GENOME EVOLUTION
natura genetics
O se fa'apotopotoga genome maualuga e fa'amanino ai uiga fa'agenomic rye ma kenera taua tele
PacBio |Ilumina |Bionano Optical Map |Hi-C Genome Assembly |Fa'afanua Genetic |Salu Filifilia |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-seq
Biomarker Technologies na tuʻuina atu le lagolago faʻapitoa ile Pacbio sequencing, Hi-C sequencing ma faʻamaumauga faʻamaumauga i lenei suʻesuʻega.
Fa'ailoga
1. Na maua muamua le chromosomal-level high quality Rye genome, lea e tasi le tele o le chromosome e sili atu nai lo le 1 Gb.
2. Faʻatusatusa i Tu, Aet ma Hv genome, o se mea faʻapitoa LTR-RT talu ai nei na matauina i le Rye genome, lea na nafa ma le faʻalauteleina o le tele o le rye genome.
3. O le eseesega i le va o le rai ma le diploid saito na tupu ina ua mavae le vavaeeseina o karite mai le saito, faatasi ai ma taimi eseese mo mea e lua e tusa ma le 9.6 ma le 15 MYA.
FT genes phosphorylation e mafai ona pulea le uiga muamua i le rye.
4. Su'esu'ega salu filifilia e fa'ailoa mai ai le a'afia o le ScID1 i le fa'atonutonuina o le aso fa'aulutala ma lona fa'amoemoe e filifilia e ala ile fa'ato'aga ile rai.
Talaaga
Talaaga
O le Rye o se mea'ai taua ma fuala'au fa'ato'aga, o se puna'oa taua tele mo le fa'aleleia atili o saito ma triticale, ma o se mea e mana'omia mo su'esu'ega genomics lelei fa'atusatusa i mutia.Weining rye, o se ituaiga fuga vave na totoina i Saina, e mataʻina ona o le lautele o alaleo e tetee atu ai i le paʻu paʻu ma le ele.Ina ia malamalama i le faʻavae ma le mole mole o uiga maualuga o le rye ma faʻalauteleina le suʻesuʻega o le genomic ma le faʻatupuina o suʻesuʻega i le rai ma fua faʻatatau, matou te faʻavasegaina ma suʻesuʻeina le genome o Weining rye.
Ausia
Rye Genome
O le Rye genome na fausia e ala i le faʻapipiʻiina o PacBio SMRT faitau, faʻasologa o le Illumina puʻupuʻu, faʻapea foʻi ma i latou mai le chromatin conformation capture (Hi-C), faʻafanua faʻasologa, ma suʻesuʻega BioNano.O contigs faʻapipiʻi (7.74 Gb) e tusa ma le 98.47% o le tele o le genome (7.86 Gb), faʻatasi ai ma le 93.67% o contigs (7.25 Gb) na tuʻuina atu i chromosomes e fitu.O elemene toe fai e aofia ai le 90.31% o le genome ua tuufaatasia.
Rye Genome
Fa'afanua feso'ota'iga fa'a-genetic (WJ) na fa'atupuina i le fa'aaogaina o la'au 295 F2 na maua mai i le laasia o laula'au rai e lua (Weining × Jingzhou)
Fa'afanua fa'afeso'ota'i Hi-C o chromosomes e fitu ua fa'apotopotoina Weining rye (1R - 7R)
Fa'asologa i le va o chromosomes e fitu o lo'o fa'apotopotoina o Weining rye ma vaega fa'afeso'ota'i e fitu na fa'atupuina e fa'aaoga ai le faitau aofa'i o Lo7 x Lo255 RIL.
O le LTR Assembly Index (LAI) o le Rye genome na maua i le 18.42 ma le 1,393 (96.74%) o le 1,440 sili ona fa'asaoina BUSCO genes na fa'ailoa mai. ma itulagi genic.E tusa ma le 86,991 genes-coding genes, e aofia ai le 45,596 high-confidence (HC) genes ma 41,395 low-confidence genes (LC) genes na valoia.
2. Iloiloga o TEs
Iloiloga o TE.O le aofaʻi o 6.99 Gb, e fai ma sui o le 90.31% o le faʻapotopotoga a Weining, na faʻamatalaina o TE, lea e aofia ai elemene 2,671,941 e aofia ai le 537 aiga.O lenei mataupu TE na manino le maualuga nai lo le lipoti muamua mo Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%), poʻo Hv (80.80%).O le umi toe toe fai retrotransposons (LTR-RTs), e aofia ai Gypsy, Copia ma elemene RT unclassified, o TEs sili, ma 1ccupied 84.49% o anotusi TE anotusi ma 76.29 % o assembled Weining genome;O le CACTA DNA transposons o le TEs lona lua sili ona tele, e aofia ai le 11.68% o faʻamatalaga TE anotusi ma le 10.55% o le Genom Weining ua faʻapotopotoina.
Iloiloga o elemene transposon o le rye
Weining rye sa i ai se fa'atusatusaga maualuga o fa'aofiina lata mai o LTR-RTs fa'atasi ai ma le pito i luga o le fa'alauteleina na fa'aalia i le 0.5 miliona tausaga talu ai (MYA), lea na sili ona lata mai i totonu o ituaiga e fa;o le isi tumutumu, e tusa ma le 1.7 MYA, sa matua ma vaaia foi i le karite.I le tulaga maualuga o le aiga, na maua ai le pa'u lata mai o elemene Copia i Weining rye i le 0.3 MYA, ae o le fa'alauteleina o le Gypsy RTs na matua fa'avasegaina ai le fa'asologa o le tufatufaina atu o le LTR-RT fa'amalosi malosi.
3. Su'esu'ega o le fa'atupuina o le genome rye ma fa'atasiga o chromosome
O le eseesega i le va o le rai ma le diploid saito na tupu ina ua mavae le tuueseeseina o karite mai le saito, faatasi ai ma taimi eseese mo mea e lua e tusa ma le 9.6 ma le 15 MYA.1R, 2R, 3R sa fa'atasi uma ma vaega 1, 2 ma le 3 chromosomes o saito, fa'asologa.4R, 5R, 6R, 7R na maua o loʻo iai faʻatasiga tetele ma vaega.
4. Su'esu'ega o fa'asologa o kenera ma lo latou a'afiaga i kenera biosynthesis masoa
E mata'ina, o le aofa'i o genes fa'alua fa'alua (TDGs) ma genes fa'alua fa'alatalata (PDGs) o Weining rye na maualuga uma nai lo na maua mo Tu, Aet, Hv, Bd ma Os.Ua sili atu fo'i le tele o kenera ua fa'aliliuina fa'alua (TrDGs) nai lo na na maua fa'apitoa mo Tu ma Aet.O le faʻalauteleina o le genome Rye e faʻatasi ma le maualuga o numera o faʻasologa o gene.O le fa'ateleina o le pa'u o le TE i le rye atonu na mafua ai le maualuga o TrDGs.
Evolutionary ma chromosome synteny su'esu'ega o le genome rye
Su'esu'ega o le fa'aluaina o ga'o rai ma lo latou a'afiaga i le 'ese'esega o kenera e feso'ota'i ma le biosynthesis (SBRGs)
5. Fa'a'ese'esega o le porotini e teu ai fatu o le rye (SSP) gene loci
E fa chromosomal loci (Sec-1 i le Sec-4) o loʻo faʻamaonia ai SSP rai ua faʻamaonia ile 1R poʻo le 2R.α-gliadin genes na faatoa tutupu talu ai nei i saito ma ituaiga vavalalata vavalalata ina ua uma le eseesega o saito mai le rai.
6. Su'esu'ega o le transcription factor (TF) ma kenera fa'ama'i
Iloiloga o le rye secalin loci
Weining rye e sili atu le tele o faʻamaʻi e fesoʻotaʻi (DRA) genes (1,989, Faʻamatalaga Faʻaopoopo 3) nai lo Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575), ma le A (1,836). ), B (1,728) ma le D (1,888) subgenomes o saito masani.
7. Su'esu'ega o uiga fa'aalia o kenera e feso'ota'i ma uiga fa'aulutala muamua
E lua FT genes ma faʻamatalaga maualuga i lalo o tulaga o aso uumi, ScFT1 ma ScFT2, na faʻamatalaina i le Weining genome assembly.E lua toega amino acid o le ScFT2 (S76 ma le T132) phosphorylation na maua le sootaga ma le faʻaititia o le taimi.
Atina'e ma fa'aaliga fa'aaliga e feso'ota'i ma uiga fa'aulutala muamua o Weining rye
8. La'ina o vaega ole chromosomal ma nofoaga e ono a'afia ile fa'ato'aga o le rai
E tusa ma le 123,647 SNPs sa fa'aogaina e fa'atautaia ai su'esu'ega salu fa'apitoa i le va o le rai totō ma le S. vavilovii.11 fa'ailoga salu filifilia e fa'ailoa mai ile fa'aitiitiga fa'amaufa'ailoga (DRI), fa'amautu fa'asinomaga (FST) ma le XP-CLR metotia.Na maua le ScID1 e mafai ona a'afia i le fa'atonutonuina o le aso fa'aulutala.
Fa'ailoaina ma au'ili'iliga o vaega o le chromosomal ma loci e ono feso'ota'i ma le fa'afaleina o le rai
Fa'asinomaga
Li GW et al.O se fa'apotopotoga genome maualuga e fa'amanino uiga fa'atupu o le rye ma kenera taua fa'ato'aga.Natura Genetics (2021)
Tala Fou ma Mea Taua e fa'atatau i le fa'asoaina atu o mataupu fa'amanuiaina lata mai i le Biomarker Technologies, fa'amauina o taunu'uga fa'asaienisi fou fa'apea fo'i ma auala iloga na fa'aogaina i le taimi o su'esu'ega.
Taimi meli: Ian-05-2022