സ്പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെന്റ് സീക്വൻസിങ് (SLAF-Seq)
വർക്ക്ഫ്ലോ
ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കുമ്പോൾ ഒപ്റ്റിമൽ എൻസൈം തിരഞ്ഞെടുപ്പ് ഉറപ്പാക്കുന്നതിന് ഈ സേവനത്തിന് സിലിക്കോയിൽ ചില മുൻകൂർ രൂപകൽപ്പനയുണ്ട്.
സാങ്കേതിക പദ്ധതി
സേവന സവിശേഷതകൾ
● PE150 ഉപയോഗിച്ച് NovaSeq-ൽ സീക്വൻസിങ്.
● ഇരട്ട ബാർകോഡിംഗ് സംവിധാനത്തോടെ ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ, 1000-ത്തിലധികം സാമ്പിളുകൾ ശേഖരിക്കാൻ ഇത് സഹായിക്കുന്നു.
● റഫറൻസ് ജീനോമിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്രം:
റഫറൻസ് ജീനോം ഉപയോഗിച്ച്: എസ്എൻപി, ഇൻഡെൽ കണ്ടെത്തൽ
റഫറൻസ് ജീനോം ഇല്ലാതെ: സാമ്പിൾ ക്ലസ്റ്ററിംഗും എസ്എൻപി കണ്ടെത്തലും
● ഇതിൽഇൻ-സിലിക്കോപ്രീ-ഡിസൈൻ ഘട്ടത്തിൽ, ജീനോമിലുടനീളം SLAF ടാഗുകളുടെ ഏകീകൃത വിതരണം സൃഷ്ടിക്കുന്നവ കണ്ടെത്തുന്നതിന് മൾട്ടിപ്പിൾ റെസ്ട്രിക്ഷൻ എൻസൈം കോമ്പിനേഷനുകൾ പരിശോധിക്കുന്നു.
● പരീക്ഷണത്തിനു മുമ്പുള്ള സമയത്ത്, 9 SLAF ലൈബ്രറികൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനായി 3 സാമ്പിളുകളിൽ മൂന്ന് എൻസൈം കോമ്പിനേഷനുകൾ പരീക്ഷിക്കുന്നു, കൂടാതെ പ്രോജക്റ്റിനായി ഒപ്റ്റിമൽ റെസ്ട്രിക്ഷൻ എൻസൈം കോമ്പിനേഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ഈ വിവരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●ഉയർന്ന ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തൽ: വലിയ ജനസംഖ്യയുടെ ഒരേസമയം ക്രമപ്പെടുത്തലിനും ലോക്കസ്-നിർദ്ദിഷ്ട ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനും കാര്യക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനും അനുവദിക്കുന്ന ഒരു ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട് ഇരട്ട ബാർകോഡ് സിസ്റ്റം ഞങ്ങൾ സംയോജിപ്പിക്കുന്നു, ടാഗ് നമ്പറുകൾ വിവിധ ഗവേഷണ ചോദ്യങ്ങളുടെ വൈവിധ്യമാർന്ന ആവശ്യകതകൾ നിറവേറ്റുന്നുവെന്ന് ഉറപ്പാക്കുന്നു.
● ജീനോമിനെ ആശ്രയിക്കുന്നത് കുറവാണ്: റഫറൻസ് ജീനോം ഉള്ളതോ ഇല്ലാത്തതോ ആയ സ്പീഷീസുകളിൽ ഇത് പ്രയോഗിക്കാവുന്നതാണ്.
●ഫ്ലെക്സിബിൾ സ്കീം ഡിസൈൻ: വ്യത്യസ്ത ഗവേഷണ ലക്ഷ്യങ്ങളോ സ്പീഷീസുകളോ നിറവേറ്റുന്നതിനായി സിംഗിൾ-എൻസൈം, ഡ്യുവൽ-എൻസൈം, മൾട്ടി-എൻസൈം ദഹനം, വിവിധ തരം എൻസൈമുകൾ എന്നിവയെല്ലാം തിരഞ്ഞെടുക്കാം.
● എൻസൈമാറ്റിക് ദഹനത്തിൽ ഉയർന്ന കാര്യക്ഷമത: ഒരു പ്രവാഹത്തിന്റെ ചാലകംഇൻ-സിലിക്കോപ്രീ-ഡിസൈനും ഒരു പ്രീ-പരീക്ഷണവും ക്രോമസോമിലെ SLAF ടാഗുകളുടെ തുല്യ വിതരണവും (1 SLAF ടാഗ്/4Kb) കുറഞ്ഞ ആവർത്തന ക്രമവും (<5%) ഉപയോഗിച്ച് ഒപ്റ്റിമൽ ഡിസൈൻ ഉറപ്പാക്കുന്നു.
●വിപുലമായ വൈദഗ്ദ്ധ്യം: സസ്യങ്ങൾ, സസ്തനികൾ, പക്ഷികൾ, പ്രാണികൾ, ജലജീവികൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെ നൂറുകണക്കിന് ജീവിവർഗങ്ങളെ കേന്ദ്രീകരിച്ച് 5000-ത്തിലധികം SLAF-Seq പ്രോജക്ടുകൾ പൂർത്തിയാക്കിയതിന്റെ ട്രാക്ക് റെക്കോർഡോടെ, ഓരോ പ്രോജക്റ്റിലും ഞങ്ങൾ ധാരാളം അനുഭവസമ്പത്ത് കൊണ്ടുവരുന്നു.
● സ്വയം വികസിപ്പിച്ച ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക് വർക്ക്ഫ്ലോ: അന്തിമ ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ വിശ്വാസ്യതയും കൃത്യതയും ഉറപ്പാക്കുന്നതിനായി SLAF-Seq-നായി ഞങ്ങൾ ഒരു സംയോജിത ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക് വർക്ക്ഫ്ലോ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| വിശകലന തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ജനസംഖ്യാ സ്കെയിൽ | ക്രമക്രമീകരണ തന്ത്രം | |
| ടാഗ് സീക്വൻസിംഗിന്റെ ആഴം | ടാഗ് നമ്പർ | ||
| ജനിതക ഭൂപടങ്ങൾ | 2 മാതാപിതാക്കളും 150-ൽ കൂടുതൽ കുട്ടികളും | മാതാപിതാക്കൾ: 20x WGS ഓഫ്സ്പിംഗ്: 10x | ജീനോം വലുപ്പം: <400 Mb: WGS ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു <1Gb: 100K ടാഗുകൾ 1-2Gb:: 200K ടാഗുകൾ >2Gb: 300K ടാഗുകൾ പരമാവധി 500k ടാഗുകൾ |
| ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങൾ (GWAS) | ≥200 സാമ്പിളുകൾ | 10x (10x) | |
| ജനിതക പരിണാമം | ≥30 സാമ്പിളുകൾ, ഓരോ ഉപഗ്രൂപ്പിൽ നിന്നും >10 സാമ്പിളുകൾ | 10x (10x) | |
സേവന ആവശ്യകതകൾ
സാന്ദ്രത ≥ 5 ng/µL
ആകെ തുക ≥ 80 ng
നാനോഡ്രോപ്പ് OD260/280=1.6-2.5
അഗരോസ് ജെൽ: ഡീഗ്രഡേഷൻ അല്ലെങ്കിൽ മലിനീകരണം ഇല്ല അല്ലെങ്കിൽ പരിമിതമാണ്.
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
കണ്ടെയ്നർ: 2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ്
(മിക്ക സാമ്പിളുകളും എത്തനോളിൽ സൂക്ഷിക്കരുതെന്ന് ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു)
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: സാമ്പിളുകൾ വ്യക്തമായി ലേബൽ ചെയ്തിരിക്കണം, കൂടാതെ സമർപ്പിച്ച സാമ്പിൾ വിവര ഫോമിന് സമാനമായിരിക്കണം.
കയറ്റുമതി: ഡ്രൈ-ഐസ്: സാമ്പിളുകൾ ആദ്യം ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്ത് ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടണം.
സർവീസ് വർക്ക്ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ക്യുസി
പൈലറ്റ് പരീക്ഷണം
SLAF-പരീക്ഷണം
ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ
ക്രമപ്പെടുത്തൽ
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
ഞങ്ങളുടെ ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്കൽ വിശകലനത്തിൽ ഇവ ഉൾപ്പെടുന്നു:
എൻ-റിച്ച് റീഡുകൾ, അഡാപ്റ്റർ റീഡുകൾ അല്ലെങ്കിൽ കുറഞ്ഞ നിലവാരമുള്ള റീഡുകൾ എന്നിവ നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഡാറ്റ ക്യുസിയും ഡാറ്റ ട്രിമ്മിംഗും.
ബേസ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ, സീക്വൻസ് ക്വാളിറ്റി, ഡാറ്റ അസസ്മെന്റ് എന്നിവ പരിശോധിക്കുന്നതിനും ദഹനക്ഷമതയും ലഭിച്ച ഇൻസെർട്ടുകളും പരിശോധിക്കുന്നതിനും ക്ലീൻ റീഡുകളുടെ രണ്ടാമത്തെ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം.
റീഡുകൾ പരിശോധിച്ചുകഴിഞ്ഞാൽ, രണ്ട് ഓപ്ഷനുകൾ ഉണ്ട്:
- റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്കുള്ള മാപ്പിംഗ്
- റഫറൻസ് ജീനോം ഇല്ലാതെ: ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
അതിനുശേഷം, മാർക്കർ കണ്ടെത്തലിനെ സഹായിക്കുന്നതിന് ചില വേരിയന്റ് കോളിംഗ് നടത്താൻ SLAF ടാഗുകളുടെ വിശകലനം ഉപയോഗിക്കുന്നു: SNP, InDel, SNV, CV കോളിംഗ്, അനോട്ടേഷൻ.
ക്രോമസോമുകളിൽ SLAF ടാഗുകളുടെ വിതരണം:
ക്രോമസോമുകളിലെ എസ്എൻപികളുടെ വിതരണം:
എസ്എൻപി അനോട്ടേഷൻ
ജിയാങ് എസ്, ലി എസ്, ലുവോ ജെ, വാങ് എക്സ്, ഷി സി (2023) പഴങ്ങൾ പാകമാകുന്ന സമയത്ത് പഞ്ചസാരയുടെ അളവിന്റെ QTL മാപ്പിംഗും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം വിശകലനവുംപൈറസ് പൈറിഫോളിയ.ഫ്രണ്ട്. പ്ലാന്റ് സയൻസ്.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ലി, ജെ., ഷാങ്, വൈ., മാ, ആർ., ഹുവാങ്, ഡബ്ല്യു., ഹൗ, ജെ., ഫാങ്, സി., & സൺ, എൽ. (2022). സോയാബീൻ വളർത്തൽ സമയത്ത് വിത്ത് രൂപഘടനയും എണ്ണയുടെ അളവും ഹിച്ച്ഹൈക്കിംഗ് ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ st1 തിരിച്ചറിയൽ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.തുടങ്ങിയവർ.സാധാരണ കരിമീനിന്റെ ജീനോം ശ്രേണിയും ജനിതക വൈവിധ്യവും,സൈപ്രിനസ് കാർപ്പിയോ.നാറ്റ് ജെനെറ്റ് 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
ഷുവാങ്, ഡബ്ല്യു., ചെൻ, എച്ച്., യാങ്, എം.തുടങ്ങിയവർ.കൃഷി ചെയ്ത നിലക്കടലയുടെ ജീനോം പയർവർഗ്ഗ കാരിയോടൈപ്പുകൾ, പോളിപ്ലോയിഡ് പരിണാമം, വിള വളർത്തൽ എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ച നൽകുന്നു.നാറ്റ് ജെനെറ്റ് 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| വർഷം | ജേണൽ | IF | തലക്കെട്ട് | അപേക്ഷകൾ |
| 2022 | പ്രകൃതി ആശയവിനിമയങ്ങൾ | 17.694 ഡെൽഹി | ട്രീ പിയോണിയുടെ ഗിഗാ-ക്രോമസോമുകളുടെയും ഗിഗാ-ജീനോമിന്റെയും ജീനോമിക് അടിസ്ഥാനം. പിയോണിയ ഓസ്റ്റി | സ്ലാഫ്-ഗ്വാസ് |
| 2015 | പുതിയ ഫൈറ്റോളജിസ്റ്റ് | 7.433 | കാർഷിക പ്രാധാന്യമുള്ള ജീനോമിക് മേഖലകളെ ഗാർഹികവൽക്കരണ കാൽപ്പാടുകൾ ഉറപ്പിക്കുന്നു. സോയാബീൻസ് | സ്ലാഫ്-ഗ്വാസ് |
| 2022 | ജേണൽ ഓഫ് അഡ്വാൻസ്ഡ് റിസർച്ച് | 12.822 ഡെൽഹി | ജി. ഹിർസ്യൂട്ടത്തിലേക്ക് ഗോസിപിയം ബാർബഡെൻസിന്റെ ജീനോം-വൈഡ് കൃത്രിമ കടന്നുകയറ്റം. പരുത്തി നാരുകളുടെ ഗുണനിലവാരവും വിളവും ഒരേസമയം മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിനായി ഉയർന്ന സ്ഥാനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുക. സ്വഭാവവിശേഷങ്ങൾ | SLAF-പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം |
| 2019 | തന്മാത്രാ സസ്യം | 10.81 ഡെൽഹി | പോപ്പുലേഷൻ ജീനോമിക് വിശകലനവും ഡി നോവോ അസംബ്ലിയും വീഡിയുടെ ഉത്ഭവം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു ഒരു പരിണാമ ഗെയിം എന്ന നിലയിൽ നെല്ല് | SLAF-പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം |
| 2019 | നേച്ചർ ജനിതകശാസ്ത്രം | 31.616 ഡെൽഹി | സാധാരണ കരിമീൻ, സൈപ്രിനസ് കാർപ്പിയോയുടെ ജീനോം ശ്രേണിയും ജനിതക വൈവിധ്യവും | എസ്എൽഎഎഫ്-ലിങ്കേജ് മാപ്പ് |
| 2014 | നേച്ചർ ജനിതകശാസ്ത്രം | 25.455 (25.455) | കൃഷി ചെയ്ത നിലക്കടലയുടെ ജീനോം പയർവർഗ്ഗ കാരിയോടൈപ്പുകളായ പോളിപ്ലോയിഡ്, എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ച നൽകുന്നു. പരിണാമവും വിള വളർത്തലും. | എസ്എൽഎഎഫ്-ലിങ്കേജ് മാപ്പ് |
| 2022 | പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ | 9.803 മെക്സിക്കോ | ST1 തിരിച്ചറിയൽ വിത്ത് രൂപഘടനയുടെ ഹിച്ച്ഹൈക്കിംഗ് ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു. സോയാബീൻ വളർത്തലിലെ എണ്ണയുടെ അളവും | SLAF-മാർക്കർ വികസനം |
| 2022 | ഇന്റർനാഷണൽ ജേണൽ ഓഫ് മോളിക്യുലാർ സയൻസസ് | 6.208 | വീറ്റ്-ലെയ്മസ് മോളിസ് 2Ns (2D) യുടെ തിരിച്ചറിയലും DNA മാർക്കർ വികസനവും. ഡിസോമിക് ക്രോമസോം സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ | SLAF-മാർക്കർ വികസനം |
| വർഷം | ജേണൽ | IF | തലക്കെട്ട് | അപേക്ഷകൾ |
| 2023 | സസ്യശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ | 6.735 | പൈറസ് പൈറിഫോളിയയുടെ പഴങ്ങൾ പാകമാകുമ്പോൾ പഞ്ചസാരയുടെ അളവിന്റെ QTL മാപ്പിംഗും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം വിശകലനവും. | ജനിതക ഭൂപടം |
| 2022 | പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ | 8.154 ഡെൽഹി | സോയാബീൻ വളർത്തൽ സമയത്ത് വിത്ത് രൂപഘടനയും എണ്ണയുടെ അളവും ഹിച്ച്ഹൈക്കിംഗ് വഴി ശേഖരിച്ച ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പാണ് എസ്.ടി.1 തിരിച്ചറിയൽ വെളിപ്പെടുത്തുന്നത്.
| എസ്എൻപി കോളിംഗ് |
| 2022 | സസ്യശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ | 6.623 ഡെൽഹി | വരൾച്ചയുള്ള അന്തരീക്ഷത്തിലെ ഹുള്ളസ് ബാർലി ഫിനോടൈപ്പുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ മാപ്പിംഗ്.
| ഗ്വാസ് |
