-
ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം
ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ സ്റ്റഡീസിന്റെ (GWAS) ലക്ഷ്യം പ്രത്യേക സ്വഭാവസവിശേഷതകളുമായി (ഫിനോടൈപ്പുകൾ) ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങൾ (ജീനോടൈപ്പുകൾ) തിരിച്ചറിയുക എന്നതാണ്. ധാരാളം വ്യക്തികളുടെ ജീനോമിലുടനീളം ജനിതക മാർക്കറുകൾ സൂക്ഷ്മമായി പരിശോധിച്ചുകൊണ്ട്, ജനസംഖ്യാ തലത്തിലുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് വിശകലനങ്ങളിലൂടെ GWAS ജനിതക-ഫിനോടൈപ്പ് അസോസിയേഷനുകളെ എക്സ്ട്രാപോളേറ്റ് ചെയ്യുന്നു. മനുഷ്യരോഗങ്ങളെക്കുറിച്ച് ഗവേഷണം നടത്തുന്നതിലും മൃഗങ്ങളിലോ സസ്യങ്ങളിലോ ഉള്ള സങ്കീർണ്ണമായ സ്വഭാവസവിശേഷതകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പ്രവർത്തനപരമായ ജീനുകൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുന്നതിലും ഈ രീതിശാസ്ത്രം വിപുലമായ പ്രയോഗങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നു.
BMKGENE-ൽ, വലിയ ജനസംഖ്യയിൽ GWAS നടത്തുന്നതിന് ഞങ്ങൾ രണ്ട് വഴികൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു: ഹോൾ-ജീനോം സീക്വൻസിങ് (WGS) ഉപയോഗിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ ഇൻ-ഹൗസ് വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെന്റ് (SLAF) എന്ന കുറഞ്ഞ പ്രാതിനിധ്യ ജീനോം സീക്വൻസിങ് രീതി തിരഞ്ഞെടുക്കുക. ചെറിയ ജീനോമുകൾക്ക് WGS അനുയോജ്യമാണെങ്കിലും, ഉയർന്ന ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തൽ കാര്യക്ഷമത ഉറപ്പാക്കുന്നതിനൊപ്പം, നീളമുള്ള ജീനോമുകളുള്ള വലിയ ജനസംഖ്യയെക്കുറിച്ച് പഠിക്കുന്നതിനുള്ള ചെലവ് കുറഞ്ഞ ബദലായി SLAF ഉയർന്നുവരുന്നു.
-
സസ്യ/മൃഗ ജീനോം മുഴുവൻ ശ്രേണിയും
ഒരു ജീവിയുടെ ജീനോമിന്റെ മുഴുവൻ ഡിഎൻഎ ശ്രേണിയും ഒറ്റയടിക്ക് നിർണ്ണയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന സാങ്കേതിക വിദ്യയാണ് ഹോൾ ജീനോം സീക്വൻസിങ് (WGS).
സാധാരണയായി, ഒരു റഫറൻസ് ജീനോമിന്റെ നിലനിൽപ്പിനെ ആശ്രയിച്ച് സേവനത്തെ രണ്ട് വ്യത്യസ്ത ഗ്രൂപ്പുകളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു:
- ഡി നോവോമുഴുവൻ ജീനോം സീക്വൻസിംഗ്.ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, സീക്വൻസുചെയ്യേണ്ട ജീനോമിന് ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ലഭ്യമല്ല, അതിനാൽ, ഈ സീക്വൻസിംഗിന്റെ ലക്ഷ്യം അത് സൃഷ്ടിക്കുക (അല്ലെങ്കിൽ നിലവിലുള്ള ഒന്ന് മെച്ചപ്പെടുത്തുക) എന്നതാണ്. റീഡുകൾക്കിടയിൽ ഓവർലാപ്പ് സൃഷ്ടിച്ചുകൊണ്ട് ജീനോം അസംബ്ലി മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഈ സാങ്കേതികതയ്ക്ക് ഇല്ലുമിന ഡാറ്റയും ലോംഗ്-റീഡ് സീക്വൻസിംഗും ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട്.
- പുനഃക്രമീകരണം.അറിയപ്പെടുന്ന റഫറൻസ് ജീനോമുകളുള്ള വ്യത്യസ്ത ജീവിവർഗങ്ങളുടെ മുഴുവൻ ജീനോം സീക്വൻസിംഗിനെയും ഇത് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ഈ അടിസ്ഥാനത്തിൽ, വ്യക്തികളുടെയോ ജനസംഖ്യയുടെയോ ജീനോമിക് വ്യത്യാസങ്ങൾ കൂടുതൽ തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും.
-
പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം
SNP-കൾ, InDels, SV-കൾ, CNV-കൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, ഒരു വലിയ കൂട്ടം വ്യക്തികൾക്കുള്ളിലെ പരിണാമത്തിന്റെ ഉൾക്കാഴ്ചയുള്ള വ്യാഖ്യാനം നൽകുന്നതിനായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്ന ഒരു സമഗ്രമായ സീക്വൻസിംഗ് സേവനമാണ് Evolutionary Genetics. ജനസംഖ്യാ ഘടന, ജനിതക വൈവിധ്യം, ഫൈലോജെനെറ്റിക് ബന്ധങ്ങൾ എന്നിവയുടെ വിലയിരുത്തലുകൾ ഉൾപ്പെടെ, ജനസംഖ്യയുടെ പരിണാമ മാറ്റങ്ങളും ജനിതക സവിശേഷതകളും വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ എല്ലാ അവശ്യ വിശകലനങ്ങളും ഈ സേവനം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. മാത്രമല്ല, ജീൻ ഒഴുക്കിനെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനങ്ങളിലേക്ക് ഇത് ആഴ്ന്നിറങ്ങുന്നു, ഫലപ്രദമായ ജനസംഖ്യാ വലുപ്പത്തിന്റെയും വ്യതിചലന സമയത്തിന്റെയും കണക്കാക്കൽ സാധ്യമാക്കുന്നു. പരിണാമ ജനിതക പഠനങ്ങൾ ജീവിവർഗങ്ങളുടെ ഉത്ഭവത്തെയും പൊരുത്തപ്പെടുത്തലുകളെയും കുറിച്ചുള്ള വിലപ്പെട്ട ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു.
BMKGENE-ൽ, വലിയ ജനവിഭാഗങ്ങളിൽ പരിണാമ ജനിതക പഠനങ്ങൾ നടത്തുന്നതിന് ഞങ്ങൾ രണ്ട് വഴികൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു: മുഴുവൻ-ജീനോം സീക്വൻസിംഗ് (WGS) ഉപയോഗിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ ഇൻ-ഹൗസ് വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെന്റ് (SLAF) എന്ന കുറഞ്ഞ പ്രാതിനിധ്യ ജീനോം സീക്വൻസിംഗ് രീതി തിരഞ്ഞെടുക്കുക. ചെറിയ ജീനോമുകൾക്ക് WGS അനുയോജ്യമാണെങ്കിലും, നീളമുള്ള ജീനോമുകളുള്ള വലിയ ജനവിഭാഗങ്ങളെ പഠിക്കുന്നതിനുള്ള ചെലവ് കുറഞ്ഞ ബദലായി SLAF ഉയർന്നുവരുന്നു, ഇത് സീക്വൻസിംഗ് ചെലവ് ഫലപ്രദമായി കുറയ്ക്കുന്നു.
-
താരതമ്യ ജീനോമിക്സ്
വ്യത്യസ്ത ജീവിവർഗങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള മുഴുവൻ ജീനോം ശ്രേണികളുടെയും ഘടനകളുടെയും പരിശോധനയും താരതമ്യവും താരതമ്യവും ഉൾപ്പെടുന്നു. വിവിധ ജീവികളിലുടനീളമുള്ള സംരക്ഷിതമോ വ്യത്യസ്തമോ ആയ ശ്രേണി ഘടനകളെയും ഘടകങ്ങളെയും തിരിച്ചറിയുന്നതിലൂടെ ജീവിവർഗങ്ങളുടെ പരിണാമം അനാവരണം ചെയ്യുക, ജീൻ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഡീകോഡ് ചെയ്യുക, ജനിതക നിയന്ത്രണ സംവിധാനങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുക എന്നിവയാണ് ഈ മേഖലയുടെ ലക്ഷ്യം. ജീൻ കുടുംബങ്ങൾ, പരിണാമ വികസനം, മുഴുവൻ ജീനോം തനിപ്പകർപ്പ് സംഭവങ്ങൾ, തിരഞ്ഞെടുത്ത സമ്മർദ്ദങ്ങളുടെ സ്വാധീനം തുടങ്ങിയ വിശകലനങ്ങൾ ഒരു സമഗ്ര താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് പഠനത്തിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു.
-
ഹൈ-സി അധിഷ്ഠിത ജീനോം അസംബ്ലി
പ്രോക്സിമിറ്റി-അധിഷ്ഠിത ഇടപെടലുകളും ഉയർന്ന-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗും സംയോജിപ്പിച്ച് ക്രോമസോം കോൺഫിഗറേഷൻ പിടിച്ചെടുക്കാൻ രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത ഒരു രീതിയാണ് ഹൈ-സി. ഈ ഇടപെടലുകളുടെ തീവ്രത ക്രോമസോമുകളിലെ ഭൗതിക ദൂരവുമായി നെഗറ്റീവ് ആയി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. അതിനാൽ, ഒരു ഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോമിൽ അസംബിൾ ചെയ്ത സീക്വൻസുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, ക്രമപ്പെടുത്തൽ, ഓറിയന്റിംഗ് എന്നിവയെ നയിക്കുന്നതിനും അവയെ ഒരു നിശ്ചിത എണ്ണം ക്രോമസോമുകളിൽ നങ്കൂരമിടുന്നതിനും ഹൈ-സി ഡാറ്റ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ജനസംഖ്യാ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ജനിതക ഭൂപടത്തിന്റെ അഭാവത്തിൽ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ ഒരു ക്രോമസോം-ലെവൽ ജീനോം അസംബ്ലിയെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നു. ഓരോ ജീനോമിനും ഒരു ഹൈ-സി ആവശ്യമാണ്.
-
പ്ലാൻ്റ്/ആനിമൽ ഡി നോവോ ജീനോം സീക്വൻസിങ്
ഡി നോവോഒരു റഫറൻസ് ജീനോമിന്റെ അഭാവത്തിൽ സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഒരു സ്പീഷീസിന്റെ മുഴുവൻ ജീനോമും നിർമ്മിക്കുന്നതിനെയാണ് സീക്വൻസിംഗ് എന്ന് പറയുന്നത്. ദൈർഘ്യമേറിയ റീഡുകൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന മൂന്നാം തലമുറ സീക്വൻസിംഗിന്റെ ആമുഖവും വ്യാപകമായ സ്വീകാര്യതയും, റീഡുകൾക്കിടയിലുള്ള ഓവർലാപ്പ് വർദ്ധിപ്പിച്ചുകൊണ്ട് ജീനോം അസംബ്ലിയെ ഗണ്യമായി മെച്ചപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഉയർന്ന ഹെറ്ററോസൈഗോസിറ്റി, ആവർത്തന മേഖലകളുടെ ഉയർന്ന അനുപാതം, പോളിപ്ലോയിഡുകൾ, ആവർത്തിച്ചുള്ള ഘടകങ്ങൾ, അസാധാരണമായ ജിസി ഉള്ളടക്കങ്ങൾ, അല്ലെങ്കിൽ ഹ്രസ്വ-വായനാ സീക്വൻസിംഗ് മാത്രം ഉപയോഗിച്ച് സാധാരണയായി മോശമായി കൂട്ടിച്ചേർക്കപ്പെടുന്ന ഉയർന്ന സങ്കീർണ്ണത എന്നിവയുള്ള മേഖലകൾ പോലുള്ള വെല്ലുവിളി നിറഞ്ഞ ജീനോമുകളെ കൈകാര്യം ചെയ്യുമ്പോൾ ഈ മെച്ചപ്പെടുത്തൽ പ്രത്യേകിച്ചും പ്രസക്തമാണ്.
ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള ഡി നോവോ അസംബിൾഡ് ജീനോം നൽകുന്ന സംയോജിത സീക്വൻസിംഗ് സേവനങ്ങളും ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനവും ഞങ്ങളുടെ വൺ-സ്റ്റോപ്പ് സൊല്യൂഷൻ നൽകുന്നു. ഇല്ലുമിനയുമായുള്ള ഒരു പ്രാരംഭ ജീനോം സർവേ ജീനോം വലുപ്പത്തിന്റെയും സങ്കീർണ്ണതയുടെയും ഏകദേശ കണക്കുകൾ നൽകുന്നു, കൂടാതെ ഈ വിവരങ്ങൾ PacBio HiFi ഉപയോഗിച്ചുള്ള ദീർഘവായന സീക്വൻസിംഗിന്റെ അടുത്ത ഘട്ടത്തെ നയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു, തുടർന്ന്ഡി നോവോകോണ്ടിഗുകളുടെ അസംബ്ലി. HiC അസംബ്ലിയുടെ തുടർന്നുള്ള ഉപയോഗം കോണ്ടിഗുകളെ ജീനോമിലേക്ക് ഉറപ്പിക്കാൻ സഹായിക്കുന്നു, ഇത് ഒരു ക്രോമസോം-ലെവൽ അസംബ്ലി നേടുന്നു. ഒടുവിൽ, ജീൻ പ്രവചനത്തിലൂടെയും പ്രകടിപ്പിക്കപ്പെട്ട ജീനുകളെ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിലൂടെയും, ഹ്രസ്വവും ദീർഘവുമായ റീഡുകളുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമുകൾ അവലംബിച്ചുകൊണ്ട് ജീനോം വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടുന്നു.
-
ഹ്യൂമൻ ഹോൾ എക്സോം സീക്വൻസിങ്
രോഗകാരണമായ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ കൃത്യമായി കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള ചെലവ് കുറഞ്ഞതും ശക്തവുമായ ഒരു സീക്വൻസിംഗ് സമീപനമായി ഹ്യൂമൻ ഹോൾ എക്സോം സീക്വൻസിംഗ് (hWES) വ്യാപകമായി അംഗീകരിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. മുഴുവൻ ജീനോമിന്റെയും ഏകദേശം 1.7% മാത്രമേ എക്സോണുകൾ ഉള്ളൂവെങ്കിലും, മൊത്തം പ്രോട്ടീൻ പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ പ്രൊഫൈൽ നേരിട്ട് പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്നതിലൂടെ എക്സോണുകൾ നിർണായക പങ്ക് വഹിക്കുന്നു. പ്രത്യേകിച്ച്, മനുഷ്യ ജീനോമിൽ, രോഗങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ 85% ത്തിലധികം പ്രോട്ടീൻ കോഡിംഗ് മേഖലകളിൽ പ്രകടമാകുന്നു. വിവിധ ഗവേഷണ ലക്ഷ്യങ്ങൾ കൈവരിക്കുന്നതിന് ലഭ്യമായ രണ്ട് വ്യത്യസ്ത എക്സോൺ ക്യാപ്ചറിംഗ് തന്ത്രങ്ങളുള്ള സമഗ്രവും വഴക്കമുള്ളതുമായ ഒരു ഹ്യൂമൻ ഹോൾ എക്സോം സീക്വൻസിംഗ് സേവനം BMKGENE വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
-
സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെന്റ് സീക്വൻസിങ് (SLAF-Seq)
BMKGene സ്വതന്ത്രമായി വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത ഈ രീതിയെ, റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസന്റേഷൻ ജീനോം സീക്വൻസിംഗിനുള്ളിൽ തരംതിരിക്കാം. ഓരോ പ്രോജക്റ്റിനും സജ്ജമാക്കിയിരിക്കുന്ന റെസ്ട്രിക്ഷൻ എൻസൈമിനെ ഇത് ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നു. ഇത് ജീനോമിലുടനീളം ഒരേപോലെ വിതരണം ചെയ്യപ്പെടുന്ന ഗണ്യമായ എണ്ണം SLAF ടാഗുകളുടെ (സീക്വൻസ് ചെയ്യപ്പെടുന്ന ജീനോമിന്റെ 400-500 bps മേഖലകൾ) ജനറേഷൻ ഉറപ്പാക്കുന്നു, അതേസമയം ആവർത്തിച്ചുള്ള മേഖലകളെ ഫലപ്രദമായി ഒഴിവാക്കുന്നു, അങ്ങനെ മികച്ച ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തൽ ഉറപ്പാക്കുന്നു.
ഇത് വേഗത്തിലുള്ള ജനിതകമാറ്റം നൽകുകയും ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തലിൽ കാര്യക്ഷമത നിലനിർത്തിക്കൊണ്ട് സാമ്പിളിന്റെ ചെലവ് കുറയ്ക്കുന്നതിലൂടെ പ്രവർത്തനപരമായ ജീൻ കണ്ടെത്തലിനോ പരിണാമ വിശകലനത്തിനോ അടിസ്ഥാനം സജ്ജമാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. നിയന്ത്രണ എൻസൈമുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡിഎൻഎ ദഹിപ്പിച്ച് ഒരു പ്രത്യേക ശകല വലുപ്പ പരിധിയിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിച്ചുകൊണ്ട് ആർആർജിഎസ് ഇത് നേടുന്നു, അതുവഴി ജീനോമിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രം ക്രമപ്പെടുത്തുന്നു. വിവിധ ആർആർജിഎസ് രീതിശാസ്ത്രങ്ങളിൽ, സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെന്റ് സീക്വൻസിങ് (എസ്എൽഎഎഫ്) ഒരു ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാവുന്നതും ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ളതുമായ സമീപനമാണ്.
