മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് -എൻജിഎസ്
പാരിസ്ഥിതികവും മനുഷ്യനുമായ മെറ്റാജെനോമുകൾ പോലെയുള്ള ഒരു സമ്മിശ്ര സമൂഹത്തിൻ്റെ മൊത്തം ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ഒരു ശേഖരമാണ് മെറ്റാജെനോം. കൃഷി ചെയ്യാവുന്നതും അല്ലാത്തതുമായ സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ജീനോമുകൾ ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. എൻജിഎസുമൊത്തുള്ള ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്, ടാക്സോണമിക് പ്രൊഫൈലിങ്ങിനേക്കാൾ കൂടുതൽ നൽകിക്കൊണ്ട് പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ ഉൾച്ചേർത്ത ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ജീനോമിക് ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകളെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനം സാധ്യമാക്കുന്നു, കൂടാതെ സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യം, സമൃദ്ധമായ ചലനാത്മകത, സങ്കീർണ്ണമായ ജനസംഖ്യ ഘടനകൾ എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള ഗ്രാനുലാർ ഉൾക്കാഴ്ചയും നൽകുന്നു. ടാക്സോണമിക് പഠനങ്ങൾക്കപ്പുറം, ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക്സ് ഒരു ഫങ്ഷണൽ ജീനോമിക്സ് വീക്ഷണവും പ്രദാനം ചെയ്യുന്നു, ഇത് എൻകോഡ് ചെയ്ത ജീനുകളുടെയും പാരിസ്ഥിതിക പ്രക്രിയകളിൽ അവയുടെ പ്രാധാന്യമുള്ള റോളുകളുടെയും പര്യവേക്ഷണം സാധ്യമാക്കുന്നു. അവസാനമായി, ജനിതക മൂലകങ്ങളും പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങളും തമ്മിലുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖലകൾ സ്ഥാപിക്കുന്നത് സൂക്ഷ്മജീവി സമൂഹങ്ങളും അവയുടെ പാരിസ്ഥിതിക പശ്ചാത്തലവും തമ്മിലുള്ള സങ്കീർണ്ണമായ പരസ്പരബന്ധത്തെക്കുറിച്ചുള്ള സമഗ്രമായ ധാരണയ്ക്ക് കാരണമാകുന്നു. ഉപസംഹാരമായി, വൈവിധ്യമാർന്ന സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹങ്ങളുടെ ജനിതക സങ്കീർണതകൾ അനാവരണം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു സുപ്രധാന ഉപകരണമായി മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് നിലകൊള്ളുന്നു, ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ആവാസവ്യവസ്ഥകൾക്കുള്ളിൽ ജനിതകവും പരിസ്ഥിതിശാസ്ത്രവും തമ്മിലുള്ള ബഹുമുഖ ബന്ധങ്ങൾ പ്രകാശിപ്പിക്കുന്നു.
പ്ലാറ്റ്‌ഫോമുകൾ: Illumina NovaSeq, DNBSEQ-T7
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●മൈക്രോബയൽ കമ്മ്യൂണിറ്റി പ്രൊഫൈലിംഗിനുള്ള ഒറ്റപ്പെടലും കൃഷി-രഹിത രീതിയും: കൃഷിയോഗ്യമല്ലാത്ത ജീവികളിൽ നിന്നുള്ള ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ക്രമം സാധ്യമാക്കുന്നു.
●ഉയർന്ന റെസല്യൂഷൻ: പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ കുറഞ്ഞ സമൃദ്ധമായ ഇനങ്ങളെ കണ്ടെത്തുക.
●സമഗ്രമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനം:ടാക്സോണമിക് വൈവിധ്യത്തിൽ മാത്രമല്ല, സമൂഹത്തിൻ്റെ പ്രവർത്തനപരമായ വൈവിധ്യത്തിലും ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിച്ചു.
●വിപുലമായ അനുഭവം:വിവിധ ഗവേഷണ ഡൊമെയ്‌നുകളിലെ ഒന്നിലധികം മെറ്റാജെനോമിക്സ് പ്രോജക്‌റ്റുകൾ വിജയകരമായി അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിൻ്റെയും 200,000-ലധികം സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നതിൻ്റെയും ട്രാക്ക് റെക്കോർഡ് ഉള്ളതിനാൽ, ഞങ്ങളുടെ ടീം ഓരോ പ്രോജക്‌റ്റിനും ധാരാളം അനുഭവ സമ്പത്ത് നൽകുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോം | സീക്വൻസിങ് സ്ട്രാറ്റജി | ഡാറ്റ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| Illumina NovaSeq അല്ലെങ്കിൽ DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20ജിബി | Q30≥85% |
സേവന ആവശ്യകതകൾ
| ഏകാഗ്രത (ng/µL) | ആകെ തുക (ng) | വോളിയം (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● മണ്ണ്/ചെളി: 2-3 ഗ്രാം
● കുടൽ ഉള്ളടക്കം-മൃഗം: 0.5-2 ഗ്രാം
● കുടലിലെ ഉള്ളടക്കങ്ങൾ-പ്രാണികൾ: 0.1-0.25 ഗ്രാം
● ചെടിയുടെ ഉപരിതലം (സമ്പുഷ്ടമായ അവശിഷ്ടം): 0.5-1 ഗ്രാം
● അഴുകൽ ചാറു സമ്പുഷ്ടമായ അവശിഷ്ടം): 0.2-0.5 ഗ്രാം
● മലം (വലിയ മൃഗങ്ങൾ): 0.5-2 ഗ്രാം
● മലം (മൗസ്): 3-5 ധാന്യങ്ങൾ
● പൾമണറി ആൽവിയോളാർ ലാവേജ് ദ്രാവകം: ഫിൽട്ടർ പേപ്പർ
● വജൈനൽ സ്വാബ്: 5-6 സ്വാബ്
● ത്വക്ക്/ജനനേന്ദ്രിയ സ്വാബ്/ഉമിനീർ/വാക്കാലുള്ള മൃദുവായ ടിഷ്യു/ഫറിഞ്ചിയൽ സ്വാബ്/മലാശയ സ്വാബ്: 2-3 സ്വാബ്
● ഉപരിതല സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ: 5-6 സ്വാബ്സ്
● വാട്ടർബോഡി/എയർ/ബയോഫിലിം: ഫിൽട്ടർ പേപ്പർ
● എൻഡോഫൈറ്റുകൾ: 2-3 ഗ്രാം
● ഡെൻ്റൽ പ്ലാക്ക്: 0.5-1 ഗ്രാം
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
● ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം ക്രമപ്പെടുത്തൽ
● മെറ്റാജെനോം അസംബ്ലിയും ജീൻ പ്രവചനവും
● ജീൻ വ്യാഖ്യാനം
● ടാക്സോണമിക് ആൽഫ വൈവിധ്യ വിശകലനം
● സമൂഹത്തിൻ്റെ പ്രവർത്തനപരമായ വിശകലനം: ജീവശാസ്ത്രപരമായ പ്രവർത്തനം, ഉപാപചയം, ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധം
● പ്രവർത്തനപരവും വർഗ്ഗീകരണപരവുമായ വൈവിധ്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിശകലനം:
ബീറ്റ വൈവിധ്യ വിശകലനം
ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
പരസ്പര ബന്ധ വിശകലനം: പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങളും ബാഹ്യ ഘടനയും വൈവിധ്യവും തമ്മിൽ
പ്രവർത്തനപരമായ വിശകലനം: CARD ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധം
കെഇജിജി ഉപാപചയ പാതകളുടെ ഡിഫറൻഷ്യൽ വിശകലനം: കാര്യമായ പാതകളുടെ ഹീറ്റ്മാപ്പ്
ടാക്സോണമിക് വിതരണത്തിൻ്റെ ആൽഫ വൈവിധ്യം: ACE സൂചിക
ടാക്സോണമിക് വിതരണത്തിൻ്റെ ബീറ്റ വൈവിധ്യം: പിസിഒഎ
ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ഒരു ശേഖരത്തിലൂടെ ഇല്ലുമിനയ്‌ക്കൊപ്പം BMKGene-ൻ്റെ മെറ്റാജെനോം സീക്വൻസിംഗ് സേവനങ്ങൾ സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
Hai, Q. et al. (2023) 'വ്യത്യസ്ത സംസ്‌കാര ജല താപനിലയിൽ പകർച്ചവ്യാധിയായ ഹെമറ്റോപോയിറ്റിക് നെക്രോസിസ് വൈറസ് ബാധിച്ച റെയിൻബോ ട്രൗട്ടിൻ്റെ (ഓൺകോർഹൈഞ്ചസ് മൈക്കിസ്) കുടൽ ഉള്ളടക്കത്തിലെ മാറ്റങ്ങളുടെ മെറ്റാജെനോമിക്, മെറ്റബോളമിക് വിശകലനം',മൈക്രോബയോളജിയിലെ അതിരുകൾ, 14, പേ. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
മാവോ, സി. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'വ്യത്യസ്ത ട്രോഫിക് സംസ്ഥാനങ്ങളിലെ നഗര തടാകങ്ങളിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ കൂട്ടായ്മകൾ, പ്രതിരോധ ജീനുകൾ, പ്രതിരോധശേഷിയുള്ള അപകടസാധ്യതകൾ: ആന്തരിക ലിങ്കുകളും ബാഹ്യ സ്വാധീനങ്ങളും',ജേണൽ ഓഫ് ഹാസാർഡസ് മെറ്റീരിയൽസ് അഡ്വാൻസസ്, 9, പേ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
സു, എം. തുടങ്ങിയവർ. (2022) 'ഷീപ്പ് റുമെനിലെ ദ്രാവക-അനുബന്ധവും ഖര-അനുബന്ധ സൂക്ഷ്മജീവികളും തമ്മിലുള്ള ഘടനയിലും പ്രവർത്തനത്തിലും മെറ്റാജെനോമിക് അനാലിസിസ് വെളിപ്പെടുത്തി',മൈക്രോബയോളജിയിലെ അതിരുകൾ, 13, പേ. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'പൊണ്ണത്തടിയുള്ള നിംഗ്‌സിയാങ് പന്നിയിൽ നിന്നുള്ള മൈക്രോബയോട്ട മെലിഞ്ഞ DLY പന്നികളിൽ മസിൽ ഫാറ്റി ആസിഡ് നിക്ഷേപം പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നതിനായി കാർനിറ്റൈൻ മെറ്റബോളിസത്തെ പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നു',ഇന്നൊവേഷൻ, 4(5), പേ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'ചൈനയിലെ ഹൈഹെ എസ്റ്റ്യൂറിയുടെ മുകളിലും താഴെയുമുള്ള പ്രാതിനിധ്യമായ ജൈവ/നശിപ്പിക്കപ്പെടാത്ത പ്ലാസ്റ്റിക്, നോൺ-പ്ലാസ്റ്റിക് അവശിഷ്ടങ്ങൾ എന്നിവയുടെ അപകടസാധ്യതകളെക്കുറിച്ചുള്ള മെറ്റാജെനോമിക് ഉൾക്കാഴ്ചകൾ',സയൻസ് ഓഫ് ദ ടോട്ടൽ എൻവയോൺമെൻ്റ്, 887, പേ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
