റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസൻ്റേഷൻ ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (RRBS)
ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണത്തിൽ ഹോൾ ജിനോം ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗിന് (ഡബ്ല്യുജിബിഎസ്) ചെലവ് കുറഞ്ഞതും കാര്യക്ഷമവുമായ ബദലായി റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസൻ്റേഷൻ ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (ആർആർബിഎസ്) ഉയർന്നുവന്നിട്ടുണ്ട്. ഒരൊറ്റ അടിസ്ഥാന റെസല്യൂഷനിൽ മുഴുവൻ ജീനോമും പരിശോധിച്ചുകൊണ്ട് WGBS സമഗ്രമായ ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുമ്പോൾ, അതിൻ്റെ ഉയർന്ന വില പരിമിതപ്പെടുത്തുന്ന ഘടകമാണ്. ജീനോമിൻ്റെ ഒരു പ്രതിനിധി ഭാഗം തിരഞ്ഞെടുത്ത് വിശകലനം ചെയ്തുകൊണ്ട് RRBS ഈ വെല്ലുവിളിയെ തന്ത്രപരമായി ലഘൂകരിക്കുന്നു. 200-500/600 ബിപിഎസ് ശകലങ്ങളുടെ വലിപ്പം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനെ തുടർന്ന് എംഎസ്പിഐ പിളർപ്പിലൂടെ സിപിജി ദ്വീപ് സമ്പന്നമായ പ്രദേശങ്ങളെ സമ്പുഷ്ടമാക്കുന്നതിനെയാണ് ഈ രീതി ആശ്രയിക്കുന്നത്. തൽഫലമായി, സിപിജി ദ്വീപുകൾക്ക് സമീപമുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ മാത്രമേ ക്രമീകരിച്ചിട്ടുള്ളൂ, അതേസമയം വിദൂര സിപിജി ദ്വീപുകളുള്ളവ വിശകലനത്തിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയിരിക്കുന്നു. ഈ പ്രക്രിയ, ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗുമായി സംയോജിപ്പിച്ച്, ഡിഎൻഎ മെത്തിലൈലേഷൻ ഉയർന്ന റെസല്യൂഷനിൽ കണ്ടെത്തുന്നതിന് അനുവദിക്കുന്നു, കൂടാതെ സീക്വൻസിംഗ് സമീപനം, PE150, മധ്യഭാഗത്തേക്കാൾ ഇൻസെർട്ടുകളുടെ അറ്റത്ത് പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കുന്നു, ഇത് മെഥിലേഷൻ പ്രൊഫൈലിങ്ങിൻ്റെ കാര്യക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു. ചെലവ് കുറഞ്ഞ ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണം പ്രാപ്തമാക്കുകയും എപിജെനെറ്റിക് മെക്കാനിസങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള അറിവ് വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്ന വിലമതിക്കാനാവാത്ത ഉപകരണമാണ് ആർആർബിഎസ്.
സേവന സവിശേഷതകൾ
● ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ആവശ്യമാണ്.
● Bisulfite പരിവർത്തന കാര്യക്ഷമത നിരീക്ഷിക്കാൻ Lambda DNA ഉപയോഗിക്കുന്നു.
● MspI ദഹനക്ഷമതയും നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു.
● Illumina NovaSeq-ൽ സീക്വൻസിങ്.
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●WGBS-ന് ചെലവ് കുറഞ്ഞതും കാര്യക്ഷമവുമായ ബദൽ: കുറഞ്ഞ ചെലവിലും കുറഞ്ഞ സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളോടെയും വിശകലനം സാധ്യമാക്കുന്നു.
●സമ്പൂർണ്ണ പ്ലാറ്റ്ഫോം:സാമ്പിൾ പ്രോസസ്സിംഗ്, ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം, ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് അനാലിസിസ് വരെയുള്ള സീക്വൻസിങ് എന്നിവയിൽ നിന്ന് ഒറ്റത്തവണ മികച്ച സേവനം നൽകുക.
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യം: RRBS സീക്വൻസിങ് പ്രോജക്ടുകൾ വൈവിധ്യമാർന്ന ജീവിവർഗങ്ങളിലുടനീളം വിജയകരമായി പൂർത്തിയാക്കിയതോടെ, BMKGENE ഒരു ദശാബ്ദത്തിലേറെ അനുഭവസമ്പത്തും ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള വിശകലന സംഘവും സമഗ്രമായ ഉള്ളടക്കവും മികച്ച വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണയും നൽകുന്നു.
●ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ് അനാലിസിസിനൊപ്പം ചേരാനുള്ള സാധ്യത: RNA-seq പോലുള്ള മറ്റ് ഒമിക്സ് ഡാറ്റയുമായി WGBS-ൻ്റെ സംയോജിത വിശകലനം അനുവദിക്കുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| ലൈബ്രറി | സീക്വൻസിങ് സ്ട്രാറ്റജി | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ ഔട്ട്പുട്ട് | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| എംഎസ്പിഐ ഡൈജസ്റ്റഡ്, ബിസൾഫൈറ്റ് ചികിത്സിച്ച ലൈബ്രറി | ഇല്ലുമിന PE150 | 10 ജിബി | Q30≥85% Bisulfite പരിവർത്തനം>99% എംഎസ്പിഐ കട്ടിംഗ് കാര്യക്ഷമത > 95% |
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ
| ഏകാഗ്രത (ng/µL) | ആകെ തുക (µg) |
| |
| ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ | ≥30 | ≥1 | പരിമിതമായ അപചയം അല്ലെങ്കിൽ മലിനീകരണം |
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
● റോ സീക്വൻസിങ് ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം;
● റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്കുള്ള മാപ്പിംഗ്;
● 5mC മീഥൈലേറ്റഡ് ബേസുകളും മോട്ടിഫ് ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷനും കണ്ടെത്തൽ;
● മിഥിലേഷൻ വിതരണത്തിൻ്റെയും സാമ്പിൾ താരതമ്യത്തിൻ്റെയും വിശകലനം;
● ഡിഫറൻഷ്യലി മെഥൈലേറ്റഡ് റീജിയണുകളുടെ (DMRs) വിശകലനം;
● DMR-കളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം.
ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം: ദഹനക്ഷമത (ജീനോം മാപ്പിംഗിൽ)
ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം: ബിസൾഫൈറ്റ് പരിവർത്തനം (മെത്തിലേഷൻ ഇൻഫോ എക്സ്ട്രാക്ഷനിൽ)
മെഥിലേഷൻ മാപ്പ്: 5mC മെത്തിലേഷൻ ജീനോം-വൈഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ
സാമ്പിൾ താരതമ്യം: പ്രധാന ഘടക വിശകലനം
ഡിഫറൻഷ്യലി മെഥൈലേറ്റഡ് റീജിയൻസ് (ഡിഎംആർ) വിശകലനം: ഹീറ്റ്മാപ്പ്
പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene-ൻ്റെ മുഴുവൻ ജീനോം ബൈസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് സേവനങ്ങൾ വഴി സുഗമമാക്കിയ ഗവേഷണ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
ലി, Z. et al. (2022) 'CRISPR ആക്റ്റിവേഷനും പാരാക്രൈൻ ഘടകങ്ങളും വഴി ലെയ്ഡിഗ് പോലെയുള്ള സെല്ലുകളിലേക്ക് ഉയർന്ന വിശ്വാസ്യത പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നു',PNAS നെക്സസ്, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
ടിയാൻ, എച്ച്. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'ചൈനീസ് മോണോസൈഗോട്ടിക് ഇരട്ടകളിലെ ശരീരഘടനയുടെ ജീനോം-വൈഡ് ഡിഎൻഎ മെത്തിലേഷൻ വിശകലനം',യൂറോപ്യൻ ജേണൽ ഓഫ് ക്ലിനിക്കൽ ഇൻവെസ്റ്റിഗേഷൻ, 53(11), പേ. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
വു, Y. et al. (2022) 'ഡിഎൻഎ മെഥൈലേഷനും അരക്കെട്ട്-ഹിപ് അനുപാതവും: ചൈനീസ് മോണോസൈഗോട്ടിക് ഇരട്ടകളിൽ ഒരു എപിജെനോം വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനം',ജേണൽ ഓഫ് എൻഡോക്രൈനോളജിക്കൽ ഇൻവെസ്റ്റിഗേഷൻ, 45(12), പേജ്. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
