Метагеномско секвенционирање -NGS
Метагеномот е збирка од вкупниот генетски материјал на мешана заедница на организми, како што се метагеномите на животната средина и луѓето. Содржи геноми и на одгледувачки и на некултивирачки микроорганизми. Брзото метагеномско секвенционирање со NGS овозможува проучување на овие сложени геномски предели вградени во примероците од животната средина, обезбедувајќи повеќе од таксономско профилирање, давајќи и грануларен увид во разновидноста на видовите, динамиката на изобилството и сложените структури на популацијата. Надвор од таксономските студии, брзата метагеномика нуди и функционална геномска перспектива, овозможувајќи истражување на кодирани гени и нивните претпоставени улоги во еколошките процеси. Конечно, воспоставувањето на корелациски мрежи помеѓу генетските елементи и факторите на животната средина придонесува за холистичко разбирање на сложената интеракција помеѓу микробните заедници и нивната еколошка позадина. Како заклучок, метагеномското секвенционирање претставува клучен инструмент за разоткривање на геномските сложености на разновидните микробни заедници, осветлувајќи ги повеќеслојните односи помеѓу генетиката и екологијата во рамките на овие сложени екосистеми.
Платформи: Illumina NovaSeq и DNBSEQ-T7
Предности на услугата
●Метод без изолација и култивација за профилирање на микробната заедницаОвозможување на секвенционирање на генетски материјал од некултивирани организми.
●Висока резолуцијаДетектирање на видови со мала застапеност во примероци од животната средина.
●Сеопфатна биоинформатичка анализа:Фокусиран не само на таксономската разновидност, туку и на функционалната разновидност на заедницата.
●Обемно искуство:Со историја на успешно затворање на повеќе метагеномски проекти во различни истражувачки домени и обработка на над 200.000 примероци, нашиот тим внесува богато искуство во секој проект.
Спецификации за услугата
| Платформа за секвенционирање | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Illumina NovaSeq или DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
Барања за услуга
| Концентрација (ng/µL) | Вкупна количина (ng) | Волумен (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Почва/кал: 2-3 г
● Цревна содржина - животинско: 0,5-2 g
● Цревна содржина - инсекти: 0,1-0,25 г
● Површина на растението (збогатен седимент): 0,5-1 g
● Седимент збогатен со ферментациска супа): 0,2-0,5 г
● Фекал (големи животни): 0,5-2 г
● Фекал (глушец): 3-5 зрна
● Течност за лаважа на пулмоналната алвеола: филтер-хартија
● Вагинален брис: 5-6 брисеви
● Брис од кожа/генитални ткива/плунка/орален мек ткивен брис/фарингеален брис/ректален брис: 2-3 брисеви
● Површински микроорганизам: 5-6 брисеви
● Водна површина/воздух/биофилм: филтер-хартија
● Ендофити: 2-3 г
● Забен плак: 0,5-1 g
Тек на работа на услугата
Достава на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
Вклучува следнава анализа:
● Контрола на квалитетот на податоците за секвенционирање
● Составување на метагеном и предвидување на гени
● Генска анотација
● Таксономска анализа на алфа разновидност
● Функционална анализа на заедницата: биолошка функција, метаболизам, отпорност на антибиотици
● Анализа и на функционалната и на таксономската разновидност:
Анализа на бета разновидност
Меѓугрупна анализа
Корелација анализа: помеѓу факторите на животната средина и составот и разновидноста на OUT
Функционална анализа: CARD отпорност на антибиотици
Диференцијална анализа на KEGG метаболичките патишта: топлинска мапа на значајни патишта
Алфа разновидност на таксономска дистрибуција: ACE индекс
Бета разновидност на таксономска дистрибуција: PCoA
Истражете ги напредоците овозможени од услугите за секвенционирање метагеном на BMKGene со Illumina преку курирана колекција на публикации.
Хаи, К. и др. (2023) „Метагеномска и метаболомска анализа на промените во цревната содржина на виножитна пастрмка (Oncorhynchus mykiss) инфицирана со инфективен вирус на хематопоетска некроза на различни температури на водата во културата“,Граници во микробиологијата, 14, стр. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Мао, Ц. и др. (2023) „Микробни заедници, гени на отпорност и ризици од отпор во урбаните езера со различни трофични состојби: Внатрешни врски и надворешни влијанија“,Весник за напредоци во опасните материјали, 9, стр. 100233. дои: 10.1016/Ј.ХАЗАДВ.2023.100233.
Су, М. и др. (2022) „Метагеномската анализа откри разлики во составот и функцијата помеѓу микроорганизмите поврзани со течност и цврсти материи кај овчиот бураг“,Граници во микробиологијата, 13, стр. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Јин, Ј. и др. (2023) „Микробиотата добиена од дебели свињи Нингксианг го пренасочува метаболизмот на карнитинот за да го поттикне таложењето на мускулните масни киселини кај слаби DLY свињи“,Иновацијата, 4 (5), стр. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Жао, Х. и др. (2023) „Метагеномски увид во потенцијалните ризици од репрезентативни био/неразградливи пластични и непластични остатоци во горниот и долниот тек на естуарот Хаихе, Кина“,Наука за целокупната животна средина, 887, стр. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
