ഹീറ്റ്മാപ്പ്
മാട്രിക്സ് ഡാറ്റ ഫയൽ ഹീറ്റ് മാപ്പ് ഡ്രോയിംഗിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നു, അതിന് മാട്രിക്സ് ഡാറ്റ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാനും നോർമലൈസ് ചെയ്യാനും ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്യാനും കഴിയും.വ്യത്യസ്ത സാമ്പിളുകൾക്കിടയിലുള്ള ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ലെവലിന്റെ ക്ലസ്റ്റർ വിശകലനത്തിനാണ് ഇത് കൂടുതലും ഉപയോഗിക്കുന്നത്.
ജീൻ വ്യാഖ്യാനം
വിവിധ ഡാറ്റാബേസുകൾക്കെതിരെ ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ സീക്വൻസുകൾ മാപ്പുചെയ്യുന്നതിലൂടെയാണ് ജീൻ ഫംഗ്ഷൻ വ്യാഖ്യാനം നടത്തുന്നത്.
ജീൻ വ്യാഖ്യാനം
അടിസ്ഥാന പ്രാദേശിക വിന്യാസ തിരയൽ ഉപകരണം
CDS_UTR_Prediction
അറിയപ്പെടുന്ന പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാബേസിനും ORF പ്രവചനത്തിനും എതിരായ സ്ഫോടനത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി നൽകിയിരിക്കുന്ന ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസുകളിൽ കോഡിംഗ് മേഖലകളും (CDS) നോൺ-കോഡിംഗ് മേഖലകളും (UTR) പ്രവചിക്കുന്നതിനാണ് ഈ ടൂൾ രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത്.
മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട്
മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട് ധാരാളം ഡാറ്റ പോയിന്റുകളുള്ള ഡാറ്റയുടെ ഡിസ്പ്ലേ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങളിൽ (GWAS) ഇത് സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്നു.
സർക്കോസ്
CIRCOS ഡയഗ്രം ജീനോമിൽ SNP, InDeL, SV, CNV വിതരണങ്ങളുടെ നേരിട്ടുള്ള അവതരണം സാധ്യമാക്കുന്നു.
GO_Enrichment
പ്രവർത്തന സമ്പുഷ്ടീകരണത്തിനായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത ഒരു ഉപകരണമാണ് TopGO.TopGO-Bioconductor പാക്കേജിൽ ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം, GO സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം, ഫലങ്ങളുടെ ദൃശ്യവൽക്കരണം എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.ഇത് "ഗ്രാഫ്" എന്ന് പേരുള്ള ഒരു ഫോൾഡർ സൃഷ്ടിക്കും, അതിൽ topGO_BP, topGO_CC, topGO_MF എന്നിവയ്‌ക്കായുള്ള ഫലങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
WGCNA
ജീൻ കോ-എക്സ്പ്രഷൻ മൊഡ്യൂളുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഡാറ്റാ മൈനിംഗ് രീതിയാണ് WGCNA.അടുത്ത തലമുറ സീക്വൻസിംഗിൽ നിന്ന് ഉത്ഭവിച്ച മൈക്രോഅറേ ഡാറ്റയും ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ഡാറ്റയും ഉൾപ്പെടെയുള്ള വിവിധ എക്സ്പ്രഷൻ ഡാറ്റാസെറ്റിന് ഇത് ബാധകമാണ്.
ഇന്റർപ്രോസ്‌കാൻ
ഇന്റർപ്രോ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് വിശകലനവും വർഗ്ഗീകരണവും
GO_KEGG_Enrichment
നൽകിയിരിക്കുന്ന ജീൻ സെറ്റും അനുബന്ധ വ്യാഖ്യാനവും അടിസ്ഥാനമാക്കി GO എൻറിച്ച്‌മെന്റ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, കെഇജിജി എൻറിച്ച്‌മെന്റ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, കെഇജിജി എൻറിച്ച്‌മെന്റ് പാത്ത്‌വേ എന്നിവ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള രൂപകൽപ്പനയാണ് ഈ ഉപകരണം.