Genomics atụnyere
Uru Ọrụ
●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụtaSite na mkpokọta, BMKGene emechaala ihe karịrị ọrụ genomics iri itoolu, ebe ihe mmetụta ya ruru 900.
●Nyocha bioinformatics zuru oke: ngwugwu nyocha ahụ nwere nyocha asatọ kachasị mkpa, na-enye ọnụọgụgụ ndị a haziri nke ọma maka ibipụta ma na-enye ohere maka nkọwa dị mfe nke nsonaazụ ahụ
●Ndị otu bioinformatics nwere nkà dị elu na usoro nyocha dị mkpirikpiSite na ahụmịhe dị ukwuu na nyocha genomics tụnyere, ndị otu BMKGene na-emezu ọtụtụ ihe achọrọ maka nyocha ahaziri iche n'ime obere oge mgbanwe
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị:Nkwa anyị na-agafe karịa imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ ahụ, enyemaka maka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Nkọwapụta Ọrụ
| Atụmatụ oge ntụgharị | Ọnụọgụ nke ụdị anụmanụ | Nyocha |
| Ụbọchị ọrụ 30 | 6 - 12 | Nchịkọta ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa Mgbasawanye na mkpụkọ ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa Ịrụpụta osisi phylogenetic Atụmatụ oge dị iche iche (Achọrọ nhazi fosil) Oge ntinye LTR (Maka osisi) Mbipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa zuru oke (Maka osisi) Nrụgide nhọrọ Nyocha Synteny |
Nyocha nke Bioinformatics
● Ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa
● Mkpụrụ ndụ ihe nketa
● Oge dị iche
● Nrụgide nhọrọ
● Nyocha Synteny
Ihe Nlereanya na Nnyefe
Ihe Nlereanya Dị Mkpa:
Anụ ahụ ma ọ bụ DNA maka nhazi na mgbakọ mkpụrụ ndụ ihe nketa
Maka anụ ahụ
| Ụdị anụmanụ | Anụ ahụ | Nnyocha | Pacbio CCS |
| Anụmanụ | Anụ ahụ visceral | ≥ 0.2 g | ≥ 1 g |
| Akwara anụ ahụ | |||
| Ọbara anụmanụ | ≥ 0.3 mL | ≥ 1 mL | |
| Ọbara ọkụkọ/Azụ | ≥ 0.05 mL | ≥ 0.1 mL | |
| ụmụ ahụhụ | ≥ 0.2 g | ≥ 1 g | |
| Osisi | Akwụkwọ ọhụrụ | ≥ 0.5 g | ≥ 2 g |
| Ihe ndị dị ndụ n'ime mmiri | Akwara anụ ahụ | ≥ 0.3 g | ≥ 1.5 g |
| Algae | ≥ 0.5 g | ≥ 3.0 g | |
| Mkpụrụ ndụ | Mkpụrụ ndụ a zụlitere | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Data
Faịlụ usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa (.fasta) na faịlụ nkọwa (.gff3) nke ụdị ndị metụtara ya nke ọma
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
*Nsonaazụ ngosi egosiri ebe a niile sitere na mkpụrụ ndụ ihe nketa ebipụtara na Biomarker Technologies
1. Atụmatụ oge ntinye LTR: Ọnụọgụ ahụ gosiri nkesa bimodal pụrụ iche na oge ntinye LTR-RTs na Weining rye genome, ma e jiri ya tụnyere ụdị ndị ọzọ. Oke kachasị ọhụrụ pụtara ihe dị ka afọ nde 0.5 gara aga.
Li Guang na ndị otu ya,Mkpụrụ ndụ ihe nketa okike, 2021
2. Nyocha ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa na mkpụrụ ndụ ihe nketa na chayote (Sechium edule): Site na inyocha chayote na ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa iri na atọ ndị ọzọ metụtara ya n'ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, a chọpụtara na Chayote nwere njikọ chiri anya na mkpụrụ ndụ ihe nketa agwọ (Trichosanthes anguina). Chayote sitere na mkpụrụ ndụ ihe nketa agwọ n'ihe dị ka 27-45 Mya na a hụrụ mmụba mkpụrụ ndụ ihe nketa dum (WGD) na chayote na 25±4 Mya, nke bụ ihe omume WGD nke atọ na cucuibitaceae.
Fu A na ndị otu ya,Nnyocha Ugbo, 2021
3. Nnyocha Synteny: A hụrụ ụfọdụ mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara phytohormones na mmepe mkpụrụ osisi na chayote, gourd agwọ na skwọsh. Mmekọrịta dị n'etiti chayote na skwọsh dị ntakịrị elu karịa nke dị n'etiti chayote na gourd agwọ.
Fu A na ndị otu ya,Nnyocha Ugbo, 2021
4.Nyocha ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa: Mmeju KEGG na mgbasawanye na mkpụkọ ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa na mkpụrụ ndụ ihe nketa G.thurberi na G.davidsonii gosiri na a gbasaara mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara steroid biosynthesis na brassinosteroid biosynthesis.
Yang Z na ndị otu ya,BMC Bayọlọji, 2021
5. Nnyocha nke mkpụrụ ndụ ihe nketa dum: Nyocha nkesa 4DTV na Ks gosiri ihe omume nke mkpụrụ ndụ ihe nketa dum. Ọnụ ọgụgụ kachasị elu nke ụdị dị iche iche gosiri ihe omume nke mkpụrụ ndụ ihe nketa. Ọnụ ọgụgụ kachasị elu nke ụdị dị iche iche gosiri ihe omume nke ụdị dị iche iche. Nyocha ahụ gosiri na atụnyere ụdị atọ ndị ọzọ nwere njikọ chiri anya, O. europaea gafere nnukwu mkpụrụ ndụ ihe nketa n'oge na-adịbeghị anya.
Rao G na ndị otu ya,Nnyocha Ugbo, 2021
BMK Case
Rose na-enweghị prickle: nghọta genomic jikọtara ya na mgbanwe mmiri
Ebipụtara: Nyocha Sayensị Mba, 2021
Usoro nhazi usoro:
'Basye'sEnweghị ogwu' (R.Wichurainan) mkpụrụ ndụ ihe nketa:
Ihe dị ka 93 X PacBio + ihe dị ka 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Nsonaazụ dị mkpa
1. E ji usoro nhazi ogologo oge e dere ogologo mepụta mkpụrụ ndụ ihe nketa R.wichuriana dị elu, nke na-enye mkpokọta nke 530.07 Mb (Atụmatụ nha mkpụrụ ndụ ihe nketa dị ihe dịka 525.9 Mb site na cytometry flow na 525.5 site na nyocha mkpụrụ ndụ ihe nketa; Heterozygosity dị ihe dịka 1.03%). Akara atụmatụ BUSCO bụ 93.9%. Ma e jiri ya tụnyere "Old blush" (haploOB), a kwadoro ịdị mma na izu oke nke mkpụrụ ndụ ihe nketa a site na izi ezi nke ntọala otu-isi na ndeksi nzukọ LTR (LAI=20.03). Mkpụrụ ndụ ihe nketa R.wichuriana nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa koodu protein 32,674.
2. Nnyocha nkwonkwo multi-omics, nke gụnyere genomics tụnyere, transcriptomics, nyocha QTL nke ọnụọgụ mkpụrụ ndụ ihe nketa, kpughere ụdị dị mkpa dị n'etiti R. wichuriaana na Rosa chinensis. Ọzọkwa, mgbanwe ngosipụta nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị metụtara ya na QTL nwere ike ịbụ njikọ na nhazi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa.
Nnyocha genomics tụnyere n'etiti Thornless nke Basye na Rosa chinensis, gụnyere nyocha synteny, mkpokọta ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, mmụba na nyocha mkpụmkpụ, gosiri ọtụtụ mgbanwe dị iche iche, nke metụtara àgwà dị mkpa na okooko osisi. Mgbasawanye pụrụ iche na ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa NAC na FAR1/FRS nwere ike ịbụ njikọ na iguzogide ntụpọ ojii.
Nyocha genomics atụnyere n'etiti BT na genom haploOB.
Zhong, M., na ndị ọzọ. “Rose na-enweghị prickle: nghọta genomic jikọtara ya na mgbanwe mmiri”Nyocha Sayensị Mba, 2021;, nwab092.
