ఉత్పత్తులు

*ఇక్కడ చూపబడిన డెమో ఫలితాలు BMKGENEతో ప్రచురించబడిన జన్యువుల నుండి వచ్చినవి

1.ఎవల్యూషన్ విశ్లేషణలో జన్యు వైవిధ్యాల ఆధారంగా ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు, జనాభా నిర్మాణం మరియు PCA నిర్మాణం ఉంటుంది.

ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు సాధారణ పూర్వీకులతో జాతుల మధ్య వర్గీకరణ మరియు పరిణామ సంబంధాలను సూచిస్తుంది.
PCA ఉప-జనాభాల మధ్య సాన్నిహిత్యాన్ని ఊహించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.
జనాభా నిర్మాణం యుగ్మ వికల్ప పౌనఃపున్యాల పరంగా జన్యుపరంగా విభిన్నమైన ఉప-జనాభా ఉనికిని చూపుతుంది.

చెన్, ఎట్.అల్.,PNAS, 2020

2.సెలెక్టివ్ స్వీప్

సెలెక్టివ్ స్వీప్ అనేది లాభదాయకమైన సైట్‌ని ఎంచుకునే ప్రక్రియను సూచిస్తుంది మరియు లింక్ చేయబడిన తటస్థ సైట్‌ల పౌనఃపున్యాలు పెంచబడతాయి మరియు అన్‌లింక్ చేయబడిన సైట్‌లు తగ్గుతాయి, ఫలితంగా ప్రాంతీయం తగ్గుతుంది.

నిర్దిష్ట దశ (10 Kb) వద్ద స్లైడింగ్ విండో (100 Kb) లోపల అన్ని SNPల జనాభా జన్యు సూచిక（π，Fst, తజిమాస్ D)ని లెక్కించడం ద్వారా ఎంపిక చేసిన స్వీప్ ప్రాంతాలపై జీనోమ్-వైడ్ డిటెక్షన్ ప్రాసెస్ చేయబడుతుంది.

న్యూక్లియోటైడ్ వైవిధ్యం(π)

తజిమా డి

స్థిరీకరణ సూచిక(Fst)

వు, ఎట్.అల్.,మాలిక్యులర్ ప్లాంట్, 2018

3.జీన్ ఫ్లో

వు, ఎట్.అల్.,మాలిక్యులర్ ప్లాంట్, 2018

4.జనాభా చరిత్ర

జాంగ్, ఎట్.అల్.,నేచర్ ఎకాలజీ & ఎవల్యూషన్, 2021

5.డైవర్జెన్స్ సమయం

జాంగ్, ఎట్.అల్.,నేచర్ ఎకాలజీ & ఎవల్యూషన్, 2021

BMK కేసు

జెనోమిక్ వేరియేషన్ మ్యాప్ స్ప్రింగ్ చైనీస్ క్యాబేజీ (బ్రాసికా రాపా ఎస్‌ఎస్‌పి. పెకినెన్సిస్) ఎంపిక యొక్క జన్యు ప్రాతిపదికపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది

ప్రచురించబడింది: మాలిక్యులర్ ప్లాంట్, 2018

సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:

రీసీక్వెన్సింగ్: సీక్వెన్సింగ్ డెప్త్: 10×

కీలక ఫలితాలు

ఈ అధ్యయనంలో, 194 చైనీస్ క్యాబేజీలు 10× సగటు లోతుతో రీ-సీక్వెన్సింగ్ కోసం ప్రాసెస్ చేయబడ్డాయి, ఇది 1,208,499 SNPలు మరియు 416,070 InDelsని అందించింది.ఈ 194 పంక్తులపై ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ ఈ పంక్తులను వసంత, వేసవి మరియు శరదృతువు అనే మూడు ఎకోటైప్‌లుగా విభజించవచ్చని చూపిస్తుంది.అదనంగా, జనాభా నిర్మాణం మరియు PCA విశ్లేషణ వసంత చైనీస్ క్యాబేజీ చైనాలోని షాన్డాంగ్‌లోని శరదృతువు క్యాబేజీ నుండి ఉద్భవించిందని సూచించింది.ఇవి తరువాత కొరియా మరియు జపాన్‌లకు పరిచయం చేయబడ్డాయి, స్థానిక పంక్తులతో క్రాస్ చేయబడ్డాయి మరియు వాటిలో కొన్ని లేట్-బోల్టింగ్ రకాలు చైనాకు తిరిగి పరిచయం చేయబడ్డాయి మరియు చివరకు స్ప్రింగ్ చైనీస్ క్యాబేజీగా మారాయి.

ఎంపికపై స్ప్రింగ్ చైనీస్ క్యాబేజీలు మరియు శరదృతువు క్యాబేజీలపై జీనోమ్-వైడ్ స్కానింగ్ 23 జెనోమిక్ స్థానాలను వెల్లడించింది, అవి బలమైన ఎంపిక ద్వారా వెళ్ళాయి, వాటిలో రెండు QTL-మ్యాపింగ్ ఆధారంగా బోల్టింగ్-టైమ్ కంట్రోల్ రీజియన్‌తో అతివ్యాప్తి చెందాయి.ఈ రెండు ప్రాంతాలు పుష్పించడాన్ని నియంత్రించే కీలక జన్యువులను కలిగి ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది, BrVIN3.1 మరియు BrFLC1.ఈ రెండు జన్యువులు ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ స్టడీ మరియు ట్రాన్స్‌జెనిక్ ప్రయోగాల ద్వారా బోల్టింగ్ టైమ్‌లో పాలుపంచుకున్నట్లు మరింత ధృవీకరించబడ్డాయి.

చైనీస్ క్యాబేజీలపై జనాభా నిర్మాణ విశ్లేషణ

చైనీస్ క్యాబేజీ ఎంపికపై జన్యు సమాచారం