Топлинска мапа
Алатката за топлинска мапа прифаќа датотека со матрични податоци како влез и им овозможува на корисниците да филтрираат, нормализираат и групираат податоци. Примарната употреба на топлинските мапи е кластерска анализа на нивото на генска експресија помеѓу различни примероци.
Генска анотација
Алатката за генска анотација врши генска анотација врз основа на усогласување на секвенцата на влезните FASTA датотеки во однос на различни бази на податоци.
Основна алатка за пребарување на локално порамнување (BLAST)
Алатката BLAST е интегрирана верзија на NCBI BLAST во BMKCloud и може да се користи за извршување на истите функции користејќи податоци прикачени на сметката на BMKCloud.
CDS_UTR Предвидување
Алатката за предвидување CDS_UTR е дизајнирана да ги предвиди кодирачките региони (CDS) и некодирачките региони (UTR) во дадени транскриптни секвенци врз основа на резултатите од BLAST во однос на познатите бази на податоци за протеини и резултатите од предвидувањето на ORF.
Менхетен Плот
Алатката Manhattan Plot овозможува прикажување на експерименти со голем број примероци и најчесто се користи во студии за асоцијација на целиот геном (GWAS).
Дијаграм на циркуси
Алатката CIRCOS Diagram овозможува ефикасна визуелизација на тоа како геномските карактеристики се распределени низ геномот. Заедничките карактеристики вклучуваат квантитативни локуси, SNP, InDels, структурни варијанти и варијанти на број на копии.
Збогатување на генска онтологија (GO)
Алатката GO Enrichment обезбедува анализа на функционално збогатување. Примарниот софтвер во оваа алатка е пакетот TopGO-Bioconductor, кој вклучува анализа на диференцијална експресија, анализа на збогатување GO и визуелизација на резултатите.
Анализа на мрежата за пондерирана генска ко-експресија (WGCNA)
WGCNA е широко користен метод за рударење податоци за откривање на модули за генска ко-експресија. Применлив е за различни сетови на податоци за експресија, вклучувајќи податоци за генска експресија со микронизи и NGS.
ИнтерПроСкан
Алатката InterProScan овозможува анализа и класификација на секвенцата на протеините InterPro.
Збогатување на GO KEGG
Алатката за збогатување GO KEGG е дизајнирана да генерира хистограм за збогатување GO, хистограм за збогатување KEGG и патека за збогатување KEGG врз основа на даден сет гени и соодветна анотација.