സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെൻ്റ് സീക്വൻസിങ് (SLAF-Seq)
വർക്ക്ഫ്ലോ
സാങ്കേതിക പദ്ധതി
സേവന സവിശേഷതകൾ
● PE150 ഉപയോഗിച്ച് NovaSeq-ൽ സീക്വൻസിങ്.
● ഇരട്ട ബാർകോഡിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ, 1000-ലധികം സാമ്പിളുകളുടെ പൂൾ സാധ്യമാക്കുന്നു.
● ഈ സാങ്കേതികത ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ഉപയോഗിച്ചോ അല്ലാതെയോ ഉപയോഗിക്കാം, ഓരോ കേസിനും വ്യത്യസ്ത ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് പൈപ്പ് ലൈനുകൾ:
റഫറൻസ് ജീനോമിനൊപ്പം: SNP, InDel കണ്ടെത്തൽ
റഫറൻസ് ജീനോം ഇല്ലാതെ: സാമ്പിൾ ക്ലസ്റ്ററിംഗും എസ്എൻപി കണ്ടെത്തലും
● ൽസിലിക്കോയിൽജീനോമിനൊപ്പം SLAF ടാഗുകളുടെ ഏകീകൃത വിതരണം സൃഷ്ടിക്കുന്നവ കണ്ടെത്തുന്നതിന് പ്രീ-ഡിസൈൻ ഘട്ടം ഒന്നിലധികം നിയന്ത്രണ എൻസൈം കോമ്പിനേഷനുകൾ പരിശോധിക്കുന്നു.
● പ്രീ-പരീക്ഷണത്തിനിടയിൽ, 9 SLAF ലൈബ്രറികൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് 3 സാമ്പിളുകളിൽ മൂന്ന് എൻസൈം കോമ്പിനേഷനുകൾ പരീക്ഷിച്ചു, പ്രോജക്റ്റിനായി ഒപ്റ്റിമൽ നിയന്ത്രണ എൻസൈം കോമ്പിനേഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന് ഈ വിവരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●ഉയർന്ന ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തൽ: ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട് ഇരട്ട ബാർകോഡ് സംവിധാനം സംയോജിപ്പിക്കുന്നത് വലിയ ജനസംഖ്യയുടെ ഒരേസമയം ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിന് അനുവദിക്കുന്നു, കൂടാതെ ലോക്കസ്-നിർദ്ദിഷ്ട ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ കാര്യക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു, ടാഗ് നമ്പറുകൾ വിവിധ ഗവേഷണ ചോദ്യങ്ങളുടെ വൈവിധ്യമാർന്ന ആവശ്യകതകൾ നിറവേറ്റുന്നുവെന്ന് ഉറപ്പാക്കുന്നു.
● ജീനോമിൽ കുറഞ്ഞ ആശ്രിതത്വം: ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ഉള്ളതോ അല്ലാത്തതോ ആയ സ്പീഷീസുകളിൽ ഇത് പ്രയോഗിക്കാവുന്നതാണ്.
●ഫ്ലെക്സിബിൾ സ്കീം ഡിസൈൻ: സിംഗിൾ-എൻസൈം, ഡ്യുവൽ-എൻസൈം, മൾട്ടി-എൻസൈം ദഹനം, വിവിധ തരം എൻസൈമുകൾ എന്നിവയെല്ലാം വ്യത്യസ്ത ഗവേഷണ ലക്ഷ്യങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ സ്പീഷീസുകൾ നിറവേറ്റുന്നതിനായി തിരഞ്ഞെടുക്കാവുന്നതാണ്. ദിസിലിക്കോയിൽഒരു ഒപ്റ്റിമൽ എൻസൈം ഡിസൈൻ ഉറപ്പാക്കാൻ പ്രീ-ഡിസൈൻ നടത്തുന്നു.
● എൻസൈമാറ്റിക് ദഹനത്തിൽ ഉയർന്ന കാര്യക്ഷമത: ഒരു ചാലകംസിലിക്കോയിൽക്രോമസോമിലെ SLAF ടാഗുകളുടെ വിതരണവും (1 SLAF ടാഗ്/4Kb) ആവർത്തന ക്രമം (<5%) കുറയ്‌ക്കലും ഉള്ള പ്രീ-ഡിസൈൻ, പ്രീ-എക്‌പെരിമെൻ്റ് ഉറപ്പുനൽകിയ ഒപ്റ്റിമൽ ഡിസൈൻ.
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യം: സസ്യങ്ങൾ, സസ്തനികൾ, പക്ഷികൾ, പ്രാണികൾ, ജലജീവികൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെ നൂറുകണക്കിന് ഇനങ്ങളിൽ 5000-ലധികം SLAF-Seq പ്രോജക്ടുകൾ അവസാനിപ്പിച്ചതിൻ്റെ ട്രാക്ക് റെക്കോർഡ് ഉള്ള ഞങ്ങളുടെ ടീം ഓരോ പ്രോജക്റ്റിനും അനുഭവ സമ്പത്ത് നൽകുന്നു.
● സ്വയം വികസിപ്പിച്ച ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വർക്ക്ഫ്ലോ: അന്തിമ ഔട്ട്‌പുട്ടിൻ്റെ വിശ്വാസ്യതയും കൃത്യതയും ഉറപ്പാക്കാൻ SLAF-Seq-ന് വേണ്ടി BMKGENE ഒരു സംയോജിത ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വർക്ക്ഫ്ലോ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| വിശകലനത്തിൻ്റെ തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ജനസംഖ്യാ സ്കെയിൽ | ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | |
| ടാഗ് സീക്വൻസിംഗിൻ്റെ ആഴം | നമ്പർ ടാഗ് ചെയ്യുക | ||
| ജനിതക ഭൂപടങ്ങൾ | 2 മാതാപിതാക്കളും 150 കുട്ടികളും | മാതാപിതാക്കൾ: 20x WGS ഓഫ്‌സ്‌പിംഗ്: 10x | ജീനോം വലിപ്പം: <400 Mb: WGS ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു <1Gb: 100K ടാഗുകൾ 1-2Gb:: 200K ടാഗുകൾ >2Gb: 300K ടാഗുകൾ പരമാവധി 500k ടാഗുകൾ |
| ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ സ്റ്റഡീസ് (GWAS) | ≥200 സാമ്പിളുകൾ | 10x | |
| ജനിതക പരിണാമം | ≥30 സാമ്പിളുകൾ, ഓരോ ഉപഗ്രൂപ്പിൽ നിന്നും >10 സാമ്പിളുകൾ | 10x | |
സേവന ആവശ്യകതകൾ
ഏകാഗ്രത ≥ 5 ng/µL
ആകെ തുക ≥ 80 ng
നാനോഡ്രോപ്പ് OD260/280=1.6-2.5
അഗറോസ് ജെൽ: ഇല്ല അല്ലെങ്കിൽ പരിമിതമായ അപചയം അല്ലെങ്കിൽ മലിനീകരണം
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
കണ്ടെയ്നർ: 2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ്
(മിക്ക സാമ്പിളുകൾക്കും, എത്തനോളിൽ സൂക്ഷിക്കരുതെന്ന് ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു)
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: സാമ്പിളുകൾ വ്യക്തമായി ലേബൽ ചെയ്യുകയും സമർപ്പിച്ച സാമ്പിൾ വിവര ഫോമിന് സമാനമായിരിക്കുകയും വേണം.
കയറ്റുമതി: ഡ്രൈ-ഐസ്: സാമ്പിളുകൾ ആദ്യം ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്യുകയും ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടുകയും വേണം.
സേവന വർക്ക്ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ക്യുസി
പൈലറ്റ് പരീക്ഷണം
SLAF-പരീക്ഷണം
ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
- സീക്വൻസിങ് ഡാറ്റ QC
- SLAF ടാഗ് വികസനം
റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്കുള്ള മാപ്പിംഗ്
ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ഇല്ലാതെ: ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
- SLAF ടാഗുകളുടെ വിശകലനം.: സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ, ജീനോമിലുടനീളം വിതരണം
- മാർക്കർ കണ്ടെത്തൽ: SNP, InDel, SNV, CV കോളിംഗും വ്യാഖ്യാനവും
ക്രോമസോമുകളിൽ SLAF ടാഗുകളുടെ വിതരണം:
ക്രോമസോമുകളിൽ എസ്എൻപികളുടെ വിതരണം:
എസ്എൻപി വ്യാഖ്യാനം
| വർഷം | ജേണൽ | IF | തലക്കെട്ട് | അപേക്ഷകൾ |
| 2022 | പ്രകൃതി ആശയവിനിമയങ്ങൾ | 17.694 | ട്രീ പിയോണിയുടെ ജിഗാ-ക്രോമസോമുകളുടെയും ഗിഗാ-ജീനോമിൻ്റെയും ജീനോമിക് അടിസ്ഥാനം പിയോണിയ ഓസ്റ്റി | SLAF-GWAS |
| 2015 | പുതിയ ഫൈറ്റോളജിസ്റ്റ് | 7.433 | ഗാർഹിക കാൽപ്പാടുകൾ കാർഷിക പ്രാധാന്യമുള്ള ജനിതക മേഖലകളെ നങ്കൂരമിടുന്നു സോയാബീൻസ് | SLAF-GWAS |
| 2022 | ജേണൽ ഓഫ് അഡ്വാൻസ്ഡ് റിസർച്ച് | 12.822 | ജി. ഹിർസ്യൂട്ടത്തിലേക്ക് ഗോസിപിയം ബാർബഡെൻസിൻ്റെ ജീനോം-വൈഡ് കൃത്രിമമായ കടന്നുകയറ്റങ്ങൾ പരുത്തി നാരുകളുടെ ഗുണനിലവാരവും വിളവും ഒരേസമയം മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിന് മികച്ച സ്ഥാനം വെളിപ്പെടുത്തുക സ്വഭാവഗുണങ്ങൾ | SLAF-പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം |
| 2019 | തന്മാത്രാ പ്ലാൻ്റ് | 10.81 | പോപ്പുലേഷൻ ജെനോമിക് അനാലിസിസും ഡി നോവോ അസംബ്ലിയും വീഡിയുടെ ഉത്ഭവം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു ഒരു പരിണാമ ഗെയിമായി അരി | SLAF-പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം |
| 2019 | പ്രകൃതി ജനിതകശാസ്ത്രം | 31.616 | സാധാരണ കരിമീൻ, സൈപ്രിനസ് കാർപ്പിയോയുടെ ജീനോം സീക്വൻസും ജനിതക വൈവിധ്യവും | SLAF-ലിങ്കേജ് മാപ്പ് |
| 2014 | പ്രകൃതി ജനിതകശാസ്ത്രം | 25.455 | കൃഷി ചെയ്ത നിലക്കടലയുടെ ജീനോം പയർവർഗ്ഗ കാരിയോടൈപ്പുകൾ, പോളിപ്ലോയിഡ് എന്നിവയെക്കുറിച്ച് ഉൾക്കാഴ്ച നൽകുന്നു പരിണാമവും വിള വളർത്തലും. | SLAF-ലിങ്കേജ് മാപ്പ് |
| 2022 | പ്ലാൻ്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ | 9.803 | ST1 ൻ്റെ ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ വിത്ത് രൂപഘടനയുടെ ഹിച്ച്ഹൈക്കിംഗ് ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പ് വെളിപ്പെടുത്തുന്നു സോയാബീൻ വളർത്തുന്ന സമയത്ത് എണ്ണയുടെ അളവ് | SLAF-മാർക്കർ വികസനം |
| 2022 | ഇൻ്റർനാഷണൽ ജേണൽ ഓഫ് മോളിക്യുലാർ സയൻസസ് | 6.208 | ഒരു ഗോതമ്പ്-ലെയ്മസ് മോളിസ് 2Ns (2D)ക്കുള്ള ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷനും DNA മാർക്കർ വികസനവും ഡിസോമിക് ക്രോമസോം സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ | SLAF-മാർക്കർ വികസനം |
| വർഷം | ജേണൽ | IF | തലക്കെട്ട് | അപേക്ഷകൾ |
| 2023 | സസ്യ ശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ | 6.735 | പൈറസ് പൈറിഫോളിയയുടെ പഴങ്ങൾ പാകമാകുന്ന സമയത്ത് പഞ്ചസാരയുടെ ഉള്ളടക്കത്തിൻ്റെ ക്യുടിഎൽ മാപ്പിംഗും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം വിശകലനവും | ജനിതക ഭൂപടം |
| 2022 | പ്ലാൻ്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ | 8.154 | ST1 ൻ്റെ തിരിച്ചറിയൽ സോയാബീൻ വളർത്തൽ സമയത്ത് വിത്ത് രൂപഘടനയും എണ്ണയുടെ ഉള്ളടക്കവും ഹിച്ച്ഹൈക്കിംഗ് ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പ് വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.
| എസ്എൻപി വിളിക്കുന്നു |
| 2022 | സസ്യ ശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ | 6.623 | വരൾച്ച പരിസ്ഥിതിയിലെ ഹൾലെസ് ബാർലി ഫിനോടൈപ്പുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ മാപ്പിംഗ്.
| GWAS |
