മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിങ് -NGS
പരിസ്ഥിതി, മനുഷ്യ മെറ്റാജെനോമുകൾ പോലുള്ള ഒരു മിശ്രിത ജീവജാലങ്ങളുടെ ആകെ ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ഒരു ശേഖരമാണ് മെറ്റാജെനോം. ഇതിൽ കൃഷി ചെയ്യാവുന്നതും കൃഷി ചെയ്യാനാവാത്തതുമായ സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ജീനോമുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. NGS ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്, ടാക്സോണമിക് പ്രൊഫൈലിംഗിനേക്കാൾ കൂടുതൽ നൽകിക്കൊണ്ട് പരിസ്ഥിതി സാമ്പിളുകളിൽ ഉൾച്ചേർത്ത ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ജീനോമിക് ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകളെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനം സാധ്യമാക്കുന്നു, ഇത് സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യം, സമൃദ്ധി ചലനാത്മകത, സങ്കീർണ്ണമായ ജനസംഖ്യാ ഘടനകൾ എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള സൂക്ഷ്മമായ ഉൾക്കാഴ്ചകളും നൽകുന്നു. ടാക്സോണമിക് പഠനങ്ങൾക്കപ്പുറം, ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക്സ് ഒരു ഫങ്ഷണൽ ജീനോമിക്സ് വീക്ഷണവും വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു, ഇത് എൻകോഡ് ചെയ്ത ജീനുകളുടെയും പാരിസ്ഥിതിക പ്രക്രിയകളിലെ അവയുടെ സാധ്യതയുള്ള പങ്കിന്റെയും പര്യവേക്ഷണം പ്രാപ്തമാക്കുന്നു. അവസാനമായി, ജനിതക ഘടകങ്ങളും പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങളും തമ്മിലുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖലകൾ സ്ഥാപിക്കുന്നത് സൂക്ഷ്മജീവി സമൂഹങ്ങളും അവയുടെ പാരിസ്ഥിതിക പശ്ചാത്തലവും തമ്മിലുള്ള സങ്കീർണ്ണമായ ഇടപെടലിനെക്കുറിച്ചുള്ള സമഗ്രമായ ധാരണയ്ക്ക് കാരണമാകുന്നു. ഉപസംഹാരമായി, വൈവിധ്യമാർന്ന സൂക്ഷ്മജീവി സമൂഹങ്ങളുടെ ജനിതക സങ്കീർണതകൾ അനാവരണം ചെയ്യുന്നതിനും ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ആവാസവ്യവസ്ഥകൾക്കുള്ളിലെ ജനിതകശാസ്ത്രവും പരിസ്ഥിതിശാസ്ത്രവും തമ്മിലുള്ള ബഹുമുഖ ബന്ധങ്ങളെ പ്രകാശിപ്പിക്കുന്നതിനും മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് ഒരു പ്രധാന ഉപകരണമായി നിലകൊള്ളുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോമുകൾ: ഇല്ലുമിന നോവസെക്, ഡിഎൻബിഎസ്ഇക്യു-ടി7
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●സൂക്ഷ്മജീവി സമൂഹ പ്രൊഫൈലിംഗിനുള്ള ഒറ്റപ്പെടലും കൃഷി രഹിത രീതിയും: കൃഷി ചെയ്യാനാവാത്ത ജീവികളിൽ നിന്നുള്ള ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ക്രമം പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
●ഉയർന്ന റെസല്യൂഷൻ: പരിസ്ഥിതി സാമ്പിളുകളിൽ കുറഞ്ഞ സമൃദ്ധിയുള്ള സ്പീഷീസുകൾ കണ്ടെത്തുക.
●സമഗ്ര ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനം:വർഗ്ഗീകരണ വൈവിധ്യത്തിൽ മാത്രമല്ല, സമൂഹത്തിന്റെ പ്രവർത്തന വൈവിധ്യത്തിലും ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിച്ചു.
●വിപുലമായ അനുഭവം:വിവിധ ഗവേഷണ മേഖലകളിലെ ഒന്നിലധികം മെറ്റാജെനോമിക്സ് പ്രോജക്ടുകൾ വിജയകരമായി പൂർത്തിയാക്കിയതിന്റെയും 200,000-ത്തിലധികം സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്തതിന്റെയും ട്രാക്ക് റെക്കോർഡുള്ള ഞങ്ങളുടെ ടീം, ഓരോ പ്രോജക്റ്റിലും ധാരാളം അനുഭവസമ്പത്ത് കൊണ്ടുവരുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോം | ക്രമക്രമീകരണ തന്ത്രം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| ഇല്ലുമിന നോവസെക് അല്ലെങ്കിൽ DNBSEQ-T7 | പിഇ150 | 6-20 ജിബി | ക്യു30≥85% |
സേവന ആവശ്യകതകൾ
| സാന്ദ്രത (ng/µL) | ആകെ തുക (ng) | വോളിയം (µL) |
| ≥1 | ≥30 ≥30 | ≥20 |
● മണ്ണ്/ചെളി: 2-3 ഗ്രാം
● കുടലിലെ ഉള്ളടക്കം-മൃഗം: 0.5-2 ഗ്രാം
● കുടലിലെ ഉള്ളടക്കം-പ്രാണികൾ: 0.1-0.25 ഗ്രാം
● ചെടിയുടെ ഉപരിതലം (സമ്പുഷ്ടമായ അവശിഷ്ടം): 0.5-1 ഗ്രാം
● പുളിപ്പിച്ച ചാറു സമ്പുഷ്ടമാക്കിയ അവശിഷ്ടം): 0.2-0.5 ഗ്രാം
● കാഷ്ഠം (വലിയ മൃഗങ്ങൾ): 0.5-2 ഗ്രാം
● കാഷ്ഠം (എലി): 3-5 ധാന്യങ്ങൾ
● പൾമണറി ആൽവിയോളാർ ലാവേജ് ഫ്ലൂയിഡ്: ഫിൽട്ടർ പേപ്പർ
● യോനി സ്വാബ്: 5-6 സ്വാബുകൾ
● ത്വക്ക്/ജനനേന്ദ്രിയ സ്വാബ്/ഉമിനീർ/വായയുടെ മൃദുവായ ടിഷ്യു/ശ്വാസനാളത്തിലെ സ്വാബ്/മലാശയ സ്വാബ്: 2-3 സ്വാബ്സ്
● ഉപരിതല സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ: 5-6 സ്വാബുകൾ
● ജലാശയം/വായു/ബയോഫിലിം: ഫിൽട്ടർ പേപ്പർ
● എൻഡോഫൈറ്റുകൾ: 2-3 ഗ്രാം
● ഡെന്റൽ പ്ലാക്ക്: 0.5-1 ഗ്രാം
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
ക്രമപ്പെടുത്തൽ
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
● ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം ക്രമപ്പെടുത്തൽ
● മെറ്റാജെനോം അസംബ്ലിയും ജീൻ പ്രവചനവും
● ജീൻ വ്യാഖ്യാനം
● ടാക്സോണമിക് ആൽഫ വൈവിധ്യ വിശകലനം
● സമൂഹത്തിന്റെ പ്രവർത്തനപരമായ വിശകലനം: ജൈവിക പ്രവർത്തനം, ഉപാപചയം, ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധം
● പ്രവർത്തനപരവും വർഗ്ഗീകരണപരവുമായ വൈവിധ്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിശകലനം:
ബീറ്റ വൈവിധ്യ വിശകലനം
ഇന്റർ-ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
പരസ്പരബന്ധ വിശകലനം: പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങൾക്കും OUT ഘടനയ്ക്കും വൈവിധ്യത്തിനും ഇടയിൽ
പ്രവർത്തന വിശകലനം: കാർഡ് ആന്റിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധം
കെഇജിജി മെറ്റബോളിക് പാതകളുടെ ഡിഫറൻഷ്യൽ വിശകലനം: പ്രധാന പാതകളുടെ ഹീറ്റ്മാപ്പ്.
ടാക്സോണമിക് വിതരണത്തിന്റെ ആൽഫ വൈവിധ്യം: ACE സൂചിക
ടാക്സോണമിക് വിതരണത്തിന്റെ ബീറ്റാ വൈവിധ്യം: പിസിഒഎ
ഇല്ലുമിനയുമായുള്ള BMKGene ന്റെ മെറ്റാജെനോം സീക്വൻസിംഗ് സേവനങ്ങൾ വഴി സാധ്യമായ പുരോഗതികൾ ക്യൂറേറ്റഡ് പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ശേഖരത്തിലൂടെ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
ഹായ്, ക്യു. തുടങ്ങിയവർ (2023) 'വ്യത്യസ്ത കൾച്ചർ ജല താപനിലകളിൽ പകർച്ചവ്യാധിയായ ഹെമറ്റോപോയിറ്റിക് നെക്രോസിസ് വൈറസ് ബാധിച്ച റെയിൻബോ ട്രൗട്ടിന്റെ (ഓങ്കോറിഞ്ചസ് മൈക്കിസ്) കുടൽ ഉള്ളടക്കത്തിലെ മാറ്റങ്ങളുടെ മെറ്റജെനോമിക്, മെറ്റബോളമിക് വിശകലനം',സൂക്ഷ്മജീവശാസ്ത്രത്തിലെ അതിർത്തികൾ, 14, പേജ് 1275649. ഡി.ഒ.ഐ: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
മാവോ, സി. തുടങ്ങിയവർ (2023) 'വ്യത്യസ്ത ട്രോഫിക് അവസ്ഥകളിലെ നഗര തടാകങ്ങളിലെ സൂക്ഷ്മജീവി സമൂഹങ്ങൾ, പ്രതിരോധ ജീനുകൾ, പ്രതിരോധ അപകടസാധ്യതകൾ: ആന്തരിക ബന്ധങ്ങളും ബാഹ്യ സ്വാധീനങ്ങളും',ജേണൽ ഓഫ് ഹാസാർഡസ് മെറ്റീരിയൽസ് അഡ്വാൻസസ്, 9, പേ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
സു, എം. തുടങ്ങിയവർ (2022) 'മെറ്റജെനോമിക് വിശകലനം, ഷീപ്പ് റുമെന്റെ ദ്രാവക-അസോസിയേറ്റഡ്, ഖര-അസോസിയേറ്റഡ് സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ തമ്മിലുള്ള ഘടനയിലും പ്രവർത്തനത്തിലും വ്യത്യാസങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തി',സൂക്ഷ്മജീവശാസ്ത്രത്തിലെ അതിർത്തികൾ, 13, പേജ് 851567. ഡി.ഒ.ഐ: 10.3389/FMICB.2022.851567.
യിൻ, ജെ. തുടങ്ങിയവർ (2023) 'മെലിഞ്ഞ DLY പന്നികളിൽ പേശി ഫാറ്റി ആസിഡ് നിക്ഷേപം പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നതിന് പൊണ്ണത്തടിയുള്ള നിങ്സിയാങ് പന്നി-ഉത്ഭവിച്ച മൈക്രോബയോട്ട കാർണിറ്റൈൻ മെറ്റബോളിസത്തെ പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നു',നവീകരണം, 4(5), പേ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
ഷാവോ, എക്സ്. തുടങ്ങിയവർ (2023) 'ചൈനയിലെ ഹൈഹെ അഴിമുഖത്തിന്റെ മുകൾ ഭാഗത്തും താഴെ ഭാഗത്തും പ്രതിനിധാന ജൈവ/ജീർണ്ണിക്കാത്ത പ്ലാസ്റ്റിക്കിന്റെയും പ്ലാസ്റ്റിക് ഇതര അവശിഷ്ടങ്ങളുടെയും സാധ്യതയുള്ള അപകടസാധ്യതകളെക്കുറിച്ചുള്ള മെറ്റജെനോമിക് ഉൾക്കാഴ്ചകൾ',മൊത്തം പരിസ്ഥിതിയുടെ ശാസ്ത്രം, 887, പേ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
