Генотипизација високе пропусности, посебно на великој популацији, је фундаментални корак у студијама генетских асоцијација, који пружа генетску основу за функционално откривање гена, еволуциону анализу, итд. ) се уводи како би се минимизирали трошкови секвенцирања по узорку, а да би се одржала разумна ефикасност у откривању генетских маркера.Ово се обично постиже издвајањем рестрикционог фрагмента унутар датог опсега величине, који се назива библиотека редуковане репрезентације (РРЛ).Секвенцирање фрагмената појачаног специфичног локуса (СЛАФ-Сек) је саморазвијена стратегија за ново откривање СНП и генотипизацију СНП великих популација.
Технички ток посла
СЛАФ у односу на постојеће РРЛ методе
Предности СЛАФ-а
Већа ефикасност откривања генетских маркера– У комбинацији са високопропусном технологијом секвенцирања, СЛАФ-Сек би могао да постигне стотине хиљада ознака откривених у целом геному како би испунио захтеве различитих истраживачких пројеката, било са или без референтног генома.
Прилагођени и флексибилни експериментални дизајн– За различите истраживачке циљеве или врсте, доступне су различите стратегије ензимске дигестије, укључујући варење са једним ензимом, са два ензима и са више ензима.Стратегија варења ће бити претходно процењена у силикону да би се обезбедио оптималан дизајн ензима.
Висока ефикасност у ензимском варењу– Унапред дизајнирана ензимска дигестија обезбеђује равномерније распоређене СЛАФ-ове на хромозому.Ефикасно сакупљање фрагмената може постићи преко 95%.
Избегавајте понављање низа– Проценат понављајуће секвенце у СЛАФ-Сек подацима је смањен на мање од 5%, посебно код врста са високим нивоом репетитивних елемената, као што су пшеница, кукуруз, итд.
Саморазвијен биоинформатички ток рада– БМК је развио интегрисани биоинформатички ток рада применљив на СЛАФ-Сек технологију како би се осигурала поузданост и тачност крајњег резултата.
Примена СЛАФ-а
Мапа генетичке везе
Конструкција генетичке мапе високе густине и идентификација локуса који контролишу особине типа цвета у хризантеми (Цхрисантхемум к морифолиум Рамат.)
Часопис: Хортицултуре Ресеарцх Објављено: 2020.7
ГВАС
Идентификација гена кандидата повезаног са садржајем изофавона у семену соје коришћењем асоцијације и мапирања веза у целом геному
Часопис: Плант Јоурнал Објављено: 08.2020
Еволуциона генетика
Популациона геномска анализа и де ново склапање откривају порекло пиринча који је закоровљен као еволуционе игре
Часопис: Молецулар Плант Објављено: 2019.5
Групна сегрегантна анализа (БСА)
ГмСТ1, који кодира сулфотрансферазу, даје отпорност на сојеве вируса мозаика соје Г2 и Г3
Часопис: Плант, Целл&Енвиронмент Објављено: 04.2021
Референце
Сун Кс, Лиу Д, Зханг Кс, ет ал.СЛАФ-Сек: ефикасан метод де ново откривања и генотипизације великих размера коришћењем секвенцирања високе пропусности[Ј].Плос оне, 2013, 8(3):е58700
Сонг Кс, Ксу И, Гао К, ет ал.Конструкција генетичке мапе високе густине и идентификација локуса који контролишу особине цветног типа у хризантеми (Цхрисантхемум × морифолиум Рамат.).Хортиц Рес.2020;7:108.
Ву Д, Ли Д, Зхао Кс, ет ал.Идентификација гена кандидата повезаног са садржајем изофлавона у семену соје коришћењем асоцијације и мапирања веза у целом геному.Плант Ј. 2020;104(4): 950-963.
Сун Ј, Ма Д, Танг Л, ет ал.Популациона геномска анализа и Де Ново скупштина откривају порекло коровског пиринча као еволуционе игре.Мол Плант.2019;12(5):632-647.Мол Плант.2018;11(11):1360-1376.
Зхао Кс, Јинг И, Луо З, ет ал.ГмСТ1, који кодира сулфотрансферазу, даје отпор сојевима вируса мозаика соје Г2 и Г3.Окружење биљних ћелија.2021;10.1111/ком.14066
Време поста: Јан-04-2022