Suure läbilaskevõimega genotüpiseerimine, eriti suuremahuliste populatsioonide puhul, on geeniassotsiatsiooniuuringute põhietapp, mis loob geneetilise aluse funktsionaalseks geenide avastamiseks, evolutsiooniliseks analüüsiks jne. Sügava kogu genoomi ümbersekveneerimise asemel kasutatakse vähendatud representatsiooniga genoomi järjestamist (RRGS). ).Tavaliselt saavutatakse see restriktsioonifragmendi ekstraheerimisega etteantud suurusvahemikus, mida nimetatakse vähendatud esituse raamatukoguks (RRL).Spetsiifilise lookusega amplifitseeritud fragmentide sekveneerimine (SLAF-Seq) on enda väljatöötatud strateegia de novo SNP avastamiseks ja suurte populatsioonide SNP genotüpiseerimiseks.
Tehniline töövoog
SLAF vs olemasolevad RRL meetodid
SLAFi eelised
Suurem geneetiliste markerite avastamise efektiivsus– Koos suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogiaga võib SLAF-Seq saavutada sadu tuhandeid kogu genoomist avastatud märgiseid, et täita erinevate uurimisprojektide taotlusi, kas võrdlusgenoomiga või ilma.
Kohandatud ja paindlik eksperimentaalne disain– Erinevate uurimiseesmärkide või liikide jaoks on saadaval erinevad ensümaatilised seedimise strateegiad, sealhulgas ühe ensüümi, kahe ensüümi ja mitme ensüümi seedimine.Seedimisstrateegiat hinnatakse eelnevalt in silico, et tagada ensüümi optimaalne disain.
Kõrge efektiivsus ensümaatilisel seedimisel– Eelnevalt kavandatud ensümaatiline lagundamine tagab kromosoomides ühtlasemalt jaotunud SLAF-id.Fragmentide kogumise tõhusus võib saavutada üle 95%.
Vältige korduvat järjestust– Korduvate järjestuste protsent SLAF-Seqi andmetes on vähendatud alla 5%, eriti liikide puhul, millel on palju korduvaid elemente, nagu nisu, mais jne.
Ise välja töötatud bioinformaatiline töövoog– BMK töötas välja SLAF-Seq tehnoloogiale rakendatava integreeritud bioinformaatilise töövoo, et tagada lõppväljundi töökindlus ja täpsus.
SLAF-i rakendamine
Geneetilise seose kaart
Krüsanteemi (Chrysanthemum x morifolium Ramat) lilletüüpi tunnuseid kontrollivate lookuste suure tihedusega geenikaardi koostamine ja identifitseerimine.
Ajakiri: Aiandusuuringud Avaldatud: 2020.7
GWAS
Sojaoa seemnete isofavoonide sisaldusega seotud kandidaatgeeni tuvastamine, kasutades kogu genoomi hõlmavat assotsiatsiooni ja sideme kaardistamist
Ajakiri: The Plant Journal Avaldatud: 2020.08
Evolutsiooniline geneetika
Populatsiooni genoomianalüüs ja de novo kokkupanek paljastavad umbrohu riisi kui evolutsioonilise mängu päritolu
Ajakiri: Molecular Plant Avaldatud: 2019.5
Hulgieraldusanalüüs (BSA)
GmST1, mis kodeerib sulfotransferaasi, annab resistentsuse soja mosaiikviiruse tüvede G2 ja G3 suhtes
Ajakiri: Plant, Cell&Environment Avaldatud: 2021.04.2021
Viide
Sun X, Liu D, Zhang X jt.SLAF-Seq: tõhus meetod suuremahuliseks de novo SNP avastamiseks ja genotüpiseerimiseks, kasutades suure läbilaskevõimega sekveneerimist [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Laul X, Xu Y, Gao K jt.Suure tihedusega geneetilise kaardi koostamine ja krüsanteemi (Chrysanthemum × morifolium Ramat.) lilletüüpi tunnuseid kontrollivate lookuste tuvastamine.Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X jt.Sojaoa seemnete isoflavoonisisaldusega seotud kandidaatgeeni tuvastamine, kasutades kogu genoomi hõlmavat assotsiatsiooni ja sideme kaardistamist.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L jt.Rahvastiku genoomianalüüs ja De Novo assamblee paljastavad Weedy Rice'i kui evolutsioonilise mängu päritolu.Moli tehas.2019;12(5):632–647.Moli tehas.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z jt.GmST1, mis kodeerib sulfotransferaasi, annab resistentsuse soja mosaiikviiruse tüvede G2 ja G3 suhtes.Taimerakkude keskkond.2021;10,1111/tk.14066
Postitusaeg: jaanuar 04-2022