Студијата за асоцијација на ниво на геном (GWAS) има за цел да ги идентификува генетските варијанти (генотип) кои се поврзани со специфични особини (фенотип).Студиите на GWA истражуваат генетски маркери вкрстени во целиот геном на голем број индивидуи и предвидуваат асоцијации на генотип-фенотип преку статистичка анализа на ниво на популација.Ресеквенцирањето на целиот геном потенцијално може да ги открие сите генетски варијанти.Спојувајќи се со фенотипски податоци, GWAS може да се обработи за да се идентификуваат SNP поврзани со фенотип, QTL и кандидатски гени, што силно го поддржува модерното одгледување животни/растенија.SLAF е самостојно развиена поедноставена стратегија за секвенционирање на геном, која открива дистрибуирани маркери низ целиот геном, SNP.Овие SNP, како молекуларни генетски маркери, може да се обработат за студии за асоцијација со целни особини.Тоа е рентабилна стратегија за идентификување на сложени карактеристики поврзани со генетските варијации.
