ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ

ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്

1.LncRNA വർഗ്ഗീകരണം

മുകളിലുള്ള നാല് സോഫ്‌റ്റ്‌വെയറുകൾ പ്രവചിച്ച LncRNA 4 വിഭാഗങ്ങളായി തരംതിരിച്ചിട്ടുണ്ട്: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;സെൻസ്-LncRNA.താഴെയുള്ള ഹിസ്റ്റോഗ്രാമിൽ LncRNA വർഗ്ഗീകരണം കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.

LncRNA വർഗ്ഗീകരണം

2. DE-lncRNA സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനത്തിന്റെ Cis-ടാർഗെറ്റഡ് ജീനുകൾ

ജീവശാസ്ത്രപരമായ പ്രക്രിയകൾ, തന്മാത്രാ പ്രവർത്തനങ്ങൾ, സെല്ലുലാർ ഘടകങ്ങൾ എന്നിവയുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന lncRNA (DE-lncRNA) യുടെ സിസ്-ടാർഗെറ്റഡ് ജീനുകളിൽ GO സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനത്തിൽ ClusterProfiler ഉപയോഗിച്ചു.GO സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം എന്നത് മുഴുവൻ ജീനോമുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുമ്പോൾ DEG-ഡയറക്ടഡ് ഗണ്യമായി സമ്പുഷ്ടമാക്കിയ GO നിബന്ധനകൾ തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള ഒരു പ്രക്രിയയാണ്.സമ്പന്നമായ നിബന്ധനകൾ താഴെ കാണിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, ബബിൾ ചാർട്ട് മുതലായവയിൽ അവതരിപ്പിച്ചു.

DE-lncRNA സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനത്തിന്റെ Cis-ടാർഗെറ്റഡ് ജീനുകൾ - ബബിൾ ചാർട്ട്

3. mRNA, lncRNA എന്നിവയുടെ നീളം, എക്‌സോൺ നമ്പർ, ORF, എക്സ്പ്രഷൻ തുക എന്നിവ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, അവ തമ്മിലുള്ള ഘടന, ക്രമം മുതലായവയിലെ വ്യത്യാസങ്ങൾ നമുക്ക് മനസിലാക്കാം, കൂടാതെ നമ്മൾ പ്രവചിച്ച lncRNA എന്ന നോവൽ പൊതു സ്വഭാവസവിശേഷതകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നുണ്ടോയെന്ന് പരിശോധിക്കാനും കഴിയും.

ബിഎംകെ കേസ്

KRAS-G12D മ്യൂട്ടേഷനും P53 നോക്കൗട്ടും ഉള്ള മൗസ് ലംഗ് അഡെനോകാർസിനോമയിലെ നിയന്ത്രണരഹിതമായ lncRNA എക്സ്പ്രഷൻ പ്രൊഫൈൽ

പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്:ജേണൽ ഓഫ് സെല്ലുലാർ ആൻഡ് മോളിക്യുലാർ മെഡിസിൻ,2019

ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം

ഇലുമിന

സാമ്പിൾ ശേഖരണം

NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) സെല്ലുകളും നെഗറ്റീവ് കൺട്രോൾ (sh-Scr) സെല്ലുകളും ഒരു പ്രത്യേക വൈറൽ അണുബാധയുടെ ആറാം ദിവസം ലഭിച്ചു.

പ്രധാന ഫലങ്ങൾ

ഈ പഠനം P53 നോക്കൗട്ടും KrasG12D മ്യൂട്ടേഷനും ഉള്ള മൗസ് ലംഗ് അഡിനോകാർസിനോമയിലെ ക്രമരഹിതമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന lncRNA-കളെ കുറിച്ച് അന്വേഷിക്കുന്നു.
1.6424 lncRNA-കൾ വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കപ്പെട്ടു (≥ 2 മടങ്ങ് മാറ്റം, P <0.05).
2.എല്ലാ 210 lncRNA-കളിലും (FC≥8), 11 lncRNA-കളുടെ എക്‌സ്‌പ്രഷൻ യഥാക്രമം P53, 33 lncRNA-കൾ KRAS, 13 lncRNA-കൾ ഹൈപ്പോക്സിയ എന്നിവയാൽ യഥാക്രമം പ്രാഥമിക കെപി സെല്ലുകളിൽ നിയന്ത്രിച്ചു.
3.NONMMUT015812, മൗസിന്റെ ശ്വാസകോശത്തിലെ അഡിനോകാർസിനോമയിൽ ശ്രദ്ധേയമായി നിയന്ത്രിക്കപ്പെടുകയും P53 റീ-എക്‌സ്‌പ്രഷൻ നെഗറ്റീവ് ആയി നിയന്ത്രിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു, അതിന്റെ സെല്ലുലാർ പ്രവർത്തനം വിശകലനം ചെയ്യാൻ കണ്ടെത്തി.
4. shRNAകൾ NONMMUT015812-ന്റെ Knockdown, KP സെല്ലുകളുടെ വ്യാപനവും മൈഗ്രേഷൻ കഴിവുകളും കുറച്ചു.NONMMUT015812 സാധ്യതയുള്ള ഓങ്കോജീനായിരുന്നു.

NONMMUT015812-knockdown KP സെല്ലുകളിലെ വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ജീനുകളുടെ KEGG പാത്ത്‌വേ വിശകലനം

NONMMUT015812-knockdown KP സെല്ലുകളിലെ വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കപ്പെട്ട ജീനുകളുടെ ജീൻ ഓന്റോളജി വിശകലനം