-
Usoro metagenomic -NGS
Metagenome bụ mkpokọta mkpokọta mkpụrụ ndụ ihe nketa nke obodo agwakọtara dị ka metagenomes gburugburu ebe obibi na mmadụ. O nwere genome nke ma microorganisms a na-akụ mkpụrụ na nke a na-apụghị ịkụ mkpụrụ. Shotgun metagenomic sequencing na NGS na-enyere aka ọmụmụ nke ndị a mgbagwoju anya genomic Okirikiri ala agbakwunyere na gburugburu ebe obibi samples site na-enye ihe karịrị taxonomic profiling, na-enye kwa granular nghọta n'ime ụdị dị iche iche, n'ụba ike ike, na mgbagwoju ọnụ ụlọ owuwu. Na agafe ọmụmụ taxonomic, shotgun metagenomics na-enyekwa echiche genomics na-arụ ọrụ, na-enyere aka nyocha nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọrụ ntinye ha na usoro gburugburu ebe obibi. N'ikpeazụ, nguzobe nke netwọk mmekọrịta n'etiti ihe mkpụrụ ndụ ihe nketa na ihe ndị metụtara gburugburu ebe obibi na-enye aka na nghọta zuru oke nke mkparịta ụka dị mgbagwoju anya n'etiti obodo microbial na ebe obibi ha. N'ikpeazụ, usoro metagenomic guzoro dị ka ihe dị mkpa maka ikpughe ihe omimi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche, na-eme ka mmekọrịta dị n'etiti mkpụrụ ndụ ihe nketa na gburugburu ebe obibi dị n'ime gburugburu ebe obibi dị mgbagwoju anya.
Platforms: Illumina NovaSeq na DNBSEQ-T7
-
Usoro metagenomic-TGS
Metagenome bụ mkpokọta mkpụrụ ndụ ihe nketa nke obodo agwakọta dị ka metagenomes gburugburu ebe obibi na mmadụ. O nwere genome nke ma microorganisms a na-akụ mkpụrụ na nke a na-apụghị ịkụ mkpụrụ. Usoro metagenomic na-enyere aka n'ịmụ ihe gbasara mbara ala ndị a gbagwojuru anya agbakwunyere n'ime ihe atụ gburugburu ebe obibi site n'inye ihe karịrị nkọwa taxonomic. Ọ na-enyekwa echiche genomics na-arụ ọrụ site n'ịchọgharị mkpụrụ ndụ ihe nketa etinyere na ọrụ ntinye ha na usoro gburugburu ebe obibi. Ọ bụ ezie na a na-eji usoro égbè ọdịnala na-abịaru nso na usoro Illumina n'ọtụtụ ebe na ọmụmụ metagenomic, ọbịbịa nke Nanopore na PacBio usoro ịgụ ogologo oge agbanweela ubi ahụ. Teknụzụ Nanopore na PacBio na-eme ka nyocha bioinformatic dị ala, ọkachasị mgbakọ metagenome, na-eme ka mgbakọ na-aga n'ihu. Akụkọ na-egosi na metagenomics dabere na Nanopore na PacBio ewepụtala mkpụrụ ndụ nje bacteria zuru oke na mechiri emechi site na microbiomes dị mgbagwoju anya (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ijikọ Nanopore na-agụ ya na Illumina na-agụ na-enye usoro atụmatụ maka mgbazi njehie, na-ebelata izi ezi dị ala nke Nanopore. Ngwakọta mmekọrịta a na-eme ka ike nke usoro usoro nke ọ bụla, na-enye ngwọta siri ike iji merie njedebe ndị nwere ike ime na ịkwalite nzizi na ntụkwasị obi nke nyocha metagenomic.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumina na PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Mkpụrụ ndụ ihe nketa 16S na 18S rRNA, yana mpaghara Internal Transcribed Spacer (ITS), na-eje ozi dị ka akara akara mkpịsị aka mkpụrụ ndụ ihe dị mkpa n'ihi nchikota ha nke mpaghara echekwara nke ukwuu yana hyper-agbanwe agbanwe, na-eme ka ha bụrụ ngwa bara uru maka ịkọwapụta ihe dị ndụ prokaryotic na eukaryotic. Mmụba na usoro nke mpaghara ndị a na-enye ụzọ na-enweghị ikewapụ maka nyocha ihe mejupụtara microbial na ụdị dị iche iche n'ofe gburugburu ebe obibi dị iche iche. Ọ bụ ezie na usoro Illumina na-elekwasịkarị anya mpaghara hypervariable dị mkpụmkpụ dị ka V3-V4 nke 16S na ITS1, egosipụtara na nkọwa taxonomic dị elu bụ nke a ga-enweta site n'ịhazi ogologo 16S, 18S na ITS. Ụzọ a zuru oke na-ebute pasentị dị elu nke usoro nkewa nke ọma, na-enweta ọkwa nke mkpebi na-agbatị ruo n'ichepụta ụdị. PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) usoro usoro ihe omume pụtara ìhè site n'inye ogologo ọgụgụ dị ogologo (HiFi) nke na-ekpuchi amplicon ogologo zuru oke, na-emegide izi ezi nke usoro Illumina. Ikike a na-enye ndị na-eme nchọpụta ohere inweta uru na-enweghị atụ - echiche panoramic nke ọdịdị mkpụrụ ndụ ihe nketa. Mkpuchi agbatịkwuru na-ebuli mkpebi a dị na nkọwapụta ụdịrị, ọkachasị n'ime obodo nje ma ọ bụ fungal, na-eme ka nghọta miri emi banyere mgbagwoju anya nke ụmụ nje.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Usoro Amplicon na teknụzụ Illumina, na-elekwasị anya kpọmkwem 16S, 18S, na akara mkpụrụ ndụ ihe nketa ITS, bụ usoro siri ike maka ikpughe phylogeny, taxonomy, na ụdị dị ukwuu n'ime obodo microbial. Usoro a gụnyere ịhazi mpaghara hypervariable nke akara mkpụrụ ndụ ihe nketa. Ewebata ya na mbụ dị ka akara mkpisiaka molekul siteAhụhụ et alna 1977, usoro a agbanweela profaịlụ microbiome site n'ime ka nyocha na-enweghị ikewapụ onwe ya. Site na usoro nke 16S (bacteria), 18S (fungi), na Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), ndị nchọpụta nwere ike ịchọpụta ọ bụghị naanị ụdị dị ukwuu kamakwa ndị na-adịghị ahụkebe na ndị a na-amaghị. N'ịbụ nke anakwere dị ka ngwa ọrụ dị mkpa, usoro amplicon abụrụla ihe enyemaka n'ịmata ihe dị iche iche microbial mejupụtara n'ofe gburugburu dị iche iche, gụnyere ọnụ mmadụ, eriri afọ, stool, na karịa.
-
Usoro njegharị nje na fungal dum Genome
Bacterial na fungal dum-genome re-sequencing project bụ ihe dị mkpa maka ịkwalite microbial genomics site n'ịkwalite mmecha na ntụnyere nke genome microbial. Nke a na-eme ka injinia sie ike, njikarịcha usoro mmepụta ihe, yana nyocha nke ụzọ metabolism nke abụọ. Ọzọkwa, usoro fungal na nje bacteria dị oke mkpa maka ịghọta mgbanwe gburugburu ebe obibi, na-eme ka nsogbu dị mma, na ikpughe mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa, na-enwe mmetụta sara mbara na nkà mmụta ọgwụ, ọrụ ugbo, na sayensị gburugburu ebe obibi.
-
Usoro prokaryotic RNA
Usoro RNA na-enye ike ịkọwapụta nkọwa nke ederede RNA niile n'ime sel n'okpuru ọnọdụ akọwapụtara. Teknụzụ ọgbara ọhụrụ a na-arụ ọrụ dị ka ngwa ọrụ siri ike, na-ekpughe profaịlụ mkpụrụ ndụ dị mgbagwoju anya, usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa, na usoro mkpụrụ ndụ jikọtara ya na usoro ndu dị iche iche. N'ịbụ nke anakwere na nyocha bụ isi, nchọpụta ụlọ ọgwụ, na mmepe ọgwụ, usoro RNA na-enye nghọta n'ime mgbagwoju anya nke ike ndụ cell na ụkpụrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa. A haziri nhazi nlele prokaryotic RNA anyị maka transcriptomes prokaryotic, gụnyere mbelata rRNA na nkwadebe ọbá akwụkwọ ntụzịaka.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Usoro Metatranscriptome
Iji teknụzụ usoro usoro Illumina, BMKGENE's metatranscriptome sequencing ọrụ na-ekpughere mkpụrụ ndụ ike dị ike nke ụdị dị iche iche nke ụmụ nje, na-agbasa eukaryotes na prokaryotes na nje, n'ime gburugburu eke dị ka ala, mmiri, oké osimiri, stool, na eriri afọ. Ọrụ zuru oke anyị na-enye ndị nyocha ike ịbanye n'ime profaịlụ okwu mkpụrụ ndụ ihe nketa zuru oke nke obodo microbial. Na agafe nyocha taxonomic, ọrụ usoro usoro metatranscriptome anyị na-eme ka nyocha n'ime ịba ụba ọrụ, na-eme ka ìhè dị na mkpụrụ ndụ ihe nketa egosipụtara dị iche iche na ọrụ ha. Choputa otutu ihe nleba anya nke ndu ka ị na-agagharị n'ọdịdị mgbagwoju anya nke okwu mkpụrụ ndụ ihe nketa, ụdị taxonomic dị iche iche, na arụrụ ọrụ n'ime niche gburugburu ebe obibi ndị a dị iche iche.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE na-enye azịza dị iche iche maka mkpụrụ ndụ fungal, na-egbo mkpa nyocha dị iche iche yana izu oke genome chọrọ. Iji usoro Illumina agụ nkenke naanị na-enye ohere ịmepụta mkpụrụ ndụ ihe nketa. A na-ejikọta usoro ọgụgụ dị mkpirikpi na usoro ọgụgụ ogologo oge site na iji Nanopore ma ọ bụ Pacbio maka genome fungal a nụchara anụcha nke nwere ogologo contigs. Ọzọkwa, ijikọ usoro Hi-C na-eme ka ikike ahụ dịkwuo elu, na-enye ohere ịnweta genome-ọkwa chromosome zuru oke.
-
De novo Bacterial Genome Assembly
Anyị na-enye ọrụ mgbakọ genome nje zuru oke, na-ekwe nkwa 0 gaps. Nke a ga-ekwe omume site na ijikọ teknụzụ usoro usoro ọgụgụ dị ogologo, dị ka Nanopore na PacBio maka mgbakọ na usoro ọgụgụ dị mkpirikpi na Illumina maka nkwado mgbakọ na mmezi njehie nke ONT na-agụ. Ọrụ anyị na-enye usoro ọrụ bioinformatic zuru oke site na mgbakọ, nkọwa ọrụ, yana nyocha bioinformatic dị elu, na-emezu ebumnuche nyocha akọwapụtara. Ọrụ a na-enyere aka ịmepụta mkpụrụ ndụ ihe nketa kpọmkwem maka ọmụmụ mkpụrụ ndụ ihe nketa na mkpụrụ ndụ dị iche iche. Na mgbakwunye, ọ na-etolite ntọala maka ngwa dị ka njikarịcha nje, injinia mkpụrụ ndụ ihe nketa, na mmepe teknụzụ microbial, na-ahụ na data genomic na-enweghị oghere dị oke mkpa maka ịkwalite nghọta sayensị na ihe ọhụrụ teknụzụ biotechnology.
