Genotyping b'rendiment għoli, speċjalment fuq popolazzjoni fuq skala kbira, huwa pass fundamentali fl-istudji ta 'assoċjazzjoni ġenetika, li jipprovdi bażi ġenetika għall-iskoperta tal-ġeni funzjonali, analiżi evoluzzjonarja, eċċ. Minflok sekwenzar mill-ġdid tal-ġenoma sħiħ fil-fond, sekwenzar tal-ġenoma ta' rappreżentazzjoni mnaqqsa (RRGS ) hija introdotta biex timminimizza l-ispiża tas-sekwenzjar għal kull kampjun, filwaqt li tinżamm effiċjenza raġonevoli fuq l-iskoperta tal-markatur ġenetiku.Dan huwa komunement miksub bl-estrazzjoni framment restrizzjoni fi ħdan firxa ta 'daqs partikolari, li huwa msemmi librerija ta' rappreżentazzjoni mnaqqsa (RRL).Is-sekwenzjar tal-frammenti amplifikati tal-locus speċifiku (SLAF-Seq) huwa strateġija żviluppata minnha nnifisha għall-iskoperta de novo tal-SNP u l-ġenotipizzazzjoni tal-SNP ta 'popolazzjonijiet kbar.
Fluss tax-xogħol tekniku
Metodi SLAF vs Eżistenti RRL
Vantaġġi ta 'SLAF
Effiċjenza ogħla ta 'skoperta ta' markatur ġenetiku– Flimkien ma' teknoloġija ta' sekwenzar ta' produttività għolja, SLAF-Seq jista' jikseb mijiet ta' eluf ta' tikketti skoperti fi ħdan il-ġenoma kollu biex jissodisfa t-talba ta' diversi proġetti ta' riċerka, jew bil-ġenoma ta' referenza jew mingħajrha.
Disinn sperimentali personalizzat u flessibbli– Għal mira jew speċi ta' riċerka differenti, huma disponibbli strateġiji differenti ta' diġestjoni enżimatika inkluż diġestjoni b'enzima waħda, enzima doppja u diġestjoni b'ħafna enzimi.L-istrateġija tad-diġestjoni se tkun evalwata minn qabel in silico biex tiżgura disinn ottimali tal-enżimi.
Effiċjenza għolja fid-diġestjoni enżimatika– Diġestjoni enżimatika mfassla minn qabel tipprovdi SLAFs distribwiti b'mod aktar uniformi fuq il-kromożomi.Il-ġbir ta 'frammenti effiċjenti jista' jikseb aktar minn 95%.
Evita sekwenza ripetittiva– Il-perċentwal ta’ sekwenza ripetittiva fid-dejta SLAF-Seq jitnaqqas għal inqas minn 5 %, speċjalment fi speċi b’livell għoli ta’ elementi ripetittivi, bħall-qamħ, il-qamħirrum, eċċ.
Fluss tax-xogħol bijoinformatiku żviluppat innifsu– BMK żviluppat fluss tax-xogħol bijoinformatiku integrat applikabbli għat-teknoloġija SLAF-Seq biex jiżgura l-affidabbiltà u l-eżattezza tal-output finali.
Applikazzjoni ta' SLAF
Mappa tar-rabta ġenetika
Kostruzzjoni ta' mappa ġenetika ta' densità għolja u identifikazzjoni ta' loci li jikkontrollaw il-karatteristiċi tat-tip tal-fjuri fi Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Ġurnal: Riċerka tal-Ortikultura Ippubblikat: 2020.7
GWAS
Identifikazzjoni ta' ġene kandidat assoċjat mal-kontenut ta' isofavone fiż-żerriegħa tas-sojja bl-użu ta' assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu u mapping ta' rabta
Ġurnal: il-Ġurnal tal-Pjanti Ippubblikat: 2020.08
Ġenetika Evoluttiva
L-analiżi ġenomika tal-popolazzjoni u l-assemblaġġ de novo jiżvelaw l-oriġini tar-ross bil-ħaxix ħażin bħala logħba evoluzzjonarja
Ġurnal: Impjant Molekulari Ippubblikat: 2019.5
Analiżi Segregant Bulked (BSA)
GmST1, li jikkodifika sulfotransferase, jagħti reżistenza għar-razez tal-virus tal-mużajk tas-sojja G2 u G3
Ġurnal: Pjanti, Ċelluli u Ambjent Ippubblikat: 2021.04
Referenza
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: metodu effiċjenti ta' skoperta ta' SNP de novo fuq skala kbira u ġenotipi bl-użu ta' sekwenzar ta' produzzjoni għolja[J].Plos wieħed, 2013, 8(3):e58700
Kanzunetta X, Xu Y, Gao K, et al.Kostruzzjoni ta 'mappa ġenetika ta' densità għolja u identifikazzjoni ta 'loċi li jikkontrollaw il-karatteristiċi tat-tip tal-fjuri fi Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikazzjoni ta 'ġene kandidat assoċjat mal-kontenut ta' isoflavone fiż-żerriegħa tas-sojja bl-użu ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu u mapping ta' rabta.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.L-Analiżi Ġenomika tal-Popolazzjoni u l-Assemblea De Novo Jiżvelaw l-Oriġini tar-Ross Weedy bħala Logħba Evoluttiva.Mol Pjanti.2019;12(5):632-647.Mol Pjanti.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, li jikkodifika sulfotransferase, jagħti reżistenza għar-razez tal-virus tal-mużajk tas-sojja G2 u G3.Ċellula tal-Pjanti Environ.2021;10.1111/pce.14066
Ħin tal-post: Jan-04-2022