Метагеномско секвенционирање -NGS
Предности на услугата
● Без изолација и одгледување за профилирање на микробната заедница
● Висока резолуција при откривање на видови со мала изобилство во примероците од животната средина
● Идејата за „мета-“ ги интегрира сите биолошки карактеристики на функционално ниво, ниво на вид и ниво на ген, што одразува динамичен поглед кој е поблизок до реалноста.
● BMK акумулира огромно искуство во различни типови примероци со над 10.000 обработени примероци.
Спецификации за услуги
| Платформа | Секвенционирање | Препорачани податоци | Време на пресврт |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 Г/10 Г/20 Г | 45 работни дена |
Биоинформатички анализи
● Контрола на квалитетот на необработените податоци
● Склоп на метагеном
● Неизлишни генски сет и прибелешки
● Анализа на разновидноста на видовите
● Анализа на различноста на генетските функции
● Меѓугрупна анализа
● Анализа на асоцијација против експериментални фактори
Примерок барања и испорака
Барања за примероци:
ЗаДНК екстракти:
| Тип на примерок | износ | Концентрација | Чистота |
| ДНК екстракти | ＞ 100 нг | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
За примероци од животната средина:
| Тип на примерок | Препорачана процедура за земање мостри |
| Почва | Количина на примерок: прибл.5 g;Преостанатата исушена супстанција треба да се отстрани од површината;Мелете големи парчиња и поминете низ филтер од 2 мм;Алицирани примероци во стерилна ЕП-цевка или цироцевка за резервација. |
| Измет | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примероци во стерилна EP-цевка или криотуба за резервација. |
| Цревната содржина | Примероците треба да се обработат во асептична состојба.Измијте го собраното ткиво со PBS;Центрифугирајте го PBS и соберете го преципитантот во EP-цевки. |
| Тиња | Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примерок од тиња во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација |
| Водно тело | За примерок со ограничено количество микроби, како што се вода од чешма, бунарска вода итн., Соберете најмалку 1 L вода и поминете низ филтер од 0,22 μm за да го збогатите микроорганизмот на мембраната.Чувајте ја мембраната во стерилна цевка. |
| Кожата | Внимателно изгребете ја површината на кожата со стерилен памук или хируршко сечило и ставете ја во стерилна цевка. |
Препорачана испорака на примероци
Замрзнете ги примероците во течен азот 3-4 часа и чувајте ги во течен азот или -80 степени до долгорочна резервација.Потребна е испорака на примероци со сув мраз.
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1.Хистограм: Распределба на видови
2. Функционални гени означени на метаболичките патишта на KEGG
3. Топлинска карта: Диференцијални функции врз основа на релативното генско изобилство
4. Циркос на гените за отпорност на антибиотици CARD
Случај БМК
Преваленца на гените за отпорност на антибиотици и бактериски патогени долж континуумот на коренот на почвата-мангрова
Објавено:Весник за опасни материјали, 2021 година
Стратегија за секвенционирање:
Материјали: ДНК екстракти од четири фрагменти од примероци поврзани со коренот на мангрова: незасадена почва, ризосфера, еписфера и ендосфера
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Цели: Метагеном
16S rRNA ген V3-V4 регион
Клучни резултати
Метагеномско секвенционирање и метабаркодирање профилирање на континуумот почва-корен на фиданки од мангрови беа обработени со цел да се проучи дисеминацијата на гените за отпорност на антибиотици (ARGs) од почвата во растенијата.Метагеномските податоци открија дека 91,4% од гените за отпорност на антибиотици најчесто се идентификувани во сите четири почвени прегради споменати погоре, што покажа континуирано мода.Секвенционирањето на 16S rRNA ампликон генерира 29.285 секвенци, што претставува 346 видови.Во комбинација со профилирањето на видовите со ампликонско секвенционирање, беше откриено дека оваа дисеминација е независна од микробиотата поврзана со коренот, но сепак, може да се олесни со мобилните генетски елементи.Оваа студија го идентификуваше протокот на ARG и патогени од почвата во растенијата преку меѓусебно поврзан континуум почва-корен.
Референца
Ванг, Ц., Ху, Р., Стронг, ПЈ, Жуанг, В. и Шу, Л.(2020).Преваленца на гени за отпорност на антибиотици и бактериски патогени долж континуумот на почва-корен мангрова.Весник за опасни материјали, 408, 124985.
