obrat Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, ki kodira sulfotransferazo, daje odpornost na seva virusa sojinega mozaika G2 in G3.Okolje rastlinskih celic.2021;10.1111/pce.14066
Čas objave: Jan-04-2022