TE KUPURANGA GENOME
ira taiao
Ko tetahi huihuinga ira-kounga teitei e whakaatu ana i nga ahuatanga ira ira rai me nga ira nui agronomically
PacBio |Maramarama |Bionano Optical Map |Hi-C Genome Assembly |Mahere Ira |Whiriwhiria nga Wetewete |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-seq
Ko nga Hangarau Biomarker i whakarato tautoko hangarau mo te raupapa Pacbio, te raupapa Hi-C me te tātari raraunga i roto i tenei rangahau.
Nga mea nui
1.Ko te tuatahi o te chromosomal-level high quality Rye genome i whiwhi, he kotahi te rahi o te chromosomal nui ake i te 1 Gb.
2. Ka whakatauritea ki a Tu, Aet me Hv genome, he kaupapa ahurei LTR-RT i kitea i roto i te genome Rye, nana nei te kawenga mo te toronga o te rahi o te rai ira.
3. I puta te rereketanga i waenga i te rai me te witi diploid i muri i te wehenga o te parei mai i te witi, ko nga wa rereke mo nga huihuinga e rua ko te 9.6 me te 15 MYA.
Ka taea e te FT ira phosphorylation te whakahaere i te ahua o te upoko o te rai.
4. Ko te tātaritanga sweep e tohu ana ka uru pea a ScID1 ki te ture mo te ra o te upoko me tona kowhiringa pea ma te kainga i te rai.
Papamuri
Papamuri
Ko te rai he kai nui me te hua parai, he rauemi ira nui mo te whakapai ake i te witi me te triticale, me te mea tino nui mo te pai o nga rangahau ira tangata i roto i nga tarutaru.Ko te weining rai, he momo puāwaitanga moata i whakatipuhia ki Haina, he tino pai na te kaha o te atete ki te paura koriri me te waikura whiu.Kia mohio ai matou ki te takenga ira me te irapoo o nga ahuatanga rangatira o te rai me te whakatairanga i nga rangahau ira me te whakatipu uri i roto i te rai me nga hua e pa ana, i konei ka whakaraupapahia, ka tātarihia e matou te ira o te rai Weining.
Paetae
Rai Genome
I hangaia te ira o Rye ma te heru i nga panui PacBio SMRT, te raupapa Illumina poto-panui, me era mai i te hopu hangahanga chromatin (Hi-C), te mapi ira, me te tātari BioNano.Ko nga contigs kua huihuia (7.74 Gb) e 98.47% o te rahi o te genome (7.86 Gb), me te 93.67% o nga contigs (7.25 Gb) kua tohua ki nga chromosomes e whitu.Ko nga huānga tukurua te 90.31% o te ira irahui.
Rai Genome
Mahere hononga ira (WJ) i whakawhanakehia ma te whakamahi i nga tipu 295 F2 i ahu mai i te whakawhiti o nga whenua rai e rua (Weining × Jingzhou)
Mapi whakapiri Hi-C o nga chromosomes Weining rai e whitu kua huihuia (1R – 7R)
Ko te whakahāngaitanga i waenga i nga chromosomes e whitu o Weining rai me nga roopu hononga rai e whitu i whakawhanakehia ma te whakamahi i te taupori Lo7 x Lo255 RIL
Ko te uara o te LTR Assembly Index (LAI) o te Rye genome i kitea ko 18.42 me te 1,393 (96.74%) o nga ira BUSCO e 1,440 kua tino tiakina .Ko enei hua e whakaatu ana he kounga teitei te raupapa ira rai Weining i roto i nga waahanga e rua. me nga rohe ira.E 86,991 nga ira-whakawaehere pūmua, tae atu ki te 45,596 nga ira teitei (HC) me te 41,395 nga ira iti-maia (LC) i tohuhia.
2. Tātaritanga o TE
Te tātaritanga o TE.He 6.99 Gb te katoa, e tohu ana i te 90.31% o te huihuinga Weining, i tohuhia hei TE, e 2,671,941 nga huānga no nga whanau 537.Ko tenei ihirangi TE i tino nui ake i tera i korerohia i mua mo Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%), Hv (80.80%) ranei.Ko nga retrotransposon tuarua (LTR-RTs), tae atu ki te Gypsy, Copia me nga huānga RT kore i whakaingoatia, ko nga TE tino nui, me te 84.49% o nga ihirangi TE kua tohua me te 76.29% o te ira o Weining kua huihuia;Ko nga transposon DNA CACTA te tuarua o nga TE tino nui, ko te 11.68% o te ihirangi TE tohu me te 10.55% o te ira ira Weining kua huihuia.
Te tātari i nga huānga transposon o te rai
He nui te wahanga o te weining rai o nga whakaurunga hou o nga LTR-RT me te tihi o te whakanui i puta i te 0.5 miriona tau ki muri (MYA), ko te mea hou rawa atu i roto i nga momo e wha;ko tetahi atu tihi, tata ki te 1.7 MYA, he pakeke ake, ka kitea ano i te parei.I te taumata o te whanau, ko nga pakarutanga o nga huānga Copia i roto i te rai Weining i te 0.3 MYA i kitea, ko nga whakakaha o nga Gypsy RTs i tino hanga i te tauira tohanga takirua o te kaha pakaru LTR-RT.
3. Te whakatewhatewha i te kukuwhatanga ira momo rai me te whakahiato ira
I puta te rereketanga i waenga i te rai me te witi diploid i muri i te wehenga o te parei mai i te witi, ko nga wa rereke mo nga huihuinga e rua ko te 9.6 me te 15 MYA, ia.Ko te 1R, 2R, 3R he hono katoa me nga roopu 1, 2 me te 3 o te chromosomes o te witi.Ko te 4R, 5R, 6R, 7R i kitea he whakakotahitanga nui me nga waahanga.
4. Te tātaritanga o nga taarua ira me te paanga ki nga ira koiora maaka
Otirā, he nui ake te maha o nga ira ira taarua (TDG) me nga ira taarua (PDG) o te rai Weining i era i kitea mo Tu, Aet, Hv, Bd me Os.He maha ake ano nga ira taarua kua whakawhitia (TrDGs) i era i kitea mo Tu me Aet.Ko te roha o te ira rai ka haere tahi me te maha ake o nga taarua ira.Ko te pikinga o te pakaru o te TE i te rai kua piki ake pea te maha o nga TrDG.
Te kunenga me te chromosome synteny tātaritanga o te rai genome
Te tātaritanga o nga taarua ira rai me o raatau paanga ki nga kanorau o nga ira e pa ana ki te koiora maaro (SBRG)
5. Te wehewehenga o te waahi ira ira ira purapura rai (SSP).
E wha nga waahi chromosomal (Sec-1 ki te Sec-4) e tohu ana i nga SSP rai kua tohua i runga i te 1R, 2R ranei.No tata nei nga ira α-gliadin i tipu i roto i te witi me nga momo tata i muri i te rerekeetanga o te witi me te rai.
6. Te tirotiro i te tauwehe whakawhiti (TF) me nga ira aukati mate
Te tātaritanga o te rai secalin loci
He maha ake nga ira a te weining rai (DRA) (1,989, Raraunga Tāpiri 3) i a Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575), me te A (1,836). ), B (1,728) me D (1,888) subgenomes o te witi noa.
7. Te whakatewhatewha i nga ahuatanga whakaputa ira e pa ana ki te ahuatanga o te upoko
E rua nga ira FT me te ahua teitei o te korero i raro i nga ahuatanga o te ra roa, ScFT1 me ScFT2, i tuhia ki te huihuinga genome Weining.E rua nga toenga waikawa amino o ScFT2 (S76 me T132) phosphorylation i kitea he hononga me te whakaheke i te wa.
Ko nga ahuatanga whanaketanga me nga whakaaturanga ira e hono ana ki te ahua o te upoko o te rai Weining rai
8. Te keri o nga rohe chromosomal me nga waahi ka uru pea ki te mahi kainga rai
He 123,647 nga SNP i whakamahia ki te whakahaere i te wetewete o te sweep i waenga i te rai whakatipu me te S. vavilovii.11 nga tohu tahia kua tohua e te taupū whakaheke (DRI), te taupū whakatika (FST) me te tikanga XP-CLR.I kitea te whai waahi a ScID1 ki te whakaritenga o te ra whakaupoko.
Te tautuhi me te tātaritanga o nga rohe chromosomal me te waahi e pa ana ki te kainga rai
Tohutoro
Li GW et al.Ko tetahi huihuinga ira-kounga teitei e whakaatu ana i nga ahuatanga ira ira rai me nga ira nui agronomically.Nature Genetics (2021)
Nga korero me nga mea nui Ko te whainga ki te tiri i nga keehi angitu hou me Biomarker Technologies, te hopu i nga whakatutukitanga putaiao hou me nga tikanga rongonui i whakamahia i te wa o te ako.
Wā tuku: Hānuere-05-2022