גענאָם עוואָלוציע
נאַטור דזשאַנעטיקס
א הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג כיילייץ קאָרן גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס און אַגראָנאָמיקאַללי וויכטיק גענעס
PacBio |Illumina |ביאָנאַנאָ אָפּטיש מאַפּע |הי-C גענאָמע אַסעמבלי |גענעטיק מאַפּע |סעלעקטיוו סוויפּס |רנאַ-סעק |ISO-seq |SLAF-seq
Biomarker Technologies צוגעשטעלט טעכניש שטיצן פֿאַר Pacbio סיקוואַנסינג, Hi-C סיקוואַנסינג און דאַטן אַנאַליסיס אין דעם לערנען.
כיילייץ
1.דער ערשטער טשראָמאָסאָם-מדרגה הויך קוואַליטעט ריי גענאָמע איז באקומען, וואָס האט אַ איין כראָמאָסאָם גרייס גרעסער ווי 1 גיגאבייט.
2.קאַמפּערד צו טו, אַעט און הוו גענאָמע, אַ יינציק פריש LTR-RT געשעענישן איז באמערקט אין ריי גענאָמע, וואָס איז געווען פאַראַנטוואָרטלעך פֿאַר די פאַרלענגערונג פון די קאָרן גענאָמע גרייס.
3. די דיווערדזשאַנס צווישן קאָרן און דיפּלאָיד ווייץ איז געווען נאָך די צעשיידונג פון גערשטן פון ווייץ, מיט די דיווערדזשאַנס צייט פֿאַר די צוויי געשעענישן זענען בעערעך 9.6 און 15 MYA.
FT גענעס פאָספאָרילאַטיאָן קען קאָנטראָלירן די פרי כעדינג טרייט אין קאָרן.
4. סעלעקטיוו ויסקערן אַנאַליסיס אָנווייַזן מעגלעך ינוואַלוומאַנט פון ScID1 אין די רעגולירן פון כעדינג דאַטע און זיין פּראַבאַבאַל סעלעקציע דורך דאַמעסטאַקיישאַן אין קאָרן
הינטערגרונט
הינטערגרונט
קאָרן איז אַ ווערטפול עסנוואַרג און פאָראַגע גערעטעניש, אַ וויכטיק גענעטיק מיטל פֿאַר פֿאַרבעסערונג פון ווייץ און טריטיקאַל, און אַ ינדיספּענסאַבאַל מאַטעריאַל פֿאַר עפעקטיוו קאָמפּאַראַטיווע גענאָמיקס שטודיום אין גראַסאַז.וויינינג קאָרן, אַ פרי פלאַוערינג פאַרשיידנקייַט קאַלטאַווייטאַד אין טשיינאַ, איז בוילעט ווייַל פון זייַן ברייט-ספּעקטרום קעגנשטעל צו ביידע פּאַודערי שימל און פּאַס זשאַווער.צו פֿאַרשטיין די גענעטיק און מאָלעקולאַר יקער פון קאָרן עליט טרייץ און צו העכערן די גענאָמיק און ברידינג שטודיום אין קאָרן און פֿאַרבונדענע קראַפּס, מיר דאָ סיקוואַנס און אַנאַלייזד די גענאָמע פון וויינינג קאָרן.
דערגרייכונגען
ריי גענאָמע
די ריי גענאָמע איז קאַנסטראַקטאַד דורך קאָומינג PacBio SMRT לייענט, קורץ-לייענען Illumina סיקוואַנסינג, ווי געזונט ווי די פֿון קראָומאַטין קאַנפאָרמיישאַן כאַפּן (Hi-C), גענעטיק מאַפּינג און BioNano אַנאַליסיס.די פארזאמלט קאָנטיגס (7.74 גיגאבייט) אַקאַונאַד פֿאַר 98.47% פון די עסטימאַטעד גענאָמע גרייס (7.86 גיגאבייט), מיט 93.67% פון די קאָנטיגס (7.25 גיגאבייט) אַסיינד צו זיבן טשראָמאָסאָומז.ריפּעטיטיוו עלעמענטן קאַנסטאַטוטאַד 90.31% פון די אַסעמבאַלד גענאָמע.
ריי גענאָמע
גענעטיק לינגקאַדזש מאַפּע (WJ) דעוועלאָפּעד מיט 295 פ 2 געוויקסן דערייווד פון די אַריבער פון צוויי קאָרן לאַנדראַסעס (Weining × Jingzhou)
Hi-C קאָנטאַקט מאַפּע פון די זיבן פארזאמלט וויינינג קאָרן טשראָמאָסאָמעס (1ר - 7ר)
אַליינמאַנט צווישן די זיבן אַסעמבאַלד טשראָמאָסאָומז פון וויינינג קאָרן און די זיבן קאָרן לינגקאַדזש גרופּעס דעוועלאָפּעד מיט Lo7 x Lo255 RIL באַפעלקערונג
די LTR אַסעמבלי אינדעקס (LAI) ווערט פון די קאָרן גענאָמע איז געפונען צו זיין 18.42 און 1,393 (96.74%) פון די 1,440 העכסט קאַנסערווד בוסקאָ גענעס זענען יידענאַפייד. די רעזולטאַטן פֿאָרשלאָגן אַז די וויינינג קאָרן גענאָמע סיקוואַנס איז פון הויך קוואַליטעט אין ביידע ינטערגעניק און געניק געגנטן.א גאַנץ פון 86,991 פּראָטעין-קאָדינג גענעס, אַרייַנגערעכנט 45,596 הויך-בטחון (HC) גענעס און 41,395 נידעריק-בטחון גענעס (LC) גענעס זענען פּרעדיקטעד.
2. אַנאַליסיס פון טע
אַנאַליסיס פון TES.א גאַנץ פון 6.99 גיגאבייט, רעפּריזענטינג 90.31% פון וויינינג פֿאַרזאַמלונג, איז געווען אַנאַטייטיד ווי טע, וואָס אַרייַנגערעכנט 2,671,941 עלעמענטן וואָס געהערן צו 537 משפחות.דער TE אינהאַלט איז געווען קלאר העכער ווי די פריער געמאלדן פֿאַר טאַ (84.70%), טו (81.42%), אַעט (84.40%), WEW (82.20%), אָדער הוו (80.80%).די לאַנג וואָקזאַל איבערחזרן רעטראָטראַנספּאָסאָנס (LTR-RTs), אַרייַנגערעכנט ציגייַנער, קאָפּיאַ און אַנקלאַססיפיעד רט עלעמענטן, זענען די דאָמינאַנט טע, און 1 האָבן 84.49% פון אַנאַטייטיד טע אינהאַלט און 76.29% פון פארזאמלט וויינינג גענאָמע;CACTA DNA טראַנספּאָסאָנס זענען די צווייט מערסט שעפעדיק טע, קאַנסטאַטוטאַד 11.68% פון אַנאַטייטיד טע אינהאַלט און 10.55% פון פארזאמלט וויינינג גענאָמע.
אַנאַליסיס פון טראַנספּאָסאָן עלעמענטן פון קאָרן
וויינינג קאָרן האט אַ קאַמפּעראַטיוולי הויך פּראָפּאָרציע פון פריש ינסערשאַנז פון LTR-RTs מיט די שפּיץ פון אַמפּלאַפאַקיישאַן ארויס אַרום 0.5 מיליאָן יאר צוריק (מיאַ), וואָס איז געווען די מערסט פריש צווישן די פיר מינים;די אנדערע שפּיץ, פארגעקומען בעערעך 1.7 MYA, איז געווען עלטער און אויך געזען אין גערשטן.אויף סופּערפאַמילי מדרגה, זייער פריש פּלאַצן פון Copia עלעמענטן אין Weining קאָרן ביי 0.3 MYA איז געפֿונען געוואָרן, בשעת די אַמפּלאַפאַקיישאַנז פון ציגייַנער RTs דאַמאַנאַנטלי שייפּט די ביימאָדאַל פאַרשפּרייטונג מוסטער פון LTR-RT פּלאַצן דינאַמיק.
3. ויספאָרשונג פון קאָרן גענאָמע עוואָלוציע און כראָמאָסאָם סינטעניס
די דיווערדזשאַנס צווישן קאָרן און דיפּלאָיד ווייץ איז געווען נאָך די צעשיידונג פון גערשטן פון ווייץ, מיט די דיווערדזשאַנס צייט פֿאַר די צוויי געשעענישן ריספּעקטיוולי בעערעך 9.6 און 15 MYA.1R, 2R, 3R זענען גאָר קאַלינעאַר מיט גרופּעס 1, 2 און 3 טשראָמאָסאָומז פון ווייץ, ריספּעקטיוולי.4ר, 5ר, 6ר, 7ר זענען געפונען יגזיסץ גרויס-וואָג פיוזשאַנז און סעגמאַנץ.
4. אַנאַליסיס פון דזשין דופּליקיישאַנז און זייער פּראַל אויף קראָכמאַל ביאָסינטהעסיס גענעס
נאָוטאַבלי, די נומער פון טאַנדאַמלי דופּליקייטיד גענעס (TDGs) און פּראַקסימאַל דופּליקייטיד גענעס (PDGs) פון Weining קאָרן זענען ביידע העכער ווי די געפֿונען פֿאַר Tu, Aet, Hv, Bd און Os.טראַנספּאָסעד דופּליקייטיד גענעס (טרדגס) זענען אויך מער סך ווי די ספּאַסיפיקלי געפֿונען פֿאַר טו און אַעט.קאָרן גענאָמע יקספּאַנשאַן איז באגלייט דורך העכער נומערן פון דזשין דופּליקיישאַנז.די געוואקסן TE פּלאַצן אין קאָרן קען האָבן געפֿירט צו אַ עלעוואַטעד נומער פון TrDGs.
עוואָלוטיאָנאַרי און כראָמאָסאָם סינטעני אַנאַליזעס פון קאָרן גענאָמע
אַנאַליסיס פון קאָרן דזשין דופּליקיישאַנז און זייער פּראַל אויף די דייווערסיטיעס פון קראָכמאַל ביאָסינטהעסיס פֿאַרבונדענע גענעס (SBRGs)
5. דיססעקשאַן פון קאָרן זוימען סטאָרידזש פּראָטעין (SSP) דזשין לאָקי
פיר כראָמאָסאָמאַל לאָסי (סעק-1 צו סעק-4) ספּעציפיצירן קאָרן סספּס זענען יידענאַפייד אויף 1R אָדער 2R.α-גליאַדין גענעס זענען יוואַלווד בלויז לעצטנס אין ווייץ און ענג פֿאַרבונדענע מינים נאָך די דיווערדזשאַנס פון ווייץ פון קאָרן.
6. דורכקוק פון טראַנסקריפּציע פאַקטאָר (טף) און קרענק קעגנשטעל גענעס
אַנאַליסיס פון קאָרן סעקאַלין לאָקי
וויינינג קאָרן האט מער פילע קרענק קעגנשטעל פֿאַרבונדן (DRA) גענעס (1,989, סופּפּלעמענטאַרי דאַטאַ 3) ווי טו (1,621), אַעט (1,758), הוו (1,508), בד (1,178), אָס (1,575), און די א (1,836) ), ב (1,728) און ד (1,888) סובגענאָמעס פון פּראָסט ווייץ.
7. ויספאָרשונג פון דזשין אויסדרוק פֿעיִקייטן פארבונדן מיט פרי כעדינג טרייט
צוויי FT גענעס מיט לעפיערעך הויך אויסדרוק אונטער לאַנג טאָג טנאָים, ScFT1 און ScFT2, זענען אַנאַטייטיד אין וויינינג גענאָמע פֿאַרזאַמלונג.צוויי אַמינאָ זויער רעזאַדוז פון ScFT2 (S76 און T132) פאָספאָרילאַטיאָן זענען געפֿונען אַ שייכות מיט לאָוערינג צייט קאָנטראָל
דעוועלאָפּמענטאַל און דזשין אויסדרוק פֿעיִקייטן פֿאַרבונדן מיט די פרי כעדינג טרייט פון וויינינג קאָרן
8. מיינינג פון טשראָמאָסאָמאַל מקומות און לאָסי פּאַטענטשאַלי ינוואַלווד אין קאָרן דאַמעסטאַקיישאַן
א גאַנץ פון 123,647 סנפּס זענען געניצט צו דורכפירן סעליוויוו ויסקערן אַנאַליסיס צווישן קאַלטאַווייטאַד קאָרן און S. vavilovii.11 סעלעקטיוו ויסקערן סיגנאַלז יידענאַפייד דורך רעדוקציע אינדעקס (DRI), פיקסיישאַן אינדעקס (FST) און XP-CLR אופֿן.ScID1 איז געפונען מעגלעך ינוואַלוומאַנט אין די רעגולירן פון כעדינג דאַטע.
לעגיטימאַציע און אַנאַליסיס פון טשראָמאָסאָמאַל מקומות און לאָקי פּאַטענטשאַלי שייַכות צו קאָרן דאָמעסטיקאַטיאָן
רעפערענץ
לי גוו עט על.א הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג כיילייץ קאָרן גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס און אַגראָנאָמיקאַללי וויכטיק גענעס.נאַטור גענעטיקס (2021)
נייַעס און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט Biomarker Technologies, קאַפּטשערינג ראָמאַן וויסנשאפטלעכע דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס געווענדט בעשאַס די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-05-2022