Не-референтно секвенционирање на мРНК-Илумина
Карактеристики
● Независно од кој било референтен геном,
● Податоците може да се користат за анализа на структурата и изразувањето на транскриптите
l Идентификувајте ги местата за клипирање на променливите
Предности на услугата
● Испорака на резултати заснована на BMKCloud: резултатите се испорачуваат како датотека со податоци и интерактивен извештај преку платформата BMKCloud, што овозможува лесно читање на резултатите од сложената анализа и приспособено рударство на податоци врз основа на стандардна биоинформатичка анализа.
● Услуги по продажба: Услугите по продажба важат 3 месеци по завршувањето на проектот, вклучувајќи следење на проекти, решавање проблеми, прашања и одговори на резултатите итн.
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
| Конк.(ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | За растенија: RIN≥6,5; За животни: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или без основна елевација |
Ткиво: Тежина (суво): ≥1 g
*За ткиво помало од 5 mg, препорачуваме да се испрати флеш замрзнато (во течен азот) примерок од ткиво.
Клеточна суспензија: Број на клетки = 3×107
*Препорачуваме да се испорача замрзнат клеточен лизат.Во случај таа ќелија да брои помала од 5×105, се препорачува блиц замрзнато во течен азот.
Примероци од крв:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIZol и 2mL крв (TRIzol:Крв=3:1)
Препорачана испорака на примероци
Контејнер:
Центрифуга епрувета од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3;Б1, Б2, Б3... ...
Испорака:
1.Сува мраз: Примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2.РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Биоинформатика
1.mRNA(denovo) Принцип на склопување
Според Троица, читањата се фрагментирани на помали парчиња, познати како К-мер.Овие К-мери потоа се користат како семиња кои треба да се прошират во контиги, а потоа како компоненти базирани на контигни преклопувања.Конечно, Де Бруин беше применет овде за да ги препознае преписите во компонентите.
mRNA (De novo) Преглед на Троица
2.mRNA (De novo) Дистрибуција на ниво на генска експресија
RNA-Seq може да постигне високо чувствителна проценка на генската експресија.Вообичаено, опсегот на забелешки на изразот FPKM што може да се открие се движи од 10^-2 до 10^6
mRNA (De novo) Распределба на густината на FPKM во секој примерок
3.mRNA (De novo) GO збогатување анализа на DEGs
GO (Gene Ontology) базата на податоци е структуриран биолошки систем за прибелешки кој содржи стандарден речник на функциите на гените и генските производи.Содржи повеќе нивоа, каде што колку е пониско нивото, толку функциите се поспецифични.
mRNA (De novo) GO класификација на DEG на второ ниво
Случај БМК
Транскриптомска анализа на метаболизмот на сахароза за време на оток и развој на сијалицата кај кромидот (Allium cepa L.)
Објавено: граници во науката за растенијата, 2016 година
Стратегија за секвенционирање
Illumina HiSeq2500
Собирање примероци
Во оваа студија беше користена сортата Јута Yellow Sweet Spain „Y1351“.Бројот на собрани примероци беше
15-ти ден по отекувањето (DAS) на сијалицата (пречник од 2 cm и тежина од 3-4 g), 30-ти DAS (пречник од 5 cm и тежина од 100-110 g) и ~3 на 40-тиот DAS (дијаметар 7 cm и 260-300 грама).
Клучни резултати
1. во Венов дијаграм, вкупно 146 DEG беа откриени во сите три пара развојни фази
2. „Транспорт и метаболизам на јаглени хидрати“ беше претставена со само 585 унигени (т.е. 7% од означениот COG).
3.Unigenes успешно забележани во базата на податоци GO беа класифицирани во три главни категории за трите различни фази на развој на сијалицата.Најзастапени во главната категорија „биолошки процес“ беа „метаболички процес“, а потоа „клеточен процес“.Во главната категорија на „молекуларна функција“ двете категории најзастапени беа „врзувачка“ и „каталитичка активност“.
 Хистограм на кластери на ортологни групи (COG) класификација |  Хистограм на класификација на генетска онтологија (GO) за унигени добиени од светилки во три развојни фази |
 Венов дијаграм кој покажува гени различно изразени во кои било две фази од развојот на сијалицата со кромид |
Референца
Џанг Ц, Џанг Х, Жан З и сор.Транскриптомска анализа на метаболизмот на сахароза за време на оток и развој на сијалицата кај кромидот (Allium cepa L.)[J].Граници во науката за растенијата, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
