Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS) ma na celu identyfikację wariantów genetycznych (genotypu), które są powiązane z określonymi cechami (fenotypem).W badaniach GWA bada się markery genetyczne występujące w całym genomie dużej liczby osobników i przewiduje powiązania genotyp-fenotyp za pomocą analizy statystycznej na poziomie populacji.Ponowne sekwencjonowanie całego genomu może potencjalnie odkryć wszystkie warianty genetyczne.W połączeniu z danymi fenotypowymi GWAS można przetwarzać w celu identyfikacji SNP, QTL i genów kandydujących związanych z fenotypem, co zdecydowanie wspiera współczesną hodowlę zwierząt/roślin.SLAF to samodzielnie opracowana uproszczona strategia sekwencjonowania genomu, która odkrywa markery rozproszone w całym genomie, SNP.Te SNP, jako molekularne markery genetyczne, można przetwarzać do badań asocjacyjnych z docelowymi cechami.Jest to opłacalna strategia identyfikacji złożonych cech związanych ze zmianami genetycznymi.
