High-throughput genotypering, vooral bij grootschalige populaties, is een fundamentele stap in genetische associatiestudies, die een genetische basis biedt voor functionele genontdekking, evolutionaire analyse, enz. In plaats van diepgaande hersequencing van het hele genoom, wordt genoomsequencing met verminderde representatie (RRGS) ) wordt geïntroduceerd om de sequentiekosten per monster te minimaliseren, terwijl een redelijke efficiëntie bij het ontdekken van genetische markers behouden blijft.Dit wordt gewoonlijk bereikt door het restrictiefragment binnen een bepaald groottebereik te extraheren, dat de gereduceerde representatiebibliotheek (RRL) wordt genoemd.Specifieke locus geamplificeerde fragmentsequencing (SLAF-Seq) is een zelf ontwikkelde strategie voor de novo SNP-ontdekking en SNP-genotypering van grote populaties.
Technische werkstroom
SLAF versus bestaande RRL-methoden
Voordelen van SLAF
Hogere efficiëntie bij het ontdekken van genetische markers– Gecombineerd met high-throughput sequencing-technologie zou SLAF-Seq honderdduizenden tags kunnen bereiken die binnen het hele genoom zijn ontdekt om aan de vraag van diverse onderzoeksprojecten te voldoen, met of zonder een referentiegenoom.
Aangepast en flexibel experimenteel ontwerp– Voor verschillende onderzoeksdoelen of soorten zijn verschillende enzymatische verteringsstrategieën beschikbaar, waaronder vertering met één enzym, twee enzymen en meerdere enzymen.De verteringsstrategie zal vooraf in silico worden geëvalueerd om een optimaal enzymontwerp te garanderen.
Hoge efficiëntie bij enzymatische vertering– Vooraf ontworpen enzymatische vertering zorgt voor gelijkmatiger verdeelde SLAF’s op het chromosoom.Efficiënt verzamelen van fragmenten kan meer dan 95% bereiken.
Vermijd repetitieve reeksen– Het percentage herhaalde sequenties in SLAF-Seq-gegevens is teruggebracht tot minder dan 5%, vooral bij soorten met een hoog niveau aan repetitieve elementen, zoals tarwe, maïs, enz.
Zelfontwikkelde bioinformatische workflow– BMK heeft een geïntegreerde bioinformatische workflow ontwikkeld die toepasbaar is op SLAF-Seq-technologie om de betrouwbaarheid en nauwkeurigheid van de uiteindelijke output te garanderen.
Toepassing van SLAF
Genetische koppelingskaart
Genetische kaartconstructie met hoge dichtheid en identificatie van loci die bloemtypekenmerken controleren in Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Tijdschrift: Tuinbouwonderzoek Gepubliceerd: 2020.7
GWAS
Identificatie van een kandidaatgen geassocieerd met het isofavongehalte in sojabonenzaden met behulp van genoombrede associatie en koppelingskartering
Tijdschrift: het Plant Journal Gepubliceerd: 2020.08
Evolutionaire genetica
Populatiegenomische analyse en de novo-assemblage onthullen de oorsprong van onkruidrijst als een evolutionair spel
Tijdschrift: Molecular Plant Gepubliceerd: 2019.5
Bulk-segregantanalyse (BSA)
GmST1, dat codeert voor een sulfotransferase, verleent resistentie tegen de sojabonenmozaïekvirusstammen G2 en G3
Tijdschrift: Plant, Cell&Environment Gepubliceerd: 2021.04
Referentie
Zon X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: een efficiënte methode voor grootschalige de novo SNP-ontdekking en genotypering met behulp van high-throughput sequencing [J].Plos één, 2013, 8(3):e58700
Lied X, Xu Y, Gao K, et al.Genetische kaartconstructie met hoge dichtheid en identificatie van loci die bloemtype-eigenschappen controleren in Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortisch onderzoek.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identificatie van een kandidaat-gen geassocieerd met het isoflavongehalte in sojabonenzaden met behulp van genoombrede associatie en koppelingskartering.Fabriek J. 2020;104(4): 950-963.
Zon J, Ma D, Tang L, et al.Populatiegenomische analyse en De Novo Assembly onthullen de oorsprong van Weedy Rice als een evolutionair spel.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, dat codeert voor een sulfotransferase, verleent resistentie tegen de sojabonenmozaïekvirusstammen G2 en G3.Plantcelomgeving.2021;10.1111/st.14066
Posttijd: 04-jan-2022