Usoro metagenomic (NGS)
Uru ọrụ
ØKewapụrụ na ịkụ ihe n'efu maka profaịlụ obodo microbial
ØMkpebi dị elu n'ịchọpụta ụdị dị ala na ihe atụ gburugburu ebe obibi
ØEchiche nke "meta-" na-ejikọta ihe niile dị ndụ na ọkwa ọrụ, ọkwa ụdị na ọkwa mkpụrụ ndụ ihe nketa, nke na-egosipụta echiche dị ike nke dị nso na eziokwu.
ØBMK na-akwakọba ahụmịhe dị ukwuu n'ụdị nlele dị iche iche yana ihe karịrị 10,000 emechara.
Nkọwapụta ọrụ
| UsoroPlatform | Ụlọ akwụkwọ | Mmụba data akwadoro | Atụmatụ ngbanwe oge |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tags | Ụbọchị 30 |
Nyocha bioinformatics
üNjikwa ogo data raw
üMgbakọ metagenome
üUsoro mkpụrụ ndụ ihe nketa na nkọwapụta
üNyocha ụdị dị iche iche
üNyocha ụdịdị ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa
üNyocha n'etiti otu
üNyocha nke otu megide ihe nnwale
Ihe nlele chọrọ na nnyefe
Ihe atụ chọrọ:
MakaDNA wepụ:
| Ụdị Nlereanya | Ọnụ ego | Ntinye uche | Ịdị ọcha |
| DNA wepụ | 30 nng | 1 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Maka ihe atụ gburugburu:
| Ụdị ihe atụ | Usoro nlele akwadoro |
| Ala | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Ọ dị mkpa ka e wepụ ihe fọdụrụ akpọnwụ n'elu;Ghichaa nnukwu iberibe ma gafee nzacha 2 mm;Ihe nlele Aliquot na EP-tube ma ọ bụ cyrotube na-adịghị mma maka ndoputa. |
| Mpekere | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Chịkọta ma were ihe atụ na EP-tube ma ọ bụ cryotube na-adịghị mma maka ndoputa. |
| Ihe dị n'ime eriri afọ | Ekwesịrị ịhazi ihe nlele n'okpuru ọnọdụ aseptic.Jiri PBS saa anụ ahụ anakọtara;Centrifuge PBS ma kpokọta ihe na-asọpụta na EP-tube. |
| Sludge | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Chịkọta ma were nlele sludge dị na EP-tube ma ọ bụ cryotube na-adịghị mma maka ndoputa |
| Mmiri mmiri | Maka ihe nlele nwere oke obere microbial, dị ka mgbata mmiri, mmiri olulu mmiri, wdg, Na-anakọta ma ọ dịkarịa ala mmiri 1 L wee gafee nzacha 0.22 μm iji mee ka microbial dị na akpụkpọ ahụ.Chekwaa akpụkpọ ahụ na tube na-adịghị mma. |
| Akpụkpọ anụ | Jiri nlezianya hichaa elu akpụkpọ ahụ site na iji swab na-adịghị mma ma ọ bụ agụba ịwa ahụ ma tinye ya na tube na-adịghị mma. |
Nnyefe nlele akwadoro
Kpochapụ ihe nlele ahụ na nitrogen mmiri mmiri maka awa 3-4 ma chekwaa na nitrogen mmiri mmiri ma ọ bụ -80 ogo na ndoputa ogologo oge.Achọrọ mbupu ihe atụ na ice-akọrọ.
Usoro ọrụ ọrụ
Nbufe ihe atụ
Ịrụ ụlọ akwụkwọ
Usoro
Nyocha data
Mgbe-ire ọrụ
1.Histogram: Nkesa ụdị
2.Functional mkpụrụ ndụ ihe nketa nkọwa na KEGG metabolic ụzọ
3.Heat map: Ọrụ dị iche iche dabere na ụbara mkpụrụ ndụ ihe nketa
4.Circos nke CARD ọgwụ mgbochi mkpụrụ ndụ ihe nketa
Okwu BMK
Ọganihu nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eguzogide ọgwụ na nje nje na-efe efe n'akụkụ ala-mangrove mgbọrọgwụ continuum
Ebipụtara:Akwụkwọ akụkọ nke ihe ndị dị ize ndụ, 2021
Atụmatụ usoro:
Akụrụngwa: Mwepụta DNA nke iberibe anọ nke mgbọrọgwụ mangrove metụtara sample: ala a na-akụghị ihe, rhizosphere, episphere na akụkụ endosphere.
Platform: Illumina HiSeq 2500
Ebumnuche: Metagenome
16S rRNA gene V3-V4 mpaghara
Nsonaazụ igodo
Metagenomic sequencing na metabarcoding profiling na ala-mgbọrọgwụ continuum nke mangrove saplings ka a haziri iji mụọ mgbasa nke nje na-eguzogide mkpụrụ ndụ ihe nketa (ARGs) site na ala banye osisi.Data metagenomic gosiri na 91.4% nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eguzogide ọgwụ bụ nke a na-amatakarị na mpaghara ala anọ niile a kpọtụrụ aha n'elu, nke gosipụtara ejiji na-aga n'ihu.Usoro amplicon 16S rRNA mepụtara usoro 29,285, na-anọchi anya ụdị 346.N'ijikọta na ụdị profiling site amplicon sequencing, a chọpụtara na mgbasa a na-anọghị na-enweghị mgbọrọgwụ-metụtara microbiota, Otú ọ dị, ọ nwere ike mfe site mobile nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ọcha.Ihe omumu a gosiputara uzo ARGs na nje oria site na ala banye n'ime osisi site na ala-mgbọrọgwụ continuum jikọrọ ọnụ.
Ntụaka
Wang, C., Hu, R., Ike, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Ọganihu nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eguzogide ọgwụ na nje nje na-efe efe n'akụkụ ala-mangrove mgbọrọgwụ continuum.Akwụkwọ akụkọ ihe ndị dị ize ndụ, 408, 124985.
