-
Mgbakọ Genome T2T | Usoro Ogologo Dị Elu
T2T (Telomere-to-Telomere) Genome bụ ọkọlọtọ ọla edo maka njikọta genome dị elu, na-ezo aka na nhazi genome nke na-enweghị oghere ma ọ bụ enweghị oghere, nke na-agbasa site na otu telomere gaa na nke ọzọ, ma na-emebi oke nkewa nke njikọta genome nkịtị.
Site na usoro ọgụgụ isi ONT dị ogologo ma jikọta ya na usoro miri emi dị iche iche na pipeline bioinformatics kachasị mma, ngwọta Genome BMKGENE T2T na-elekwasị anya na mpaghara "ọchịchịrị" genomic kachasị sie ike - telomeres (mkpokọta nucleoprotein pụrụ iche na njedebe chromosome eukaryotic), centromeres dị elu (nnukwu usoro ugboro ugboro nke tandem), na mpaghara haplotype ndị ọzọ dị mgbagwoju anya na nke heterozygous, nke a na-apụghị idozi kemgbe maka usoro ọgụgụ ogologo oge. N'adịghị ka ọgụgụ ogologo oge nkịtị nke na-anaghị agafe mpaghara ndị a ma na-akpata ọdịda usoro ma ọ bụ contigs chimeric, ọgụgụ ogologo oge nke ONT nwere ike ịgafe oghere ndị a na-apụghị ịgbakọta na mpaghara mgbagwoju anya. BMKGene na-agba mbọ ịnye mkpụrụ ndụ ihe nketa T2T na-enweghị oghere ma ọ bụ enweghị oghere, dị elu maka ụdị dị iche iche.
Nhazi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa T2T na-emepe mpaghara genomic dị mgbagwoju anya nke a na-apụghị iru na mbụ, na-emeju oghere nyocha dị mkpa, ma na-enye data ntọala siri ike, nke ziri ezi maka ọmụmụ ihe miri emi gụnyere mgbanwe ụdị anụmanụ, igwu mkpụrụ ndụ ihe nketa ọrụ, ịmụpụta mkpụrụ ndụ ihe nketa, ọgwụ ziri ezi na nchọpụta sayensị ndị ọzọ dị elu.
-
Proteomics
Proteomics na-elekwasị anya na protein—ndị na-eme ihe omume ndụ nke na-arụ ọrụ dị mkpa na nhazi nke mkpụrụ ndụ. Ọ na-enyocha nhazi, ọkwa ngosipụta, na ọnọdụ mgbanwe nke protein niile na-agbanwe agbanwe n'ime anụ ahụ ma ọ bụ mkpụrụ ndụ, na-eleba anya na mmetụta dị ukwuu nke mgbanwe proteome na usoro ndụ dị iche iche. A na-etinye ya n'ọtụtụ ebe na ọgwụ, ọrụ ugbo, na ịzụ anụmanụ. Qualitative Proteomics na-eji teknụzụ njirimara protein HPLC-MS/MS iji chọpụta ihe atụ gụnyere gel strips, IP, na CO-IP/Dọọ ala samples. Quantitative Proteomics na-enweta nhazi ziri ezi na njirimara nke protein niile nke genome gosipụtara ma ọ bụ na usoro ngwakọta dị mgbagwoju anya. A na-ekewa teknụzụ proteomics quantitative ugbu a n'ime ụzọ akara (TMT) na nke enweghị akara (Label Free, DIA, PRM). BMKGENE na-enye ngwọta proteomics ọtụtụ ikpo okwu na ọtụtụ teknụzụ.
-
Metabolomics
Metabolomics, ngalaba mmụta genomics dị n'okpuru, na-elekwasị anya na obere ihe ndị dị n'ime molekul nwere ibu molekul nke na-erughị 1500 Da. Ọ na-enye metabolites ohere igosipụta mmeghachi omume nke ihe ndị dị ndụ na mkpali mpụga na mgbanwe physiological/pathological n'ụzọ dị mfe karị. Mgbanwe ọkwa metabolite nke mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa kpatara dịkwa n'ime oke nyocha ya, na-enye echiche ọhụrụ maka nyocha.
BMKGENE na-enye ọtụtụ ọrụ metabolomics, gụnyere metabolomics na-abụghị nke ezubere iche, metabolomics a na-elekwasị anya nke ọma, na metabolomics a na-elekwasị anya nke ọma. Site na iji liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) ma ọ bụ gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS), enwere ike ịchọpụta mgbanwe dị iche iche na ọtụtụ obere molekul metabolites na ihe ndị dị ndụ tupu na mgbe mkpali mpụga gasịrị. Isi ọrụ ndị a dị n'ịchọpụta metabolites nwere nnukwu ọdịiche dị n'etiti otu nnwale na njikwa na inyocha mmekọrịta ha na mgbanwe physiological/pathological na usoro ndị dị n'okpuru.
-
Usoro mRNA/LncRNA/CircRNA nke Exosomal-Illumina
Exosomes bụ obere vesicles nke mkpụrụ ndụ na-ewepụta, nke na-adịkarị site na dayameta 30 ruo 100 nanomita. Vesicles ndị a nwere RNA dị iche iche. A kwenyere na Exosomes na-arụ ọrụ dị mkpa na nkwukọrịta n'etiti sel, nzaghachi ahụ ike, na mmepe ọrịa, a pụkwara ikesa ha gaa n'akụkụ ahụ ndị ọzọ site na mmiri ahụ dị ka plasma, mmiri ọnụ, na mmamịrị. Ha na-ebu biomolecules kpọmkwem iji chịkwaa ọrụ nke mkpụrụ ndụ nnata, na-emetụta ọnọdụ physiological sel. A na-ewerekwa Exosomes dị ka ndị na-arụ ọrụ dị mkpa na mmepe ọrịa, gụnyere ọrịa kansa, ọrịa neurodegenerative, na ọnọdụ mkpali. Nnyocha na exosomes na-enye nghọta na ụzọ ọhụrụ maka nchọpụta, ọgwụgwọ, na mgbochi ọrịa.
-
Usoro RNA nke Exosomal Small-Illumina
Exosomes bụ obere vesicles nke mkpụrụ ndụ na-ewepụta, nke na-adịkarị na dayameta site na nanomita 30 ruo 100. Vesicles ndị a nwere RNA dị iche iche. N'ime ụdị RNA dị na exosomes, nke a na-ahụkarị ma na-amụ nke ọma bụ microRNA (miRNA). miRNA bụ otu ụdị obere RNA ndị na-abụghị koodu ihe dị ka nucleotides 18-25 n'ogologo. Ha na-eme ka mkpụrụ ndụ ihe nketa mgbe a gbasịrị akwụkwọ site na ijikọ na mpaghara 3′ nke a na-asụgharịghị (3′ UTR) nke mRNA ndị a na-elekwasị anya, si otú a na-achịkwa ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa. Dịka ọmụmaatụ, exosomes nke ụfọdụ mkpụrụ ndụ tumor na-emepụta nwere miRNA kpọmkwem, dị ka miR-126 na miR-92a. MiRNA ndị a nwere ike imetụta ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa na mkpụrụ ndụ nnata ma kwalite angiogenesis tumor (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Nsụgharị Gburugburu
Usoro ntụgharị uche nke oghere bụ usoro nke na-enye anyị ohere ijide ma hụ ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa n'ime anụ ahụ. Nke a nwere ike ịdị oke mkpa iji ghọta otu mkpụrụ ndụ si emekọrịta ihe.
E nwere ikpo okwu dị iche iche maka ụzọ a. N'okwu a, BMKGene emepụtala BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, ikpo okwu nke na-eme ka arụmọrụ usoro ahụ dịkwuo mma, na-erute mkpebi subcellular ma na-enye ohere maka ntọala mkpebi dị iche iche.
Chip a nwere nde ntụpọ 4.2 site na iji teknụzụ patent nke microwells ndị e ji ihe ndị e ji akara mee nke nwere ihe nyocha barcode n'ebe dị iche iche. Site na usoro a, mgbe ejidere ma mee ka ọ dịkwuo mma, anyị na-enweta ọbá akwụkwọ cDNA nke nwere ihe nlele barcode nke Illumina dakọtara na ya.
Na data ahụ, njikọta nke barcode oghere na UMI na-eme ka o doo anya na data e mepụtara ziri ezi na nkọwapụta. Na njikọta ihe niile dị n'elu, BMKManu na-enye ntọala data dị iche iche.
-
Ọbá akwụkwọ DNBSEQ emebere
DNBSEQ, nke MGI mepụtara, bụ teknụzụ NGS ọhụrụ nke ejirila belata ọnụ ahịa usoro ma mụbaa mmepụta. Nkwadebe nke ọbá akwụkwọ DNBSEQ gụnyere nkewa DNA, nkwadebe nke ssDNA, na mmụba gburugburu iji nweta DNA nanoballs (DNB). A na-ebuga ndị a n'elu elu siri ike ma mesịa jiri usoro combinatorial Probe-Anchor Synthesis (cPAS) hazie ha. Teknụzụ DNBSEQ na-ejikọta uru nke inwe obere ọnụego njehie mmụba yana iji usoro njehie njupụta dị elu na nanoballs, na-ebute usoro nhazi yana mmepụta na izi ezi dị elu.
Ọrụ nhazi usoro ọbá akwụkwọ anyị nke e mere n'oge gara aga na-enyere ndị ahịa aka ịkwadebe ọbá akwụkwọ nhazi usoro Illumina site na isi mmalite dị iche iche (mRNA, mkpụrụ ndụ ihe nketa dum, amplicon, ọbá akwụkwọ 10x, na ndị ọzọ), nke a na-agbanwe ka ọ bụrụ ọbá akwụkwọ MGI na ụlọ nyocha anyị ka a hazie ya na DNBSEQ-T7, na-eme ka ọnụọgụ data dị elu na ọnụ ahịa dị ala.
-
Mmekọrịta Chromatin dabere na Hi-C
Hi-C bụ usoro e mere iji jide nhazi genomic site na ijikọta mmekọrịta dabere na nso na usoro mmepụta dị elu. Usoro a dabere na njikọta chromatin na formaldehyde, wee soro mgbaze na njikọta ọzọ n'ụzọ nke na naanị iberibe ndị ejikọtara ọnụ ga-emepụta ngwaahịa njikọ. Site na usoro ngwaahịa njikọ ndị a, ọ ga-ekwe omume ịmụ nhazi 3D nke genome. Hi-C na-enye ohere ịmụ nkesa nke akụkụ nke genome ndị a na-ejupụtaghị nke ọma (A ngalaba, euchromatin) ma nwee ike ịdị na-arụ ọrụ n'ụzọ ederede, yana mpaghara ndị a na-ejikọta nke ọma (B ngalaba, Heterochromatin). Enwere ike iji Hi-C chọpụta Topologically Associated Domains (TADs), mpaghara nke genome ndị nwere nhazi apịachi ma nwee ike inwe ụdị ngosipụta yiri nke ahụ, yana ịchọpụta loops chromatin, mpaghara DNA nke protein jikọtara ọnụ ma na-ejupụtakarị na ihe ndị na-achịkwa. Ọrụ nhazi usoro Hi-C nke BMKGene na-enye ndị nchọpụta ike inyocha akụkụ oghere nke genomics, na-emepe ụzọ ọhụrụ maka ịghọta nhazi genome na mmetụta ya na ahụike na ọrịa.
-
Ngwọta mRNA PacBio 2+3 zuru oke
Ọ bụ ezie na usoro mRNA nke dabeere na NGS bụ ngwa dị iche iche maka ịtụle ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa, ịdabere na ya na obere ọgụgụ na-egbochi arụmọrụ ya na nyocha transcriptomic dị mgbagwoju anya. N'aka nke ọzọ, usoro PacBio (Iso-Seq) na-eji teknụzụ agụ ogologo oge, na-eme ka usoro nke usoro mRNA zuru oke. Ụzọ a na-eme ka nchọpụta zuru oke nke njikọta ọzọ, njikọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, na poly-adenylation dị mfe, ọ bụ ezie na ọ bụghị nhọrọ bụ isi maka nhazi ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa. Njikọ 2+3 na-ejikọ oghere dị n'etiti Illumina na PacBio site na ịdabere na ọgụgụ PacBio HiFi iji chọpụta usoro zuru oke nke isoforms transcript na usoro NGS iji tụọ isoforms ndị yiri ya.
Platform: PacBio Revio na Illumina NovaSeq
-
Nyocha nke Njikọ Genome-Wide
Ebumnuche nke Ọmụmụ Ihe gbasara Mkpụrụ Ndụ Ihe nketa (GWAS) bụ ịchọpụta ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa (genotypes) jikọtara ya na àgwà ụfọdụ (phenotypes). Site n'inyocha ihe nrịbama mkpụrụ ndụ ihe nketa n'ofe mkpụrụ ndụ ihe nketa dum n'ọtụtụ mmadụ, GWAS na-ewepụta njikọ genotype-phenotype site na nyocha ọnụọgụgụ mmadụ. Usoro a na-achọta ọtụtụ ojiji n'inyocha ọrịa mmadụ na inyocha mkpụrụ ndụ ihe nketa ọrụ metụtara àgwà dị mgbagwoju anya na anụmanụ ma ọ bụ osisi.
Na BMKGENE, anyị na-enye ụzọ abụọ maka ịme GWAS n'ọtụtụ mmadụ: iji Whole-Genome Sequencing (WGS) ma ọ bụ ịhọrọ usoro mbelata nnọchite anya genome sequencing, nke bụ Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) mepụtara n'ime ụlọ. Ọ bụ ezie na WGS dabara na obere mkpụrụ ndụ ihe nketa, SLAF pụtara dị ka ihe ọzọ dị ọnụ ala maka ịmụ banyere ọnụọgụgụ ndị buru ibu nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị dị ogologo, na-ebelata ọnụ ahịa usoro, ebe ọ na-ekwe nkwa arụmọrụ nchọpụta mkpụrụ ndụ ihe nketa dị elu.
-
Usoro RNA nke otu nuclei
Mmepe nke njide otu mkpụrụ ndụ na usoro owuwu ọbá akwụkwọ ahaziri ahazi, yana usoro nhazi dị elu, agbanweela ọmụmụ ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọkwa mkpụrụ ndụ. Nnwale a na-enye ohere maka nyocha miri emi na nke zuru oke nke ọnụọgụ mkpụrụ ndụ ihe nketa dị mgbagwoju anya, na-emeri oke ndị metụtara mkpokọta ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa n'elu mkpụrụ ndụ niile ma na-echekwa ezi ọdịiche dị n'etiti ndị a. Ọ bụ ezie na usoro nhazi RNA otu mkpụrụ ndụ (scRNA-seq) nwere uru a na-apụghị ịgbagha agbagha, ọ na-ezute ihe ịma aka na ụfọdụ anụ ahụ ebe imepụta nkwụsịtụ otu mkpụrụ ndụ siri ike ma chọọ ihe nlele ọhụrụ. Na BMKGene, anyị na-edozi nsogbu a site n'inye usoro nhazi RNA otu-nucleus (snRNA-seq) site na iji teknụzụ 10X Genomics Chromium nke oge a. Ụzọ a na-agbasa ụdị ihe atụ ndị a na-agbaso nyocha transcriptome na ọkwa otu mkpụrụ ndụ.
A na-eme nkewa nke nuclei site na mgbawa Chromium 10X Genomics ọhụrụ, nke nwere sistemụ microfluidics nke nwere ọwa asatọ nwere ngafe abụọ. N'ime sistemụ a, a na-etinye mkpụrụ gel nke nwere barcodes, primers, enzymes, na otu nucleus n'ime mmiri mmanụ nha nanoliter, na-emepụta Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Mgbe e guzobere GEM, mwepụta mkpụrụ ndụ na barcode na-eme n'ime GEM ọ bụla. Mgbe nke ahụ gasịrị, mkpụrụ ndụ mRNA na-abanye na ntụgharị azụ n'ime cDNAs, na-agụnye barcodes 10X na Unique Molecular Identifiers (UMIs). A na-etinye cDNA ndị a n'okpuru iwu ụlọ akwụkwọ nhazi ọkọlọtọ, na-eme ka nchọpụta siri ike na zuru oke nke profaịlụ ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọkwa otu mkpụrụ ndụ.
Ikpo okwu: 10× Ikpo okwu Genomics Chromium na Illumina NovaSeq
-
Usoro Mkpụrụ Ndụ Ihe Onwunye Nile nke Osisi/Anụmanụ
Usoro nhazi mkpụrụ ndụ ihe nketa zuru oke (WGS) bụ usoro eji achọpụta usoro DNA zuru oke nke mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ihe dị ndụ n'otu oge.
Ọtụtụ mgbe, a na-ekewa ọrụ ahụ n'ime otu abụọ dị iche iche dabere na ịdị adị nke genome ntụaka:
- Ụbọchị ọhụrụusoro genome dum.N'ọnọdụ a, mkpụrụ ndụ ihe nketa a ga-ahazi enweghị mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka dị, ọ bụkwa ya mere ebumnuche nke usoro a ji eme ihe bụ imepụta ya (maọbụ imeziwanye nke dị adị). Usoro a kwesịrị iji ma data Illumina na usoro ogologo oge iji mee ka njikọta mkpụrụ ndụ ihe nketa dịkwuo mma site n'ịmepụta njikọ n'etiti ọgụgụ.
- Nhazigharị usoro.Ọ na-ezo aka na usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa dum nke ụdị dị iche iche nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa ama ama. Dabere na nke a, enwere ike ịchọpụta ọdịiche mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ndị mmadụ ma ọ bụ ndị bi na ya.
-
Usoro mRNA zuru oke-Nanopore
Ọ bụ ezie na usoro mRNA nke dabeere na NGS bụ ngwa dị iche iche maka ịtụle ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa, ịdabere na ya na obere ọgụgụ na-egbochi arụmọrụ ya na nyocha transcriptomik dị mgbagwoju anya. N'aka nke ọzọ, usoro nanopore na-eji teknụzụ agụ ogologo oge, na-eme ka usoro nke usoro mRNA zuru oke. Ụzọ a na-eme ka nchọpụta zuru oke nke njikọta ọzọ, njikọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, poly-adenylation, na nhazi nke isoforms mRNA dị mfe.
Usoro nhazi nanopore, usoro nke dabere na akara eletriki nanopore otu molekul, na-enye nsonaazụ ozugbo. Site na nduzi nke protein moto, DNA nwere eriri abụọ na-ejikọ na protein nanopore nke etinyere na biofilm, na-eme ka ọ dị jụụ ka ọ na-agafe na ọwa nanopore n'okpuru ọdịiche voltaji. A na-achọpụta ma kewaa akara eletriki pụrụ iche nke ntọala dị iche iche na eriri DNA na-emepụta n'oge ahụ, na-eme ka usoro nhazi nucleotide ziri ezi ma na-aga n'ihu. Usoro ọhụrụ a na-emeri oke ọgụgụ dị mkpirikpi ma na-enye ikpo okwu dị ike maka nyocha genomic dị mgbagwoju anya, gụnyere ọmụmụ ihe dị mgbagwoju anya, yana nsonaazụ ozugbo.
Ikpo okwu: Nanopore PromethION 48
