Genoomiülese assotsiatsiooniuuringu (GWAS) eesmärk on tuvastada geneetilisi variante (genotüüp), mis on seotud spetsiifiliste tunnustega (fenotüüp). GWA uuringud uurivad geneetilisi markereid suure hulga indiviidide kogu genoomis ja ennustavad genotüübi-fenotüübi seoseid statistilise analüüsi abil populatsiooni tasandil. Kogu genoomi resekveneerimine võib potentsiaalselt avastada kõik geneetilised variandid. Koos fenotüübiliste andmetega saab GWAS-i töödelda fenotüübiga seotud SNP-de, QTL-ide ja kandidaatgeenide tuvastamiseks, mis toetab tugevalt tänapäevast looma-/taimearetust. SLAF on ise väljatöötatud lihtsustatud genoomi sekveneerimise strateegia, mis avastab genoomiüleseid hajutatud markereid (SNP-sid). Neid SNP-sid kui molekulaarseid geneetilisi markereid saab töödelda assotsiatsiooniuuringuteks sihttunnustega. See on kulutõhus strateegia keerukate tunnustega seotud geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks.
