Nyocha nke Njikọ Genome-Wide
Usoro ọrụ
Uru Ọrụ
●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụtaSite na ahụmịhe ha nwetara na GWAS, BMKGene emechaala ọtụtụ narị ọrụ ụdị anụmanụ na nyocha GWAS, nyere ndị nchọpụta aka ibipụta ihe karịrị akụkọ 100, ihe mmetụta ha ruru 500.
● Nyocha zuru oke nke bioinformaticsusoro ọrụ gụnyere nyocha njikọ SNP-trait, na-enye otu mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị na-achọ ọrụ na nkọwa ọrụ ha kwekọrọ.
●Ndị otu bioinformatics nwere nkà dị elu na usoro nyocha dị mkpirikpiSite na ahụmịhe dị ukwuu na nyocha genomics dị elu, ndị otu BMKGene na-enye nyocha zuru oke na oge mgbanwe ngwa ngwa.
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị:Nkwa anyị na-agafe karịa imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ ahụ, enyemaka maka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Nkọwapụta ọrụ na ihe achọrọ
| Ụdị usoro nhazi | Ọnụọgụ ọnụọgụgụ ndị a tụrụ aro | Atụmatụ nhazi usoro | Ihe achọrọ maka Nucleotide |
| Usoro Mkpụrụ Ndụ Nile | Ihe atụ 200 | 10x | Ntinye uche: ≥ 1 ng/µL Ngụkọta ego≥ 30ng Mmebi ma ọ bụ mmetọ dị oke ma ọ bụ enweghị mmebi |
| Akụkụ Mgbakwunye Ebe Dị Iche Iche (SLAF) | Omimi mkpado: 10x Ọnụọgụ nke mkpado: <400 Mb: A na-atụ aro WGS <1Gb: 100K mkpado 1Gb > 2Gb: 300K mkpado Kachasị mkpado 500k | Ntinye uche ≥ 5 ng/µL Ngụkọta ego ≥ 80 ng Gel Agarose: enweghị mmebi ma ọ bụ mmetọ pere mpe
|
Nhọrọ Ihe
Ụdị dị iche iche, ụdị dị iche iche, ụdị ala/mkpụrụ ndụ ihe nketa/ezinụlọ agwakọtara agwakọta/akụrụngwa ọhịa
Ụdị dị iche iche, ụdị dị iche iche, na ụdị ala dị iche iche
Ezinụlọ ọkara ụmụ/ezinụlọ ụmụ zuru oke/ihe onwunwe ọhịa
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Mwepụta RNA
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
Gụnyere nyocha ndị a:
- Nyocha njikọ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa niile: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM nlereanya
- Nkọwa ọrụ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị na-akwado
Nyocha nke SNP-trait connection - Manhattan strategy
Nyocha nke njikọ SNP-àgwà - atụmatụ QQ
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ BMKGene's de GWAS mere site na nchịkọta akwụkwọ ndị a haziri ahazi:
Lv, L. et al. (2023) 'Nghọta nke ntọala mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ndidi ammonia na agụba clam Sinonovacula constricta site na ọmụmụ njikọ genome-wide',Aquaculture, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. na ndị otu ya (2022) 'Nyocha multi-omics nke 398 foxtail millet accessions na-ekpughe mpaghara genomic metụtara domestication, àgwà metabolite, na mmetụta mgbochi mkpali',Osisi Molekụla, 15 (8), p. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. na ndị otu ya (2022) 'Mapping nke Genome-Wide Association of Hulless Barely Phenotypes in the End Earth',Ókèala na Sayensị Osisi, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. na ndị otu ya (2021) 'GmST1, nke na-emepụta sulfotransferase, na-enye ike iguzogide ụdị nje mosaic soybean G2 na G3',Osisi, Sel na Gburugburu Ebe Obibi, 44 (8), p. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
