Genotaip pemprosesan tinggi, terutamanya pada populasi berskala besar, merupakan langkah asas dalam kajian persatuan genetik, yang menyediakan asas genetik untuk penemuan gen berfungsi, analisis evolusi, dll. Daripada penjujukan semula genom keseluruhan yang mendalam, penjujukan genom perwakilan yang dikurangkan (RRGS ) diperkenalkan untuk meminimumkan kos penjujukan bagi setiap sampel, sambil mengekalkan kecekapan yang munasabah pada penemuan penanda genetik.Ini biasanya dicapai dengan mengekstrak serpihan sekatan dalam julat saiz tertentu, yang dinamakan perpustakaan perwakilan terkurang (RRL).Penjujukan serpihan dikuatkan lokus khusus (SLAF-Seq) ialah strategi yang dibangunkan sendiri untuk penemuan SNP de novo dan genotaip SNP bagi populasi yang besar.
Aliran kerja teknikal
Kaedah SLAF lwn RRL Sedia Ada
Kelebihan SLAF
Kecekapan penemuan penanda genetik yang lebih tinggi– Digabungkan dengan teknologi penjujukan prestasi tinggi, SLAF-Seq boleh mencapai ratusan ribu teg yang ditemui dalam keseluruhan genom untuk memenuhi permintaan pelbagai projek penyelidikan, sama ada dengan atau tanpa genom rujukan.
Reka bentuk eksperimen tersuai & Fleksibel– Untuk matlamat atau spesies penyelidikan yang berbeza, strategi pencernaan enzimatik berbeza tersedia termasuk pencernaan tunggal enzim, dwi-enzim dan berbilang enzim.Strategi pencernaan akan dinilai terlebih dahulu dalam silico untuk memastikan reka bentuk enzim yang optimum.
Kecekapan tinggi dalam pencernaan enzimatik– Pencernaan enzimatik pra-rekaan menyediakan SLAF yang lebih sekata pada kromosom.Pengumpulan serpihan yang cekap boleh mencapai lebih 95%.
Elakkan urutan berulang– Peratusan jujukan berulang dalam data SLAF-Seq dikurangkan kepada lebih rendah daripada 5%, terutamanya dalam spesies dengan tahap unsur berulang yang tinggi, seperti gandum, jagung, dsb.
Aliran kerja bioinformatik yang dibangunkan sendiri– BMK membangunkan aliran kerja bioinformatik bersepadu yang boleh digunakan pada teknologi SLAF-Seq untuk memastikan kebolehpercayaan dan ketepatan output akhir.
Pemakaian SLAF
Peta kaitan genetik
Pembinaan peta genetik berketumpatan tinggi dan pengenalpastian lokus yang mengawal ciri jenis bunga dalam Chrysanthemum(Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jurnal: Penyelidikan Hortikultur Terbitan: 2020.7
GWAS
Pengenalpastian gen calon yang dikaitkan dengan kandungan isofavon dalam biji kacang soya menggunakan pemetaan perkaitan dan perkaitan genom seluruh
Jurnal: Jurnal Tumbuhan Diterbitkan: 2020.08
Genetik Evolusi
Analisis genomik populasi dan perhimpunan de novo mendedahkan asal usul padi rumpai sebagai permainan evolusi
Jurnal: Loji Molekul Terbitan: 2019.5
Analisis Pengasingan Pukal (BSA)
GmST1, yang mengodkan sulfotransferase, memberikan ketahanan terhadap strain virus mozek kacang soya G2 dan G3
Jurnal: Tumbuhan, Sel&Persekitaran Diterbitkan: 2021.04
Rujukan
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: kaedah yang cekap bagi penemuan SNP de novo berskala besar dan genotaip menggunakan penjujukan pemprosesan tinggi [J].Plos satu, 2013, 8(3):e58700
Lagu X, Xu Y, Gao K, et al.Pembinaan peta genetik berketumpatan tinggi dan pengenalpastian lokus yang mengawal ciri jenis bunga dalam Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Pengenalpastian gen calon yang dikaitkan dengan kandungan isoflavon dalam biji kacang soya menggunakan perkaitan seluruh genom dan pemetaan kaitan.Loji J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Analisis Genomik Populasi dan Perhimpunan De Novo Mendedahkan Asal Usul Beras Weedy sebagai Permainan Evolusi.Tumbuhan Mol.2019;12(5):632-647.Tumbuhan Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, yang mengekodkan sulfotransferase, memberikan rintangan kepada strain virus mozek kacang soya G2 dan G3.Persekitaran Sel Tumbuhan.2021;10.1111/pc.14066
Masa siaran: Jan-04-2022