Genomová asociační studie (GWAS) se zaměřuje na identifikaci genetických variant (genotypů), které jsou spojeny se specifickými vlastnostmi (fenotyp).Studie GWA zkoumá genetické markery napříč celým genomem velkého počtu jedinců a předpovídá asociace genotyp-fenotyp statistickou analýzou na úrovni populace.Resekvenování celého genomu může potenciálně objevit všechny genetické varianty.Ve spojení s fenotypovými daty může být GWAS zpracován k identifikaci SNP, QTL a kandidátních genů souvisejících s fenotypem, což silně podporuje moderní šlechtění zvířat/rostlin.SLAF je samostatně vyvinutá strategie zjednodušeného sekvenování genomu, která objevuje markery distribuované v celém genomu, SNP.Tyto SNP, jako molekulárně genetické markery, mohou být zpracovány pro asociační studie s cílenými znaky.Je to nákladově efektivní strategie při identifikaci komplexních vlastností spojených s genetickými variacemi.
