BMKMANU S1000 സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്
BMKMANU S1000 സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് ടെക്നിക്കൽ സ്കീം
ഫീച്ചറുകൾ
● മിഴിവ്: 5 µM
● സ്പോട്ട് വ്യാസം: 2.5 µM
● സ്പോട്ടുകളുടെ എണ്ണം: ഏകദേശം 2 ദശലക്ഷം
● 3 സാധ്യമായ ക്യാപ്ചർ ഏരിയ ഫോർമാറ്റുകൾ: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm അല്ലെങ്കിൽ 15 mm * 20 mm
● ഓരോ ബാർകോഡ് ബീഡിലും 4 വിഭാഗങ്ങൾ അടങ്ങിയ പ്രൈമറുകൾ ലോഡുചെയ്തിരിക്കുന്നു:
mRNA പ്രൈമിംഗിനും cDNA സിന്തസിസിനുമുള്ള പോളി(dT) ടെയിൽ
ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ ബയസ് ശരിയാക്കാൻ യുണീക്ക് മോളിക്യുലാർ ഐഡൻ്റിഫയർ (UMI).
സ്പേഷ്യൽ ബാർകോഡ്
ഭാഗിക വായന 1 സീക്വൻസിംഗ് പ്രൈമറിൻ്റെ ബൈൻഡിംഗ് സീക്വൻസ്
● വിഭാഗങ്ങളുടെ എച്ച്&ഇ, ഫ്ലൂറസെൻ്റ് സ്റ്റെയിനിംഗ്
● ഉപയോഗിക്കാനുള്ള സാധ്യതസെൽ സെഗ്മെൻ്റേഷൻ സാങ്കേതികവിദ്യ: ഓരോ സെല്ലിൻ്റെയും അതിരുകൾ നിർണ്ണയിക്കുന്നതിനും ഓരോ സെല്ലിനും ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ശരിയായി നൽകുന്നതിനുമായി എച്ച് ആൻഡ് ഇ സ്റ്റെയിനിംഗ്, ഫ്ലൂറസെൻ്റ് സ്റ്റെയിനിംഗ്, ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് എന്നിവയുടെ സംയോജനം.
BMKMANU S1000 ൻ്റെ പ്രയോജനങ്ങൾ
●സബ് സെല്ലുലാർ റെസല്യൂഷൻ: ഓരോ ക്യാപ്ചർ ഏരിയയിലും 2.5 µm വ്യാസവും സ്പോട്ട് സെൻ്ററുകൾക്കിടയിൽ 5 µm അകലവുമുള്ള > 2 ദശലക്ഷം സ്പേഷ്യൽ ബാർകോഡഡ് സ്പോട്ടുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, ഇത് ഉപ-സെല്ലുലാർ റെസല്യൂഷനോടുകൂടിയ (5 µm) സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് വിശകലനം സാധ്യമാക്കുന്നു.
●മൾട്ടി ലെവൽ റെസല്യൂഷൻ അനാലിസിസ്:ഒപ്റ്റിമൽ റെസല്യൂഷനിൽ വൈവിധ്യമാർന്ന ടിഷ്യു സവിശേഷതകൾ പരിഹരിക്കുന്നതിന് 100 μm മുതൽ 5 μm വരെയുള്ള ഫ്ലെക്സിബിൾ മൾട്ടി-ലെവൽ വിശകലനം.
●"മൂന്ന് ഒരു സ്ലൈഡിൽ" സെൽ സെഗ്മെൻ്റേഷൻ ടെക്നോളജി ഉപയോഗിക്കാനുള്ള സാധ്യത:ഒരൊറ്റ സ്ലൈഡിൽ ഫ്ലൂറസെൻസ് സ്റ്റെയിനിംഗ്, എച്ച് ആൻഡ് ഇ സ്റ്റെയിനിംഗ്, ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് എന്നിവ സംയോജിപ്പിച്ച്, ഞങ്ങളുടെ "ത്രീ-ഇൻ-വൺ" വിശകലന അൽഗോരിതം, തുടർന്നുള്ള സെൽ അധിഷ്ഠിത ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സിനായി സെൽ അതിരുകൾ തിരിച്ചറിയാൻ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
●ഒന്നിലധികം സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോമുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു: NGS ഉം ദീർഘനേരം വായിക്കുന്ന സീക്വൻസിംഗും ലഭ്യമാണ്.
●1-8 സജീവ ക്യാപ്ചർ ഏരിയയുടെ ഫ്ലെക്സിബിൾ ഡിസൈൻ: ക്യാപ്ചർ ഏരിയയുടെ വലുപ്പം വഴക്കമുള്ളതാണ്, 3 ഫോർമാറ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയും (6.8 മിമി * 6.8 മിമി., 11 എംഎം * 11 എംഎം, 15 എംഎം * 20 എംഎം)
●ഒറ്റത്തവണ സേവനം: ക്രയോ-സെക്ഷനിംഗ്, സ്റ്റെയിനിംഗ്, ടിഷ്യു ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ, സ്പേഷ്യൽ ബാർകോഡിംഗ്, ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കൽ, സീക്വൻസിംഗ്, ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് എന്നിവയുൾപ്പെടെ എല്ലാ അനുഭവവും വൈദഗ്ധ്യം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഘട്ടങ്ങളും ഇത് സമന്വയിപ്പിക്കുന്നു.
●ഫലങ്ങളുടെ സമഗ്രമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സും ഉപയോക്തൃ-സൗഹൃദ ദൃശ്യവൽക്കരണവും:സെൽ വിഭജനവും സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗും ദൃശ്യവൽക്കരിക്കുന്നതിനും ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കുന്നതിനും ഇൻഹൗസ് വികസിപ്പിച്ച സോഫ്റ്റ്വെയറിൻ്റെ ഉപയോഗത്തോടൊപ്പം 29 വിശകലനങ്ങളും 100+ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള കണക്കുകളും പാക്കേജിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു.
●ഇഷ്ടാനുസൃത ഡാറ്റാ വിശകലനവും ദൃശ്യവൽക്കരണവും: വ്യത്യസ്ത ഗവേഷണ അഭ്യർത്ഥനകൾക്ക് ലഭ്യമാണ്
●ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള സാങ്കേതിക ടീം: മനുഷ്യൻ, എലി, സസ്തനി, മത്സ്യം, സസ്യങ്ങൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെ 250-ലധികം ടിഷ്യു തരങ്ങളിലും 100+ സ്പീഷീസുകളിലും പരിചയമുണ്ട്.
●മുഴുവൻ പ്രോജക്റ്റിലും തത്സമയ അപ്ഡേറ്റുകൾ: പരീക്ഷണ പുരോഗതിയുടെ പൂർണ്ണ നിയന്ത്രണത്തോടെ.
●സിംഗിൾ-സെൽ mRNA സീക്വൻസിംഗിനൊപ്പം ഓപ്ഷണൽ ജോയിൻ്റ് അനാലിസിസ്
സേവന സവിശേഷതകൾ
|
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ
| ലൈബ്രറി |
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം
| ഡാറ്റ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| OCT- ഉൾച്ചേർത്ത ക്രയോ സാമ്പിളുകൾ, ഒരു സാമ്പിളിന് 3 ബ്ലോക്കുകൾ | S1000 cDNA ലൈബ്രറി | Illumina PE150 (മറ്റ് പ്ലാറ്റ്ഫോമുകൾ ലഭ്യമാണ്) | 100 uM-ന് 100K PE റീഡുകൾ (60-150 ജിബി) | RIN>7 |
സാമ്പിൾ തയ്യാറാക്കൽ മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശത്തെയും സേവന വർക്ക്ഫ്ലോയെയും കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്, എയുമായി സംസാരിക്കാൻ മടിക്കേണ്ടതില്ലBMKGENE വിദഗ്ധൻ
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ തയ്യാറാക്കൽ ഘട്ടത്തിൽ, ഉയർന്ന ഗുണമേന്മയുള്ള ആർഎൻഎ ലഭിക്കുമെന്ന് ഉറപ്പാക്കാൻ പ്രാഥമിക ബൾക്ക് ആർഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്ഷൻ ട്രയൽ നടത്തുന്നു. ടിഷ്യു ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ഘട്ടത്തിൽ, ഭാഗങ്ങൾ സ്റ്റെയിൻ ചെയ്യുകയും ദൃശ്യവൽക്കരിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ ടിഷ്യുവിൽ നിന്ന് mRNA റിലീസിനുള്ള പെർമെബിലൈസേഷൻ അവസ്ഥകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നു. ലൈബ്രറി നിർമ്മാണ സമയത്ത് ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്ത പ്രോട്ടോക്കോൾ പ്രയോഗിക്കുന്നു, തുടർന്ന് സീക്വൻസിംഗും ഡാറ്റ വിശകലനവും.
സമ്പൂർണ്ണ സേവന വർക്ക്ഫ്ലോയിൽ തത്സമയ അപ്ഡേറ്റുകളും ക്ലയൻ്റ് സ്ഥിരീകരണങ്ങളും ഉൾപ്പെടുന്നു, ഇത് സുഗമമായ പ്രോജക്റ്റ് നിർവ്വഹണം ഉറപ്പാക്കുന്നു.
BMKMANU S1000 സൃഷ്ടിച്ച ഡാറ്റ "BSTMatrix" എന്ന സോഫ്റ്റ്വെയർ ഉപയോഗിച്ച് വിശകലനം ചെയ്യുന്നു, ഇത് BMKGENE സ്വതന്ത്രമായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത് ഒരു ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ മാട്രിക്സ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു. അവിടെ നിന്ന്, ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം, ആന്തരിക-സാമ്പിൾ വിശകലനം, ഇൻ്റർ-ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു സ്റ്റാൻഡേർഡ് റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു.
● ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം:
ഡാറ്റ ഔട്ട്പുട്ടും ഗുണനിലവാരമുള്ള സ്കോർ വിതരണവും
ഓരോ സ്ഥലത്തും ജീൻ കണ്ടെത്തൽ
ടിഷ്യു കവറേജ്
● ആന്തരിക-സാമ്പിൾ വിശകലനം:
ജീൻ സമ്പന്നത
കുറഞ്ഞ അളവിലുള്ള വിശകലനം ഉൾപ്പെടെ സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
ക്ലസ്റ്ററുകൾ തമ്മിലുള്ള ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം: മാർക്കർ ജീനുകളുടെ തിരിച്ചറിയൽ
മാർക്കർ ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും
● ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം:
രണ്ട് സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുമുള്ള പാടുകളുടെ പുനഃസംയോജനവും (ഉദാ. രോഗബാധിതവും നിയന്ത്രണവും) വീണ്ടും ക്ലസ്റ്ററും
ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനും മാർക്കർ ജീനുകളുടെ തിരിച്ചറിയൽ
മാർക്കർ ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും
ഗ്രൂപ്പുകൾക്കിടയിൽ ഒരേ ക്ലസ്റ്ററിൻ്റെ ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ
കൂടാതെ, BMKGENE വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത "BSTViewer" എന്നത് ഒരു ഉപയോക്തൃ-സൗഹൃദ ടൂളാണ്, അത് വ്യത്യസ്ത റെസല്യൂഷനുകളിൽ ജീൻ എക്സ്പ്രഷനും സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗും ദൃശ്യവൽക്കരിക്കാൻ ഉപയോക്താവിനെ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
ഉപയോക്തൃ സൗഹൃദ ദൃശ്യവൽക്കരണത്തിനായി BMKGene സോഫ്റ്റ്വെയർ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു
മൾട്ടി ലെവൽ റെസല്യൂഷനിൽ BSTViewer സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
BSTCellViewer: ഓട്ടോമാറ്റിക്, മാനുവൽ സെൽ വിഭജനം
ആന്തരിക-സാമ്പിൾ വിശകലനം
സ്പോട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്:
മാർക്കർ ജീനുകളുടെ തിരിച്ചറിയലും സ്ഥല വിതരണവും:
ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകളിൽ നിന്നുമുള്ള ഡാറ്റ സംയോജനവും വീണ്ടും ക്ലസ്റ്ററും:
പുതിയ ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ മാർക്കർ ജീനുകൾ:
ഈ ഫീച്ചർ ചെയ്ത പ്രസിദ്ധീകരണത്തിൽ BMKManu S1000 സാങ്കേതികവിദ്യ ഉപയോഗിച്ച് BMKGene-ൻ്റെ സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ് സേവനങ്ങൾ സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക:
ഗാനം, X. et al. (2023) 'സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ്, തക്കാളി കോളസിൽ ഷൂട്ട് റീജനറേഷൻ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നതിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന പ്രകാശ-പ്രേരിത ക്ലോറെൻചൈമ സെല്ലുകൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു',അമേരിക്കൻ ഐക്യനാടുകളിലെ നാഷണൽ അക്കാദമി ഓഫ് സയൻസസിൻ്റെ നടപടിക്രമങ്ങൾ, 120(38), പേ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
നിങ്ങൾ, Y. et al. (2023) 'സീക്വൻസിംഗ് അധിഷ്ഠിത സ്പേഷ്യൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക് രീതികളുടെ വ്യവസ്ഥാപിത താരതമ്യം',bioRxiv, പി. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
