ژنوتیپ سازی با توان عملیاتی بالا، به ویژه در جمعیت در مقیاس بزرگ، یک گام اساسی در مطالعات ارتباط ژنتیکی است، که مبنای ژنتیکی را برای کشف ژن عملکردی، تجزیه و تحلیل تکاملی، و غیره فراهم می کند. ) برای به حداقل رساندن هزینه توالی یابی به ازای هر نمونه و در عین حال حفظ کارایی معقول در کشف نشانگر ژنتیکی معرفی شده است.این معمولاً با استخراج قطعه محدودیت در محدوده اندازه معین به دست می‌آید که به آن کتابخانه نمایش کاهش یافته (RRL) می‌گویند.توالی یابی قطعه تکثیر شده با مکان خاص (SLAF-Seq) یک استراتژی خود توسعه یافته برای کشف جدید SNP و ژنوتیپ SNP در جمعیت های بزرگ است.
گردش کار فنی
روش‌های SLAF در مقابل روش‌های RRL موجود
مزایای SLAF
راندمان کشف نشانگر ژنتیکی بالاتر- همراه با فناوری توالی یابی با توان بالا، SLAF-Seq می تواند صدها هزار برچسب کشف شده در کل ژنوم را برای برآورده کردن درخواست پروژه های تحقیقاتی مختلف، چه با یک ژنوم مرجع یا بدون آن، به دست آورد.
طراحی آزمایشی سفارشی و انعطاف پذیر- برای اهداف یا گونه های مختلف تحقیقاتی، استراتژی های هضم آنزیمی مختلف از جمله هضم تک آنزیمی، دو آنزیمی و چند آنزیمی موجود است.استراتژی هضم در سیلیکون از قبل ارزیابی خواهد شد تا از طراحی بهینه آنزیم اطمینان حاصل شود.
راندمان بالا در هضم آنزیمی- هضم آنزیمی از پیش طراحی شده، SLAF های توزیع شده تری را روی کروموزوم فراهم می کند.جمع آوری قطعه کارآمد می تواند بیش از 95٪ به دست آورد.
از توالی های تکراری خودداری کنید- درصد توالی تکراری در داده‌های SLAF-Seq به کمتر از 5 درصد کاهش می‌یابد، به‌ویژه در گونه‌هایی با سطوح بالای عناصر تکراری مانند گندم، ذرت و غیره.
گردش کار بیوانفورماتیک خود توسعه یافته– BMK یک گردش کار بیوانفورماتیک یکپارچه را توسعه داد که برای فناوری SLAF-Seq قابل استفاده است تا از قابلیت اطمینان و دقت خروجی نهایی اطمینان حاصل کند.
کاربرد SLAF
نقشه پیوند ژنتیکی
ساخت نقشه ژنتیکی با چگالی بالا و شناسایی جایگاه های کنترل کننده صفات نوع گل در گل داودی (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
مجله: تحقیقات باغبانی تاریخ انتشار: 1399.7
GWAS
شناسایی یک ژن کاندید مرتبط با محتوای ایزوفاون در دانه های سویا با استفاده از ارتباط گسترده ژنوم و نقشه پیوند
مجله: نشریه گیاهی تاریخ انتشار: 1399.08
ژنتیک تکاملی
تجزیه و تحلیل ژنومی جمعیت و مونتاژ de novo منشا برنج علف هرز را به عنوان یک بازی تکاملی نشان می دهد.
مجله: Molecular Plant تاریخ انتشار: 2019.5
تجزیه و تحلیل تفکیک حجمی (BSA)
GmST1 که یک سولفوترانسفراز را کد می کند، به سویه های G2 و G3 ویروس موزاییک سویا مقاومت می کند.
مجله: Plant, Cell & Environment تاریخ انتشار: 1390.04
ارجاع
سان ایکس، لیو دی، ژانگ ایکس، و همکاران.SLAF-Seq: یک روش کارآمد برای کشف و ژنوتیپ جدید SNP در مقیاس بزرگ با استفاده از توالی یابی با توان بالا [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
آهنگ X، Xu Y، Gao K، و همکاران.ساخت نقشه ژنتیکی با چگالی بالا و شناسایی جایگاه های کنترل کننده صفات گل گونه در گل داودی (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020؛ 7:108.
وو دی، لی دی، ژائو ایکس و همکاران.شناسایی یک ژن کاندید مرتبط با محتوای ایزوفلاون در دانه‌های سویا با استفاده از ارتباط گسترده ژنوم و نقشه‌برداری پیوند.Plant J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J، Ma D، Tang L، و همکاران.تجزیه و تحلیل ژنومی جمعیت و مونتاژ De Novo منشا برنج علف هرز را به عنوان یک بازی تکاملی نشان می دهد.گیاه مول.2019؛ 12 (5): 632-647.گیاه مول.2018;11(11):1360-1376.
ژائو ایکس، جینگ وای، لو زی، و همکاران.GmST1 که یک سولفوترانسفراز را کد می کند، به سویه های G2 و G3 ویروس موزاییک سویا مقاومت می کند.محیط سلول گیاهی2021; 10.1111/pce.14066
زمان ارسال: ژانویه-04-2022