Секвенционирање на специфичен локус со засилени фрагменти (SLAF-Seq)
Работен тек
Услугата има одреден претходен дизајн in silico за да се гарантира оптимален избор на ензими при подготовката на библиотеката.
Техничка шема
Карактеристики на услугата
● Секвенционирање на NovaSeq со PE150.
● Подготовка на библиотека со двојно баркодирање, овозможувајќи здружување на над 1000 примероци.
● Независно од референтниот геном:
Со референтен геном: откривање на SNP и InDel
Без референтен геном: групирање на примероци и откривање на SNP
● Воin-silicoВо фазата пред дизајнирање, се испитуваат повеќекратни комбинации на рестрикциски ензими за да се пронајдат оние што генерираат униформна дистрибуција на SLAF ознаки по должината на геномот.
● За време на предекспериментот, три комбинации на ензими се тестираат во 3 примероци за да се генерираат 9 SLAF библиотеки, а овие информации се користат за избор на оптимална комбинација на рестрикциски ензими за проектот.
Предности на услугата
●Откривање на високи генетски маркериИнтегрираме систем со двоен баркод со висок проток што овозможува истовремено секвенционирање на големи популации и амплификација специфична за локусот што ја зголемува ефикасноста, осигурувајќи дека броевите на ознаките ги задоволуваат разновидните барања на различни истражувачки прашања.
● Ниска зависност од геномотМоже да се примени на видови со или без референтен геном.
●Дизајн на флексибилна шемаМожат да се изберат едноензимско, двоензимско, мултиензимско варење и разни видови ензими за да се задоволат различни истражувачки цели или видови.
● Висока ефикасност во ензимското варењеСпроведувањето наin-silicoПред-дизајнот и пред-експериментот обезбедуваат оптимален дизајн со рамномерна распределба на SLAF ознаките на хромозомот (1 SLAF ознака/4Kb) и намалена повторувачка секвенца (<5%).
●Обемна експертизаВнесуваме богато искуство во секој проект, со рекорд на затворање на над 5000 SLAF-Seq проекти на стотици видови, вклучувајќи растенија, цицачи, птици, инсекти и водни организми.
● Саморазвиен биоинформатички работен текРазвивме интегриран биоинформатички работен тек за SLAF-Seq за да ја обезбедиме сигурноста и точноста на конечниот резултат.
Спецификации за услугата
| Вид на анализа | Препорачана скала на популацијата | Стратегија за секвенционирање | |
| Длабочина на секвенционирање на ознаки | Број на ознака | ||
| Генетски мапи | 2 родители и >150 потомци | Родители: 20x WGS Потомство: 10x | Големина на геномот: <400 Mb: Препорачливо е WGS <1Gb: 100K ознаки 1-2Gb:: 200K ознаки >2Gb: 300K ознаки Максимални 500 илјади ознаки |
| Студии за асоцијација на целиот геном (GWAS) | ≥200 примероци | 10x | |
| Генетска еволуција | ≥30 примероци, со >10 примероци од секоја подгрупа | 10x | |
Барања за услуга
Концентрација ≥ 5 ng/µL
Вкупна количина ≥ 80 ng
Нанокапка OD260/280=1,6-2,5
Агарозен гел: без или ограничена деградација или контаминација
Препорачана достава на примероци
Контејнер: центрифугална цевка од 2 ml
(За повеќето примероци, препорачуваме да не се конзервираат во етанол)
Означување на примероците: Примероците треба да бидат јасно означени и идентични со поднесениот формулар со информации за примерокот.
Испорака: Сув мраз: Примероците прво треба да се спакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
Работен тек на услугата
Примерок за контрола на квалитетот
Пилот експеримент
SLAF-експеримент
Подготовка на библиотеката
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
Нашата биоинформатичка анализа опфаќа:
Квалитетна контрола на податоци и скратување на податоци за отстранување на читања богати со азот, читања од адаптер или читања со низок квалитет.
Втора контрола на квалитетот на чистите отчитувања за да се провери распределбата на базите, квалитетот на секвенцата и проценката на податоците, но исто така и за да се провери ефикасноста на варењето и добиените инсерти.
Откако ќе се проверат отчитувањата, постојат две опции:
- Мапирање на референтниот геном
- Без референтен геном: групирање
После тоа, анализата на SLAF ознаките се користи за да се направи некое повикување на варијанти за да се помогне во откривањето на маркерите: SNP, InDel, SNV, повикување на CV и анотација.
Распределба на SLAF ознаките на хромозомите:
Распределба на SNP на хромозомите:
SNP анотација
Џијанг С, Ли С, Луо Ј, Ванг Х и Ши Ц (2023) QTL мапирање и транскриптомска анализа на содржината на шеќер за време на зреењето на плодовите наPyrus pyrifolia.Фронт. Наука за растенијата.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Ли, Ј., Жанг, Ј., Ма, Р., Хуанг, В., Хоу, Ј., Фанг, К. и Сун, Л. (2022). Идентификацијата на st1 открива селекција што вклучува стопирање на морфологијата на семето и содржината на масло за време на припитомувањето на сојата.Весник за растителна биотехнологија, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Ксу, П., Џанг, Х., Ванг, Х.и др.Геномска секвенца и генетска разновидност на обичниот крап,Кипринус карпио.Нат Женет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Жуанг, В., Чен, Х., Јанг, М.и др.Геномот на култивирани кикирики дава увид во кариотипите на мешунките, еволуцијата на полиплоидите и припитомувањето на земјоделските култури.Нат Женет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Година | Дневник | IF | Наслов | Апликации |
| 2022 година | Комуникации во природата | 17.694 | Геномска основа на гига-хромозомите и гига-геномот на дрвниот божур Пајонија ости | SLAF-GWAS |
| 2015 година | Нов фитолог | 7.433 | Доместикациските траги ги зацврстуваат геномските региони од агрономско значење во соја | SLAF-GWAS |
| 2022 година | Весник за напредни истражувања | 12.822 | Вештачки интрогресии на Gossypium barbadense во G. hirsutum низ целиот геном откриваат супериорни локуси за истовремено подобрување на квалитетот и приносот на памучните влакна особини | SLAF - еволутивна генетика |
| 2019 година | Молекуларна фабрика | 10,81 | Геномската анализа на популацијата и De Novo склопувањето го откриваат потеклото на Weedy Оризот како еволутивна игра | SLAF - еволутивна генетика |
| 2019 година | Природна генетика | 31.616 | Геномска секвенца и генетска разновидност на обичниот крап, Cyprinus carpio | SLAF-Поврзувачка мапа |
| 2014 година | Природна генетика | 25.455 | Геномот на култивирани кикирики дава увид во кариотипите на мешунките, полиплоидот еволуција и припитомување на земјоделските култури. | SLAF-Поврзувачка мапа |
| 2022 година | Весник за растителна биотехнологија | 9.803 | Идентификацијата на ST1 открива селекција што вклучува автостопирање на морфологијата на семето и содржина на масло за време на припитомување на сојата | Развој на SLAF-маркер |
| 2022 година | Меѓународно списание за молекуларни науки | 6.208 | Идентификација и развој на ДНК маркер за пченичен Leymus mollis 2Ns (2D) Дизомска хромозомска супституција | Развој на SLAF-маркер |
| Година | Дневник | IF | Наслов | Апликации |
| 2023 година | Граници во растителната наука | 6.735 | QTL мапирање и транскриптомска анализа на содржината на шеќер за време на зреењето на плодовите на Pyrus pyrifolia | Генетска мапа |
| 2022 година | Весник за растителна биотехнологија | 8.154 | Идентификацијата на ST1 открива селекција што вклучува стопирање на морфологијата на семето и содржината на масло за време на припитомувањето на сојата.
| Повик на ШНП |
| 2022 година | Граници во растителната наука | 6.623 | Мапирање на асоцијации на ниво на геном на фенотипови со едвај лушпа во сушна средина.
| GWAS |
