మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్-నానోపోర్
సేవా ప్రయోజనాలు
● అధిక-నాణ్యత అసెంబ్లీ-జాతుల గుర్తింపు మరియు ఫంక్షనల్ జీన్ ప్రిడిక్షన్ యొక్క ఖచ్చితత్వాన్ని మెరుగుపరుస్తుంది
● క్లోజ్డ్ బ్యాక్టీరియల్ జీనోమ్ ఐసోలేషన్
● విభిన్న ప్రాంతంలో మరింత శక్తివంతమైన మరియు నమ్మదగిన అప్లికేషన్, ఉదా. వ్యాధికారక సూక్ష్మజీవులు లేదా యాంటీబయాటిక్ నిరోధకత సంబంధిత జన్యువులను గుర్తించడం
● తులనాత్మక మెటాజినోమ్ విశ్లేషణ
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| వేదిక | సీక్వెన్సింగ్ | సిఫార్సు చేయబడిన డేటా | టర్నరౌండ్ సమయం |
| నానోపోర్ | ONT | 6 G/10 G | 65 పని దినాలు |
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
● ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
● మెటాజినోమ్ అసెంబ్లీ
● అనవసరమైన జన్యు సమితి మరియు ఉల్లేఖనం
● జాతుల వైవిధ్య విశ్లేషణ
● జన్యు పనితీరు వైవిధ్య విశ్లేషణ
● ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
● ప్రయోగాత్మక కారకాలకు వ్యతిరేకంగా అసోసియేషన్ విశ్లేషణ
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
కోసంDNA పదార్దాలు:
| నమూనా రకం | మొత్తం | ఏకాగ్రత | స్వచ్ఛత |
| DNA పదార్దాలు | 1-1.5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
పర్యావరణ నమూనాల కోసం:
| నమూనా రకం | సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా విధానం |
| మట్టి | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;మిగిలిన ఎండిపోయిన పదార్థాన్ని ఉపరితలం నుండి తీసివేయాలి;పెద్ద ముక్కలు రుబ్బు మరియు 2 mm వడపోత ద్వారా పాస్;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా సైరోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ నమూనాలు. |
| మలం | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా క్రయోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ నమూనాలను సేకరించి, సేకరించండి. |
| ప్రేగు సంబంధిత విషయాలు | అసెప్టిక్ స్థితిలో నమూనాలను ప్రాసెస్ చేయాలి.సేకరించిన కణజాలాన్ని PBSతో కడగాలి;PBSను సెంట్రిఫ్యూజ్ చేయండి మరియు EP-ట్యూబ్‌లలో అవక్షేపణను సేకరించండి. |
| బురద | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా క్రయోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ బురద నమూనాను సేకరించి, సేకరించండి |
| జలధార | పంపు నీరు, బావి నీరు మొదలైన పరిమిత మొత్తంలో సూక్ష్మజీవుల నమూనా కోసం, కనీసం 1 L నీటిని సేకరించి, పొరపై సూక్ష్మజీవులను మెరుగుపరచడానికి 0.22 μm ఫిల్టర్‌ని పంపండి.స్టెరైల్ ట్యూబ్‌లో పొరను నిల్వ చేయండి. |
| చర్మం | శుభ్రమైన పత్తి శుభ్రముపరచు లేదా సర్జికల్ బ్లేడ్‌తో చర్మ ఉపరితలాన్ని జాగ్రత్తగా గీరి, శుభ్రమైన ట్యూబ్‌లో ఉంచండి. |
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
3-4 గంటల పాటు ద్రవ నత్రజనిలో నమూనాలను స్తంభింపజేయండి మరియు ద్రవ నత్రజనిలో లేదా -80 డిగ్రీలో నిల్వ ఉంచి దీర్ఘకాల రిజర్వేషన్‌లో ఉంచండి.డ్రై-ఐస్‌తో నమూనా షిప్పింగ్ అవసరం.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా డెలివరీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
1.హీట్‌మ్యాప్: జాతుల రిచ్‌నెస్ క్లస్టరింగ్
2.KEGG జీవక్రియ మార్గాలకు ఉల్లేఖించిన ఫంక్షనల్ జన్యువులు
3.జాతుల సహసంబంధ నెట్‌వర్క్
4.CARD యాంటీబయాటిక్ రెసిస్టెన్స్ జన్యువుల సర్కోస్
BMK కేసు
నానోపోర్ మెటాజెనోమిక్స్ బాక్టీరియల్ లోయర్ రెస్పిరేటరీ ఇన్‌ఫెక్షన్ యొక్క వేగవంతమైన క్లినికల్ డయాగ్నసిస్‌ని అనుమతిస్తుంది
ప్రచురించబడింది:నేచర్ బయోటెక్నాలజీ, 2019
సాంకేతిక ముఖ్యాంశాలు
సీక్వెన్సింగ్: నానోపోర్ మినియాన్
క్లినికల్ మెటాజెనోమిక్స్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్: హోస్ట్ DNA క్షీణత, WIMP మరియు ARMA విశ్లేషణ
వేగవంతమైన గుర్తింపు: 6 గంటలు
అధిక సున్నితత్వం: 96.6%
కీలక ఫలితాలు
2006లో, లోయర్ రెస్పిరేటరీ ఇన్‌ఫెక్షన్ (LR) ప్రపంచవ్యాప్తంగా 3 మిలియన్ల మానవ మరణాలకు కారణమైంది.LR1 వ్యాధికారక గుర్తింపు కోసం సాధారణ పద్ధతి సాగు, ఇది పేలవమైన సున్నితత్వాన్ని కలిగి ఉంటుంది, ఎక్కువ సమయం తిరిగి ఉంటుంది మరియు ప్రారంభ యాంటీబయాటిక్ థెరపీలో మార్గదర్శకత్వం లేకపోవడం.వేగవంతమైన మరియు ఖచ్చితమైన సూక్ష్మజీవుల నిర్ధారణ చాలా కాలంగా తక్షణ అవసరం.యూనివర్శిటీ ఆఫ్ ఈస్ట్ ఆంగ్లియా నుండి డాక్టర్ జస్టిన్ మరియు అతని భాగస్వాములు వ్యాధికారక గుర్తింపు కోసం నానోపోర్-ఆధారిత మెటాజెనోమిక్ పద్ధతిని విజయవంతంగా అభివృద్ధి చేశారు.వారి వర్క్‌ఫ్లో ప్రకారం, హోస్ట్ DNAలో 99.99% క్షీణించవచ్చు.వ్యాధికారక మరియు యాంటీబయాటిక్ రెసిస్టెంట్ జన్యువులలో గుర్తింపును 6 గంటల్లో ముగించవచ్చు.
సూచన
చరాలంపౌస్, టి., కే, జిఎల్, రిచర్డ్‌సన్, హెచ్., ఐడిన్, ఎ., & ఓ'గ్రాడీ, జె.(2019)నానోపోర్ మెటాజెనోమిక్స్ బాక్టీరియల్ లోయర్ రెస్పిరేటరీ ఇన్‌ఫెక్షన్ యొక్క వేగవంతమైన క్లినికల్ డయాగ్నసిస్‌ని అనుమతిస్తుంది.నేచర్ బయోటెక్నాలజీ, 37(7), 1.
