Топлинска карта
Датотеката со податоци со матрица се користи за цртање на топлинска карта, која може да ги филтрира, нормализира и групира податоците од матрицата.Најмногу се користи за кластерска анализа на нивото на генска експресија помеѓу различни примероци.
Генска прибелешка
Прибелешката на генската функција се изведува со мапирање на секвенци во датотеката FASTA наспроти различни бази на податоци.
Генска прибелешка
Основна алатка за пребарување на локално порамнување
CDS_UTR_Prediction
Оваа алатка е дизајнирана да предвидува региони за кодирање (CDS) и некодирачки региони (UTR) во дадени секвенци на транскрипти засновани на експлозија против позната база на податоци за протеини и предвидување ORF.
Заплет на Менхетен
Заплетот на Менхетен овозможува прикажување на податоци со голем број точки на податоци.Најчесто се користи во студии за асоцијација низ целиот геном (GWAS).
циркоси
CIRCOS дијаграмот овозможува директна презентација на SNP, InDeL, SV, CNV дистрибуции на геномот.
GO_Збогатување
TopGO е алатка дизајнирана за функционално збогатување.TopGO-Bioconductor пакетот се состои од анализа на диференцијална експресија, GO анализа на збогатување и визуелизација на резултатите.Ќе генерира папка со излез наречен „График“, која содржи резултати за topGO_BP, topGO_CC и topGO_MF.
WGCNA
WGCNA е широко користен метод за ископување податоци за откривање на модули за ко-изразување на гени.Тоа е применливо за различни сет на изрази, вклучувајќи податоци за микросреди и податоци за генска експресија кои потекнуваат од секвенционирање на следната генерација.
InterProScan
Анализа и класификација на протеинската секвенца InterPro
GO_KEGG_Збогатување
Оваа алатка е дизајнирана да генерира хистограм за збогатување GO, хистограм за збогатување KEGG и патека за збогатување KEGG врз основа на обезбедениот генски сет и соодветната прибелешка.