Метагеномско секвенционирање -ngs
Метагеном е збирка на вкупниот генетски материјал на мешана заедница на организми, како што се метагеноми на животната средина и човечки. Содржи геноми и на култивирање и некултурни микроорганизми. Метагеномското секвенционирање на пушка со NGS овозможува проучување на овие сложени геномски пејзажи вградени во примероците од животната средина со обезбедување повеќе од таксономско профилирање, давајќи и грануларни увид во различностите на видовите, динамиката на изобилство и сложените структури на населението. Надвор од таксономските студии, метагеномиката со пушка, исто така нуди функционална перспектива на геномиката, овозможувајќи истражување на кодирани гени и нивни наводни улоги во еколошките процеси. Конечно, воспоставувањето мрежи за корелација помеѓу генетските елементи и факторите на животната средина придонесува за холистичко разбирање на сложената меѓусебна меѓусебна меѓусебна заедница и нивната еколошка позадина. Како заклучок, метагеномското секвенционирање е како клучен инструмент за разоткривање на геномските сложености на различни микробни заедници, осветлувајќи ги повеќеслојните односи помеѓу генетиката и екологијата во рамките на овие комплексни екосистеми.
Платформи: Илумина Новасек и DNBSEQ-T7
Предности на услугата
●Изолација и метод без култивирање за профилирање на микробни заедници: Овозможување секвенционирање на генетскиот материјал од некултурни организми.
●Висока резолуција: Откријте видови со ниска изобилство во примероци од животната средина.
●Сеопфатна анализа на биоинформатика:Се фокусираше не само на таксономската разновидност, туку и на функционалната разновидност на заедницата.
●Огромно искуство:Со евиденција за успешно затворање на повеќе проекти за метагеномика во различни домени за истражување и обработка на над 200.000 примероци, нашиот тим носи богатство на искуство на секој проект.
Спецификации на услугите
| Платформа за секвенци | Стратегија за секвенцирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитетот |
| Illumina novaseq или dnbseq-t7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Барања за услуги
| Концентрација (ng/μL) | Вкупна сума (НГ) | Волумен (мл) |
| ≥1 | ≥ 30 | ≥ 20 |
● Почва/тиња: 2-3G
Contentemine содржина на цревата-Анимална: 0,5-2 g
● Содржина на цревата-инсект: 0,1-0,25 g
● Површина на растенијата (збогатен талог): 0,5-1g
● Збогатен талог за супа од ферментација): 0.2-0.5g
● Фекали (големи животни): 0,5-2 g
● Фекали (глувче): 3-5 грани
● Белодробна алвеоларна лаважа течност: Филтерска хартија
● Вагинален брис: 5-6 брисеви
● Кожа/генитален брис/плунка/орално меко ткиво/фарингеално брис/ректален брис: 2-3 брисеви
● Површински микроорганизам: 5-6 брисеви
● Вода/воздух/биофилм: Филтерска хартија
● Ендофити: 2-3G
● Стоматолошка плакета: 0,5-1g
Проток на работа на услуги
Испорака на примерок
Библиотека изградба
Секвенцирање
Анализа на податоците
Услуги по продажба
Вклучува следнава анализа:
● Контрола на квалитетот на податоците за секвенционирање
● Собрание на метагеном и предвидување на гени
● Ген прибелешка
● Анализа на различноста на таксономската алфа
● Функционална анализа на заедницата: биолошка функција, метаболички, отпорност на антибиотици
● Анализа и за функционална и таксономска разновидност:
Анализа на бета разновидност
Интер-група анализа
Анализа на корелација: помеѓу факторите на животната средина и надвор од составот и различностите
Функционална анализа: Отпорност на антибиотици со картички
Диференцијална анализа на метаболичките патеки на KEGG: топлинска мапа на значајни патеки
Алфа разновидност на таксономската дистрибуција: Индекс на ACE
Бета разновидност на таксономската дистрибуција: PCOA
Истражете ги напредокот олеснети од услугите за секвенционирање на метагеном на БМКГЕН со Илумина преку курирана колекција на публикации.
Хаи, П. и др. (2023) „Метагеномска и метаболична анализа на промени во содржината на цревата на пастрмка на виножитото (Oncorhynchus mykiss) заразена со заразен хематопоетски некроза вирус на различни температури на вода во вода“,,Граници во микробиологија, 14, стр. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Мао, Ц. и др. (2023) „Микробни заедници, гени на отпор и ризици од отпори во урбаните езера со различни трофични состојби: внатрешни врски и надворешни влијанија“,Весник на напредок на опасни материјали, 9, стр. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Су, М. и др. (2022) „Метагеномската анализа открила разлики во составот и функцијата помеѓу микроорганизмите поврзани со течноста и цврсто поврзани со румен на овци“,Граници во микробиологија, 13, стр. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Јин, Ј и др. (2023) „Дебели нингксианг свињи-добиени микробиота го пренасочуваат метаболизмот на карнитин за да промовираат таложење на мускулна масна киселина во посно свињи“,Иновацијата, 4 (5), стр. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Haао, Х. и др. (2023) „Метагеномски увид во потенцијалните ризици на репрезентативни био/не-деградирани пластични и непластични остатоци во горниот и долниот дострел на вливот на Хаих, Кина“,Наука за вкупната околина, 887, стр. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
