GENOME Ewolýusiýasy, PANGENOME
Pan-genom näme?
.Ygnalan subutnamalar, görnüşleriň dürli ştamlarynyň arasyndaky tapawudyň uludygyny görkezýär.Singleekeje genom, bir görnüşiň genetiki maglumatyny doly ele almak üçin ýeterlik däl.“Pan-genome” gözleginiň maksady, görnüşleriň has giňişleýin genom grafigini almak we üýtgeşiklikleriň has çuňňur we has giňişleýin gazylmagyna mümkinçilik berýän köp sanly ştamlaryň genom de-nowo ýygnagyny geçirmek arkaly häsiýetler we genetiki kodlaryň arasyndaky gatnaşyklary çözmekdir.
Pan-genom öwreniş tendensiýalary
1-nji surat Pan-genomyň neşir edilen gözleg işleriniň ugurlary.
Bellik: Surat, “Pan-genom” -yň “Tebigat, öýjük we ylym” seriýaly alsurnallarynda çap edilen makalalaryň atlaryny gözlemek üçin esasy söz hökmünde görkezilmeginiň netijesini görkezýär.
a.Birnäçe nusgadan okalýanlar salgylanmada deňleşdirilýär we birleşdirilmedikler roman bölümlerine jemlenýär.Bu roman mazmunyny asyl salgylanma yzygiderliligine goşmak bilen, pangenome salgylanmasy döredilip bilner.Bölünip bilinýän sebitler, ähli okalanlary pangenoma düzmek üçin kesgitlenýär.
b.Birnäçe goşundyly genomlaryň “De-nowo” ýygnanyşygy genomyň deňleşmegine çemeleşip bolýan genom sebitlerini kesgitlemäge mümkinçilik berýär.
c.Pan-genom grafigi, ähli genleriň deňleşdirilmeginden ýa-da bölünip berilýän sebitleriň wariant maglumatlaryny grafigiň üsti bilen özboluşly saklaýan de-nowo grafiki gurnama arkaly gurlup bilner.
Pan-genomy nädip gurmaly?
2-nji surat Pan-genom çemeleşmelerini deňeşdirmek1
a.Birnäçe nusgadan okalýanlar salgylanmada deňleşdirilýär we birleşdirilmedikler roman bölümlerine jemlenýär.Bu roman mazmunyny asyl salgylanma yzygiderliligine goşmak bilen, pangenome salgylanmasy döredilip bilner.Bölünip bilinýän sebitler, ähli okalanlary pangenoma düzmek üçin kesgitlenýär.
b.Birnäçe goşundyly genomlaryň “De-nowo” ýygnanyşygy genomyň deňleşmegine çemeleşip bolýan genom sebitlerini kesgitlemäge mümkinçilik berýär.
c.Pan-genom grafigi, ähli genleriň deňleşdirilmeginden ýa-da bölünip berilýän sebitleriň wariant maglumatlaryny grafigiň üsti bilen özboluşly saklaýan de-nowo grafiki gurnama arkaly gurlup bilner.
Recentlyakynda çap edilen Pan-genomlar
Pan Pan-genomlary zorlamak2
● Pomidor pan-genomlary 3
● Tüwi pan-genom4
● Günebakar Pan-genom5
● Soýa Pan-genomy 6
● Tüwi Pan-genomy7
● Arpa pan-genomy8
● Bugdaý Pan-genomy9
● Sorghum Pan-genomy10
Yt Fitoplankton Pan-genomy11
Salgylanma
1. “Bayer PE”, “Golicz AA”, “Scheben A”, “Batley J”, Edwards D. Ösümlik pan-genomlary täze salgylanma.Nat ösümlikleri.2020; 6 (8): 914-920.doi: 10.1038 / s41477-020-0733-0
2. JM aýdymy, Guan Z, Hu J we ş.m.Sekiz sany ýokary hilli gen, “Brassica napus” -yň pan-gen arhitekturasyny we ekotip tapawudyny açýar.Nat ösümlikleri.2020; 6 (1): 34-45.doi: 10.1038 / s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Gün H we ş.m.Pomidor pan-genomy täze genleri we miwäniň tagamyny kadalaşdyrýan seýrek allele açýar.Nat Genet.2019; 51 (6): 1044-1051.doi: 10.1038 / s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H we ş.m.Pan-genom seljermesi ösdürip ýetişdirilen we ýabany tüwiniň genom üýtgemeleriniň derejesini görkezýär [neşir edilen düzediş Nat Genet-de peýda bolýar.2018 Awgust; 50 (8): 1196].Nat Genet.2018; 50 (2): 278-284.doi: 10.1038 / s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Berkowiç N, Todesko M we ş.m.Günebakar pan-genom seljermesi gibridleşdirmegiň gen düzümini we kesele garşy durnuklylygy üýtgedendigini görkezýär.Nat ösümlikleri.2019; 5 (1): 54-62.doi: 10.1038 / s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P we ş.m.Wildabany we ösdürilip ýetişdirilen soýa önümleriniň pan-genomy.Öýjük.2020; 182 (1): 162-176.e13.doi: 10.1016 / j.cell.2020.05.023
7. Çin P, Lu H, Du H we ş.m.Genetiki taýdan dürli-dürli bolan tüwi goşundylarynyň 33-siniň pan-genom seljermesi gizlin genom üýtgeşmelerini ýüze çykarýar [2021-nji ýylyň 25-nji maýynda çap edilmezden öň onlaýn neşir edilýär].Öýjük.2021; S0092-8674 (21) 00581-X.doi: 10.1016 / j.cell.2021.04.046
8. Jaýakodi M, Padmarasu S, Haberer G we ş.m.Arpa pan-genomy mutasiýa köpeltmegiň gizlin mirasyny açýar.Tebigat.2020; 588 (7837): 284-289.doi: 10.1038 / s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C we ş.m.Birnäçe bugdaý genomy häzirki zaman tohumçylykda global üýtgeşikligi ýüze çykarýar.Tebigat.2020; 588 (7837): 277-283.doi: 10.1038 / s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J we ş.m.Ekilýän we ýabany mekgejöweniň pan-genomynda giň üýtgeşiklik [2021-nji ýylyň 20-nji maýynda çapdan öň onlaýn neşir edildi].Nat ösümlikleri.2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038 / s41477-021-00925-x
11. Janköýer X, Qiu H, Han W we ş.m.Fitoplankton pangenomy dürli funksiýalaryň giň prokaryotik gorizontal gen geçirişini açýar.Ylym2020; 6 (18): eaba0111.2020-nji ýylyň 29-njy aprelinde çap edildi. Doi: 10.1126 / sciadv.aba0111
Iş wagty: -anwar-04-2022