16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Avantaj sèvis yo
● Izolasyon-gratis ak rapid idantifikasyon konpozisyon mikwòb nan echantiyon anviwònman an
● Segondè rezolisyon nan eleman ki ba-abondan nan echantiyon anviwònman an
● Dènye QIIME2 analize koule ak analiz divès an tèm de baz done, anotasyon, OTU / ASV.
● High-debi, pi wo presizyon
● Aplikab a divès etid kominote mikwòb
● BMK posede anpil eksperyans ak plis pase 100,000 echantiyon / ane, ki kouvri tè, dlo, gaz, boue, poupou, trip, po, bouyon fèmantasyon, ensèk, plant, elatriye.
● BMKCloud fasilite entèpretasyon done ki gen 45 zouti analiz pèsonalize
Espesifikasyon Sèvis
| SekansPlatfòm | Bibliyotèk | Rekòmande done rannman | Estimasyon tan vire |
| Platfòm Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 Jou |
Analiz bioenfòmatik
● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon
● OTU clustering/De-bri (ASV)
● Anòt OTU
● Alpha divèsite
● Beta divèsite
● Analiz ant gwoup
● Analiz asosyasyon kont faktè eksperimantal
● Fonksyon prediksyon jèn
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
PouEkstrè ADN:
| Kalite echantiyon | Kantite lajan | Konsantrasyon | Pite |
| Ekstrè ADN | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Pou echantiyon anviwònman:
| Kalite echantiyon | Pwosedi echantiyon rekòmande |
| Tè | Kantite echantiyon: approx.5 g;Rete sibstans cheche bezwen retire nan sifas la;Moulen gwo moso epi pase nan filtè 2 mm;Echantiyon alikòt nan esteril EP-tib oswa cyrotube pou rezèvasyon. |
| Poupou | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon. |
| Kontni entesten | Echantiyon yo bezwen trete nan kondisyon aseptik.Lave tisi kolekte ak PBS;Santrifize PBS a epi kolekte presipitant la nan EP-tib. |
| Boue | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon depo nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon |
| Dlo | Pou echantiyon ak kantite limite mikwòb, tankou dlo tiyo, dlo byen, elatriye, Kolekte omwen 1 L dlo epi pase nan 0.22 μm filtre anrichi mikwòb sou manbràn la.Sere manbràn nan nan tib esteril. |
| Po | Ak anpil atansyon grate sifas po a ak yon prelèvman koton esteril oswa yon lam chirijikal epi mete l nan tib esteril. |
Livrezon echantiyon rekòmande
Jele echantiyon yo nan nitwojèn likid pou 3-4 èdtan epi estoke nan nitwojèn likid oswa -80 degre nan rezèvasyon alontèm.Anbake echantiyon ak glas sèk obligatwa.
Koule Travay Sèvis
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
1.Distribisyon espès
2.Heat kat jeyografik: Espès richès gwoupman
3.Rare koub faksyon
4.NMDS analiz
5.Lefse analiz
Ka BMK
Moun ki obèz ak ak san dyabèt tip 2 montre diferan kapasite fonksyonèl mikwòb nan zantray ak konpozisyon
Pibliye:Lame selilè ak mikwòb, 2019
Estrateji sekans:
Mèg ki pa dyabèt (n = 633);Obèz ki pa dyabèt (n = 494);Obèz-Tip 2 dyabèt (n = 153);
Rejyon sib: 16S rDNA V1-V2
Platfòm: Illumina Miseq (sekans anplikon ki baze sou NGS)
Subset nan ekstrè ADN yo te sibi sekans metagenomic sou Illumina Hiseq
Rezilta kle yo
Profiling mikwòb nan maladi metabolik sa yo te avèk siksè diferansye.
Lè w konpare karakteristik mikwòb ki te pwodwi pa sekans 16S, yo te jwenn obezite ki asosye ak chanjman ki fèt nan konpozisyon mikwòb, karakteristik endividyèl yo, espesyalman siyifikatif diminisyon nan Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, elatriye. Anplis de sa, yo te jwenn T2D ki asosye ak ogmantasyon nan Escherichia/shigella. .
Referans
Thingholm, LB, et al."Moun ki obèz ak ak san dyabèt tip 2 montre diferan kapasite fonksyonèl ak konpozisyon mikwòb nan zantray."Lame selilè ak mikwòb26.2 (2019).
