ഹീറ്റ്മാപ്പ്
ഹീറ്റ്മാപ്പ് ടൂൾ ഒരു മാട്രിക്സ് ഡാറ്റ ഫയൽ ഇൻപുട്ടായി സ്വീകരിക്കുകയും ഉപയോക്താക്കളെ ഡാറ്റ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാനും നോർമലൈസ് ചെയ്യാനും ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്യാനും അനുവദിക്കുന്നു. വ്യത്യസ്ത സാമ്പിളുകൾക്കിടയിലുള്ള ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ലെവലിന്റെ ക്ലസ്റ്റർ വിശകലനമാണ് ഹീറ്റ്മാപ്പുകളുടെ പ്രാഥമിക ഉപയോഗ കേസ്.
ജീൻ അനോട്ടേഷൻ
വിവിധ ഡാറ്റാബേസുകളിലെ ഇൻപുട്ട് FASTA ഫയലുകളുടെ ക്രമ വിന്യാസത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് ജീൻ അനോട്ടേഷൻ ഉപകരണം ജീൻ അനോട്ടേഷൻ നടത്തുന്നത്.
അടിസ്ഥാന ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് തിരയൽ ഉപകരണം (BLAST)
BLAST ടൂൾ NCBI BLAST-ന്റെ ഒരു BMKCloud സംയോജിത പതിപ്പാണ്, BMKCloud അക്കൗണ്ടിലേക്ക് അപ്ലോഡ് ചെയ്ത ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് അതേ പ്രവർത്തനങ്ങൾ നിർവഹിക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗിക്കാം.
CDS_UTR പ്രവചനം
അറിയപ്പെടുന്ന പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാബേസുകളും ORF പ്രവചന ഫലങ്ങളും അടിസ്ഥാനമാക്കി, നൽകിയിരിക്കുന്ന ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസുകളിൽ കോഡിംഗ് റീജിയണുകളും (CDS) നോൺ-കോഡിംഗ് റീജിയണുകളും (UTR) പ്രവചിക്കുന്നതിനാണ് CDS_UTR പ്രവചന ഉപകരണം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത്.
മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട്
മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട് ഉപകരണം ഉയർന്ന സാമ്പിൾ പരീക്ഷണങ്ങളുടെ പ്രദർശനം പ്രാപ്തമാക്കുന്നു, ഇത് സാധാരണയായി ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങളിൽ (GWAS) ഉപയോഗിക്കുന്നു.
സിർക്കോസ് ഡയഗ്രം
ജീനോമിലുടനീളം ജീനോമിക് സവിശേഷതകൾ എങ്ങനെ വിതരണം ചെയ്യപ്പെടുന്നു എന്നതിന്റെ കാര്യക്ഷമമായ ദൃശ്യവൽക്കരണം CIRCOS ഡയഗ്രം ഉപകരണം നൽകുന്നു. ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ലോക്കി, എസ്എൻപികൾ, ഇൻഡെലുകൾ, സ്ട്രക്ചറൽ, കോപ്പി നമ്പർ വേരിയന്റുകൾ എന്നിവയാണ് സാധാരണ സവിശേഷതകൾ.
ജീൻ ഒന്റോളജി (GO) സമ്പുഷ്ടീകരണം
GO Enrichment ടൂൾ ഫങ്ഷണൽ എൻറിച്ച്മെന്റ് വിശകലനം നൽകുന്നു. ഈ ടൂളിലെ പ്രാഥമിക സോഫ്റ്റ്വെയർ TopGO-ബയോകണ്ടക്ടർ പാക്കേജാണ്, ഇതിൽ ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം, GO എൻറിച്ച്മെന്റ് വിശകലനം, ഫലങ്ങളുടെ ദൃശ്യവൽക്കരണം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.
വെയ്റ്റഡ് ജീൻ കോ-എക്സ്പ്രഷൻ നെറ്റ്വർക്ക് വിശകലനം (WGCNA)
ജീൻ കോ-എക്സ്പ്രഷൻ മൊഡ്യൂളുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു ഡാറ്റ മൈനിംഗ് രീതിയാണ് WGCNA. മൈക്രോഅറേ, NGS ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ഡാറ്റ എന്നിവയുൾപ്പെടെ വിവിധ എക്സ്പ്രഷൻ ഡാറ്റാസെറ്റുകൾക്ക് ഇത് ബാധകമാണ്.
ഇന്റർപ്രോസ്കാൻ
ഇന്റർപ്രോസ്കാൻ ഉപകരണം ഇന്റർപ്രോ പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണി വിശകലനവും വർഗ്ഗീകരണവും നൽകുന്നു.
ഗോ കെഗ് എൻറിച്മെന്റ്
നൽകിയിരിക്കുന്ന ജീൻ സെറ്റിനെയും അനുബന്ധ വ്യാഖ്യാനത്തെയും അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒരു GO സമ്പുഷ്ടീകരണ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, KEGG സമ്പുഷ്ടീകരണ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, KEGG സമ്പുഷ്ടീകരണ പാത എന്നിവ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനാണ് GO KEGG സമ്പുഷ്ടീകരണ ഉപകരണം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത്.