Studija genomske asocijacije (GWAS) ima za cilj identificirati genetske varijante (genotip) koje su povezane sa specifičnim svojstvima (fenotip).GWA studije istražuju genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja jedinki i predviđaju povezanost genotipa i fenotipa statističkom analizom na razini populacije.Ponovno sekvencioniranje cijelog genoma može potencijalno otkriti sve genetske varijante.U kombinaciji s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi za identifikaciju SNP-ova povezanih s fenotipom, QTL-ova i gena kandidata, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljki.SLAF je samorazvijena strategija pojednostavljenog sekvencioniranja genoma, koja otkriva markere raspodijeljene po čitavom genomu, SNP.Ovi SNP-ovi, kao molekularni genetski markeri, mogu se obraditi za studije povezanosti s ciljanim svojstvima.To je isplativa strategija u identificiranju složenih osobina povezanih s genetskim varijacijama.
