-
Анализа на асоцијација на ниво на геном
Студијата за асоцијација на ниво на геном (GWAS) има за цел да ги идентификува генетските варијанти (генотип) кои се поврзани со специфични особини (фенотип).Студијата GWAS истражува генетски маркери вкрстени во целиот геном на голем број индивидуи и предвидува асоцијации генотип-фенотип преку статистичка анализа на ниво на популација.Широко се применува во истражувањата за човечки болести и функционално ископување гени на комплексни особини на животни или растенија.
-
Секвенционирање на РНК со едно јадро
Напредокот во зафаќањето на една клетка и техниката на изградба на индивидуална библиотека, комбинирана со секвенционирање со висок пропусен опсег овозможува проучување на генската експресија на основа клетка до клетка.Овозможува подлабока и комплетна системска анализа на сложени клеточни популации, во која во голема мера се избегнува маскирање на нивната хетерогеност со земање на просек од сите клетки.
Сепак, некои клетки не се погодни да се направат во едноклеточна суспензија, па затоа се потребни други методи за подготовка на примероци - екстракција на јадро од ткивата, односно јадрото директно се извлекува од ткивата или клетката и се подготвува во еднојадрена суспензија за едно- клеточно секвенционирање.
BMK обезбедува услуга за секвенционирање на едноклеточна РНК базирана на 10× Genomics ChromiumTM.Оваа услуга е широко користена во студии за студии поврзани со болести, како што се диференцијација на имуните клетки, хетерогеност на туморот, развој на ткиво итн.
Просторен транскриптомски чип: 10× Геномика
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Секвенционирање на целиот геном на растенијата/животините
Повторното секвенционирање на целиот геном, исто така познато како WGS, овозможува откривање на вообичаени и ретки мутации на целиот геном, вклучително и единечен нуклеотиден полиморфизам (SNP), вметнување бришење (InDel), варијација на структурата (SV) и варијација на бројот на копирање (CNV). ).SV сочинуваат поголем дел од варијациската база од SNP и имаат поголемо влијание врз геномот, што има значаен ефект врз живите организми.Долго читаното ресеквенционирање овозможува попрецизно идентификување на големи фрагменти и комплицирани варијации бидејќи долгите отчитувања го олеснуваат вкрстувањето на хромозомите преку комплицираните региони како што се тандемските повторувања, регионите богати со GC/AT и хиперпроменливите региони.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Просторен транскриптом
Просторната организација на клетките игра витална улога во различните биолошки процеси, како што се имунолошката инфилтрација, развојот на ембрионот, итн. Секвенционирањето на просторниот транскриптом, што укажува на профилирање на генската експресија додека ги задржува информациите за просторната положба, обезбеди одличен увид во архитектурата на ткивото на ниво на транскриптом.Со развојот на технологијата, ултра-јасната морфологија на ткивото и вистинската структурна разлика на просторната молекуларна експресија треба да се проучат со поголема резолуција.BMKGENE обезбедува сеопфатна, едношалтерска услуга за секвенционирање на просторни транскриптоми од примероци до биолошки увиди.
Технологиите на просторна транскриптомика поттикнаа нови перспективи во разновидна истражувачка арена со решавање на профилот на генска експресија со просторна содржина во хетерогени примероци.
Просторен транскриптомски чип: BMKMANU S1000
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium просторен транскриптом
Visium Spatial Gene Expression е мејнстрим технологија за секвенционирање на просторни транскриптоми за класификација на ткиво врз основа на вкупната mRNA.Мапирајте го целиот транскриптом со морфолошки контекст за да откриете нови сознанија за нормалниот развој, патологијата на болеста и клиничкото преведувачко истражување.BMKGENE обезбедува сеопфатна, едношалтерска услуга за секвенционирање на просторни транскриптоми од примероци до биолошки увиди.
Технологиите на просторна транскриптомика поттикнаа нови перспективи во различни истражувачки арени со решавање на профилот на генска експресија со просторна содржина во хетерогени примероци.
Просторен транскриптомски чип: 10x Genomics Visium
Платформа:Illumina NovaSeq 6000
-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Нанопора
Секвенционирањето на РНК е непроценлива алатка за сеопфатна анализа на транскриптом.Несомнено, традиционалното секвенционирање на кратко читање постигна многу важен развој овде.Сепак, често се среќава со ограничувања во идентификациите на изоформите со целосна должина, квантификацијата, пристрасноста на PCR.
Секвенционирањето на нанопорите се разликува од другите платформи за секвенционирање, со тоа што нуклеотидите се читаат директно без синтеза на ДНК и генерира долго читање со десетици килобази.Ова го овластува директното читање вкрстување на преписи со целосна должина и справување со предизвиците во студиите на ниво на изоформи.
Платформа:Nanopor PromethION
Библиотека:cDNA-PCR
-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина - PacBio
Де новосеквенционирање на транскриптом со целосна должина, познато и какоДе новоIso-Seq ги користи предностите на PacBio секвенсерот во должина на читање, што овозможува секвенционирање на молекули на cDNA со целосна должина без никакви прекини.Ова целосно ги избегнува грешките генерирани во чекорите на склопување на препис и конструира унигенски множества со резолуција на ниво на изоформа.Оваа унигенска група обезбедува моќни генетски информации како „референтен геном“ на ниво на транскриптом.Дополнително, комбинирајќи се со податоците за секвенционирање од следната генерација, оваа услуга овозможува точна квантификација на изразот на ниво на изоформа.
Платформа: PacBio Sequel IIБиблиотека: Ѕвона библиотека SMRT -
Секвенционирање на еукариотска мРНК-Илумина
Секвенционирањето на мРНК овозможува профилирање на сите мРНК транскриптирани од клетките под специфични услови.Тоа е моќна технологија за откривање на профилот на генската експресија, генските структури и молекуларните механизми на одредени биолошки процеси.До денес, секвенционирањето на mRNA е широко користено во фундаментално истражување, клиничка дијагностика, развој на лекови итн.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Не-референтно секвенционирање на мРНК-Илумина
Секвенционирањето на мРНК ја усвојува техниката на секвенционирање на следната генерација (NGS) за да го фати гласникот РНК (мРНК) од Еукариот во одреден период кога се активираат некои специјални функции.Најдолгиот споен препис беше наречен „Unigene“ и се користеше како референтна секвенца за последователна анализа, што е ефикасно средство за проучување на молекуларниот механизам и регулаторната мрежа на видот без референца.
По склопување на податоци од транскриптом и унигенска функционална прибелешка
(1) SSR анализа, CDS предвидување и генска структура ќе бидат претходно направени.
(2) Ќе се изврши квантификација на унигенската експресија во секој примерок.
(3) Диференцијално изразените унигени помеѓу примероците (или групите) ќе бидат откриени врз основа на унигенската експресија
(4) Ќе се изврши кластерирање, функционална прибелешка и анализа на збогатување на диференцијално изразени унигени
-
Долго секвенционирање без кодирање-Илумина
Долгите некодирачки РНК (lncRNAs) се вид на РНК молекули со должина поголема од 200 nt, кои се карактеризираат со екстремно низок потенцијал за кодирање.LncRNA, како клучен член во некодирачките РНК, главно се наоѓа во јадрото и плазмата.Развојот на технологијата за секвенционирање и биоинформтиката овозможува идентификација на бројни нови lncRNA и поврзување на тие со биолошки функции.Акумулативните докази сугерираат дека lncRNA е широко вклучена во епигенетската регулација, регулацијата на транскрипцијата и регулацијата по транскрипцијата.
