Visokoučinkovita genotipizacija, posebno na velikoj populaciji, temeljni je korak u studijama genetskih asocijacija, koja daje genetsku osnovu za funkcionalno otkrivanje gena, evolucijsku analizu itd. Umjesto dubokog ponovnog sekvenciranja cijelog genoma, sekvenciranje genoma smanjene reprezentacije (RRGS ) uvodi se kako bi se minimizirao trošak sekvenciranja po uzorku, a istovremeno održala razumna učinkovitost u otkrivanju genetskog markera.To se obično postiže ekstrakcijom restrikcijskog fragmenta unutar zadanog raspona veličina, koji se naziva knjižnica smanjene reprezentacije (RRL).Specific-locus amplified fragment squencing (SLAF-Seq) je samostalno razvijena strategija za de novo otkrivanje SNP-a i genotipizaciju SNP-a velikih populacija.
Tehnički tijek rada
SLAF u odnosu na postojeće RRL metode
Prednosti SLAF-a
Veća učinkovitost otkrivanja genetskog markera– U kombinaciji s tehnologijom sekvenciranja visoke propusnosti, SLAF-Seq bi mogao postići stotine tisuća oznaka otkrivenih unutar cijelog genoma kako bi ispunio zahtjeve različitih istraživačkih projekata, bilo s našim referentnim genomom ili bez njega.
Prilagođeni i fleksibilni eksperimentalni dizajn– Za različite istraživačke ciljeve ili vrste dostupne su različite enzimske strategije probave uključujući probavu s jednim enzimom, s dva enzima i s više enzima.Strategija probave bit će prethodno procijenjena in silico kako bi se osigurao optimalan dizajn enzima.
Visoka učinkovitost u enzimskoj probavi– Unaprijed dizajnirana enzimska probava osigurava ravnomjernije raspoređene SLAF-ove na kromosomu.Učinkovito prikupljanje fragmenata može postići više od 95%.
Izbjegavajte niz koji se ponavlja– Postotak ponavljajuće sekvence u SLAF-Seq podacima smanjen je na manje od 5%, posebno kod vrsta s visokom razinom ponavljajućih elemenata, kao što su pšenica, kukuruz itd.
Samorazvijen bioinformatički tijek rada– BMK je razvio integrirani bioinformatički tijek rada primjenjiv na SLAF-Seq tehnologiju kako bi se osigurala pouzdanost i točnost konačnog rezultata.
Primjena SLAF-a
Mapa genetske povezanosti
Konstrukcija genetske karte visoke gustoće i identifikacija lokusa koji kontroliraju svojstva tipa cvijeta kod krizanteme (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Časopis: Horticulture Research Objavljeno: 7. 2020
GWAS
Identifikacija gena kandidata povezanog sa sadržajem izofavona u sjemenu soje korištenjem asocijacije i mapiranja veza na cijelom genomu
Časopis: the Plant Journal Objavljeno: 08. 2020
Evolucijska genetika
Genomska analiza populacije i de novo sklapanje otkrivaju podrijetlo pirinčane riže kao evolucijske igre
Časopis: Molecular Plant Objavljeno: 5. 2019
Skupna analiza segregacije (BSA)
GmST1, koji kodira sulfotransferazu, daje otpornost na sojeve virusa mozaika soje G2 i G3
Časopis: Plant, Cell&Environment Objavljeno: 4. 2021
Referenca
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: učinkovita metoda de novo otkrivanja SNP-a velikih razmjera i genotipizacije pomoću visokoučinkovitog sekvenciranja [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Konstrukcija genetičke karte visoke gustoće i identifikacija lokusa koji kontroliraju svojstva tipa cvijeta u krizanteme (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikacija gena kandidata povezanog sa sadržajem izoflavona u sjemenu soje korištenjem asocijacije i mapiranja veza na cijelom genomu.Biljka J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Genomska analiza populacije i De Novo sklapanje otkrivaju podrijetlo Weedy Rice kao evolucijske igre.Tvornica Mol.2019;12(5):632-647.Tvornica Mol.2018.;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, koji kodira sulfotransferazu, daje otpornost na sojeve virusa mozaika soje G2 i G3.Okruženje biljnih stanica.2021;10.1111/kom.14066
Vrijeme objave: 4. siječnja 2022