Usoro metagenomic -NGS
Uru ọrụ
● Kewapụ na ịkọ ihe n'efu maka profaịlụ microbial obodo
● Mkpebi dị elu n'ịchọpụta ụdị dị ala na ihe atụ gburugburu ebe obibi
● Echiche nke "meta-" na-ejikọta ihe niile dị ndụ na ọkwa arụ ọrụ, ọkwa ụdị na ọkwa mkpụrụ ndụ ihe nketa, nke na-egosipụta echiche siri ike nke dị nso na eziokwu.
● BMK na-akwakọba ahụmahụ dị ukwuu n'ụdị nlele dị iche iche na-edozi ihe karịrị 10,000 samples.
Nkọwapụta ọrụ
| Platform | Usoro | Data akwadoro | Oge ntụgharị |
| Illumina NovaSeq Platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 ụbọchị ọrụ |
Nyocha bioinformatics
● Njikwa ogo data raw
● Mgbakọ metagenome
● Setịpụ mkpụrụ ndụ ihe nketa na nkọwapụta
● Nyocha ụdị dị iche iche
● Nyocha ụdị ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa
● Nyocha n'etiti otu
● Nyocha mkpakọrịta megide ihe nnwale
Ihe nlele chọrọ na nnyefe
Ihe atụ chọrọ:
MakaDNA wepụ:
| Ụdị Nlereanya | Ọnụ ego | Ntinye uche | Ịdị ọcha |
| DNA wepụ | 30 nng | 1 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Maka ihe atụ gburugburu ebe obibi:
| Ụdị ihe atụ | Usoro nlele akwadoro |
| Ala | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Ọ dị mkpa ka ewepụ ihe fọdụrụ akpọnwụ n'elu;Ghichaa nnukwu iberibe ma gafee nzacha 2 mm;Ihe nlele Aliquot na EP-tube ma ọ bụ cyrotube na-adịghị mma maka ndoputa. |
| Mpekere | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Chịkọta ma were ihe atụ na EP-tube ma ọ bụ cryotube na-adịghị mma maka ndoputa. |
| Ihe dị n'ime eriri afọ | Ekwesịrị ịhazi ihe nlele n'okpuru ọnọdụ aseptic.Jiri PBS saa anụ ahụ anakọtara;Centrifuge PBS ma kpokọta ihe na-asọpụta na EP-tube. |
| Sludge | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Chịkọta ma were ihe nlele sludge dị na EP-tube ma ọ bụ cryotube na-adịghị mma maka ndoputa |
| Mmiri mmiri | Maka ihe nlele nwere obere obere microbial, dị ka mmiri mgbata, mmiri olulu mmiri, wdg, Na-anakọta ma ọ dịkarịa ala mmiri 1 L wee gafee nzacha 0.22 μm iji mee ka microbial dị na akpụkpọ ahụ.Chekwaa akpụkpọ ahụ na tube na-adịghị mma. |
| Akpụkpọ anụ | Jiri nlezianya hichaa elu akpụkpọ ahụ site na iji swab na-adịghị mma ma ọ bụ agụba ịwa ahụ ma tinye ya na tube na-adịghị mma. |
Nnyefe nlele akwadoro
Debe ihe nlele ahụ na nitrogen mmiri mmiri maka awa 3-4 ma chekwaa na nitrogen mmiri mmiri ma ọ bụ -80 ogo na ndoputa ogologo oge.Achọrọ mbupu ihe atụ na ice-akọrọ.
Usoro ọrụ ọrụ
Nbufe ihe atụ
Ịrụ ụlọ akwụkwọ
Usoro
Nyocha data
Mgbe-ire ọrụ
1.Histogram: Nkesa ụdị
2.Functional mkpụrụ ndụ ihe nketa nkọwa na KEGG metabolic ụzọ
3.Heat map: Ọrụ dị iche iche dabere na ụbara mkpụrụ ndụ ihe nketa
4.Circos nke CARD ọgwụ mgbochi mkpụrụ ndụ ihe nketa
Okwu BMK
Ọganihu nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eguzogide ọgwụ na nje nje na-efe efe n'akụkụ ala-mangrove mgbọrọgwụ continuum
Ebipụtara:Akwụkwọ akụkọ nke ihe ndị dị ize ndụ, 2021
Atụmatụ usoro:
Akụrụngwa: Mwepụ DNA nke iberibe anọ nke mgbọrọgwụ mangrove metụtara sample: ala a na-akụghị, rhizosphere, episphere na akụkụ endosphere
Platform: Illumina HiSeq 2500
Ebumnuche: Metagenome
16S rRNA gene V3-V4 mpaghara
Nsonaazụ igodo
Metagenomic sequencing na metabarcoding profiling na ala-mgbọrọgwụ continuum nke mangrove saplings ka a haziri iji mụọ mgbasa nke nje na-eguzogide mkpụrụ ndụ ihe nketa (ARGs) site na ala banye osisi.Data metagenomic gosiri na 91.4% nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eguzogide ọgwụ bụ nke a na-amatakarị na mpaghara ala anọ niile a kpọtụrụ aha n'elu, nke gosipụtara ejiji na-aga n'ihu.Usoro amplicon 16S rRNA mepụtara usoro 29,285, na-anọchi anya ụdị 346.N'ijikọta na ụdị profiling site amplicon sequencing, a chọpụtara na mgbasa a na-anọghị na-enweghị mgbọrọgwụ-metụtara microbiota, Otú ọ dị, ọ nwere ike mfe site mobile nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ọcha.Ihe omumu a gosiputara uzo ARGs na nje oria site na ala banye n'ime osisi site na ala-mgbọrọgwụ continuum jikọrọ ọnụ.
Ntụaka
Wang, C., Hu, R., Ike, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Ọganihu nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eguzogide ọgwụ na nje nje na-efe efe n'akụkụ ala-mangrove mgbọrọgwụ continuum.Akwụkwọ akụkọ ihe ndị dị ize ndụ, 408, 124985.
