Øമൈക്രോബയൽ കമ്മ്യൂണിറ്റി പ്രൊഫൈലിംഗിനായി ഒറ്റപ്പെടുത്തലും കൃഷി-രഹിതവും
Øപാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ കുറഞ്ഞ സമൃദ്ധിയുള്ള ജീവികളെ കണ്ടെത്തുന്നതിൽ ഉയർന്ന മിഴിവ്
Ø"മെറ്റാ-" എന്ന ആശയം പ്രവർത്തന തലത്തിലും സ്പീഷിസ് തലത്തിലും ജീൻ തലത്തിലും എല്ലാ ജൈവ സവിശേഷതകളെയും സമന്വയിപ്പിക്കുന്നു, ഇത് യാഥാർത്ഥ്യത്തോട് കൂടുതൽ അടുക്കുന്ന ഒരു ചലനാത്മക വീക്ഷണത്തെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്നു.
Ø10,000-ലധികം സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്തുകൊണ്ട് വൈവിധ്യമാർന്ന സാമ്പിൾ തരങ്ങളിൽ ബിഎംകെ വലിയ അനുഭവം ശേഖരിക്കുന്നു.
സീക്വൻസിങ്പ്ലാറ്റ്ഫോം | പുസ്തകശാല | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ വരുമാനം | കണക്കാക്കിയ തിരിയുന്ന സമയം |
ഇല്ലുമിന NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K ടാഗുകൾ | 30 ദിവസം |
üഅസംസ്കൃത ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം
üമെറ്റാജെനോം അസംബ്ലി
üഅനാവശ്യമായ ജീൻ സെറ്റും വ്യാഖ്യാനവും
üജീവിവർഗങ്ങളുടെ വൈവിധ്യ വിശകലനം
üജനിതക പ്രവർത്തന വൈവിധ്യ വിശകലനം
üഇന്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
üപരീക്ഷണാത്മക ഘടകങ്ങൾക്കെതിരായ അസോസിയേഷൻ വിശകലനം
വേണ്ടിഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ:
സാമ്പിൾ തരം | തുക | ഏകാഗ്രത | ശുദ്ധി |
ഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകൾക്കായി:
സാമ്പിൾ തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ നടപടിക്രമം |
മണ്ണ് | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;ശേഷിക്കുന്ന വാടിയ പദാർത്ഥം ഉപരിതലത്തിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്;വലിയ കഷണങ്ങൾ പൊടിക്കുക, 2 മില്ലീമീറ്റർ ഫിൽട്ടറിലൂടെ കടന്നുപോകുക;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ സൈറോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ. |
മലം | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ EP-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ ശേഖരിക്കുകയും ശേഖരിക്കുകയും ചെയ്യുക. |
കുടൽ ഉള്ളടക്കം | അസെപ്റ്റിക് അവസ്ഥയിൽ സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.പിബിഎസ് ഉപയോഗിച്ച് ശേഖരിച്ച ടിഷ്യു കഴുകുക;PBS സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്ത് EP-ട്യൂബുകളിൽ അവശിഷ്ടം ശേഖരിക്കുക. |
ചെളി | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സ്ലഡ്ജ് സാമ്പിൾ ശേഖരിക്കുക |
ജലാശയം | ടാപ്പ് വെള്ളം, കിണർ വെള്ളം മുതലായവ പരിമിതമായ അളവിൽ സൂക്ഷ്മജീവികളുള്ള സാമ്പിളിനായി, കുറഞ്ഞത് 1 ലിറ്റർ വെള്ളമെങ്കിലും ശേഖരിച്ച് 0.22 μm ഫിൽട്ടറിലൂടെ കടന്നുപോകുക.അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ മെംബ്രൺ സൂക്ഷിക്കുക. |
തൊലി | അണുവിമുക്തമായ കോട്ടൺ സ്വാബ് അല്ലെങ്കിൽ സർജിക്കൽ ബ്ലേഡ് ഉപയോഗിച്ച് ചർമ്മത്തിന്റെ ഉപരിതലം ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ചുരണ്ടുക, അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ വയ്ക്കുക. |
സാമ്പിളുകൾ ദ്രവ നൈട്രജനിൽ 3-4 മണിക്കൂർ ഫ്രീസ് ചെയ്ത് ലിക്വിഡ് നൈട്രജനിലോ -80 ഡിഗ്രിയിലോ ദീർഘകാല റിസർവേഷനിൽ സൂക്ഷിക്കുക.ഡ്രൈ-ഐസ് ഉള്ള സാമ്പിൾ ഷിപ്പിംഗ് ആവശ്യമാണ്.
1. ഹിസ്റ്റോഗ്രാം: സ്പീഷീസ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ
2.കെഇജിജി ഉപാപചയ പാതകളിലേക്ക് വ്യാഖ്യാനിച്ച ഫങ്ഷണൽ ജീനുകൾ
3. ഹീറ്റ് മാപ്പ്: ആപേക്ഷിക ജീൻ സമൃദ്ധിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഡിഫറൻഷ്യൽ ഫംഗ്ഷനുകൾ4. CARD ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധ ജീനുകളുടെ സർക്കോസ്
ബിഎംകെ കേസ്
ആൻറിബയോട്ടിക് റെസിസ്റ്റൻസ് ജീനുകളുടെയും ബാക്ടീരിയൽ രോഗാണുക്കളുടെയും മണ്ണ്-കണ്ടൽക്കാടിന്റെ വേരുകൾ തുടർച്ചയിൽ വ്യാപിക്കുന്നു
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്:ജേണൽ ഓഫ് ഹാസാർഡസ് മെറ്റീരിയൽസ്, 2021
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
മെറ്റീരിയലുകൾ: കണ്ടൽക്കാടിന്റെ വേരുകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട നാല് ശകലങ്ങളുടെ ഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ: നടാത്ത മണ്ണ്, റൈസോസ്ഫിയർ, എപ്പിസ്ഫിയർ, എൻഡോസ്ഫിയർ കമ്പാർട്ടുമെന്റുകൾ
പ്ലാറ്റ്ഫോം: ഇല്ലുമിന ഹൈസെക് 2500
ലക്ഷ്യങ്ങൾ: മെറ്റാജെനോം
16S rRNA ജീൻ V3-V4 മേഖല
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
മണ്ണിൽ നിന്ന് ചെടികളിലേക്ക് ആന്റിബയോട്ടിക് റെസിസ്റ്റൻസ് ജീനുകളുടെ (ARGs) വ്യാപനം പഠിക്കുന്നതിനായി കണ്ടൽ ചെടികളുടെ മണ്ണ്-വേരു തുടർച്ചയിൽ മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗും മെറ്റാബാർകോഡിംഗ് പ്രൊഫൈലിംഗും പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു.91.4% ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധ ജീനുകൾ മുകളിൽ സൂചിപ്പിച്ച നാല് മണ്ണ് കമ്പാർട്ടുമെന്റുകളിലും സാധാരണയായി തിരിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുണ്ടെന്ന് മെറ്റാജെനോമിക് ഡാറ്റ വെളിപ്പെടുത്തി, ഇത് തുടർച്ചയായ ഫാഷൻ കാണിക്കുന്നു.16S rRNA ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ് 346 സ്പീഷീസുകളെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന 29,285 സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്ടിച്ചു.ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗിലൂടെ സ്പീഷീസ് പ്രൊഫൈലിങ്ങുമായി സംയോജിപ്പിച്ച്, ഈ വ്യാപനം റൂട്ട്-അസോസിയേറ്റഡ് മൈക്രോബയോട്ടയിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്രമാണെന്ന് കണ്ടെത്തി, എന്നിരുന്നാലും, ജനിതക മൂലകങ്ങളുടെ മൊബൈൽ വഴി ഇത് സുഗമമാക്കാം.ഈ പഠനം മണ്ണിൽ നിന്ന് ചെടികളിലേക്ക് പരസ്പരബന്ധിതമായ മണ്ണ്-വേരു തുടർച്ചയിലൂടെ ARG-കളും രോഗാണുക്കളും ഒഴുകുന്നത് തിരിച്ചറിഞ്ഞു.
റഫറൻസ്
വാങ്, സി., ഹു, ആർ., സ്ട്രോങ്, പി.ജെ, ഷുവാങ്, ഡബ്ല്യു., & ഷു, എൽ.(2020).ആൻറിബയോട്ടിക് റെസിസ്റ്റൻസ് ജീനുകളുടെയും ബാക്ടീരിയൽ രോഗാണുക്കളുടെയും മണ്ണിൽ-കണ്ടൽക്കാടിന്റെ വേരുകളുടെ തുടർച്ചയായി വ്യാപനം.ജേണൽ ഓഫ് ഹാസാർഡസ് മെറ്റീരിയൽസ്, 408, 124985.