Sekans metagenomik-Nanopore
Avantaj sèvis yo
● Bon jan kalite asanble-Amelyore presizyon nan idantifikasyon espès ak prediksyon jèn fonksyonèl
● Fèmen izolasyon genomic bakteri
● Plis pwisan ak serye aplikasyon nan divès zòn, tankou deteksyon mikwo-òganis patojèn oswa jèn ki gen rapò ak rezistans antibyotik.
● Analiz metagenom konparatif
Espesifikasyon Sèvis
| Platfòm | Sekans | Done rekòmande | Tan vire |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 jou travay |
Analiz bioenfòmatik
● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon
● Metagenome asanble
● Ansanm jèn ki pa redondants ak anotasyon
● Analiz divèsite espès yo
● Analiz divèsite fonksyon jenetik
● Analiz ant gwoup
● Analiz asosyasyon kont faktè eksperimantal
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
PouEkstrè ADN:
| Kalite echantiyon | Kantite lajan | Konsantrasyon | Pite |
| Ekstrè ADN | 1-1.5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Pou echantiyon anviwònman:
| Kalite echantiyon | Pwosedi echantiyon rekòmande |
| Tè | Kantite echantiyon: approx.5 g;Rete sibstans cheche bezwen retire nan sifas la;Moulen gwo moso epi pase nan filtè 2 mm;Echantiyon alikòt nan esteril EP-tib oswa cyrotube pou rezèvasyon. |
| Poupou | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon. |
| Kontni entesten | Echantiyon yo bezwen trete nan kondisyon aseptik.Lave tisi kolekte ak PBS;Santrifize PBS a epi kolekte presipitant la nan EP-tib. |
| Boue | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon depo nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon |
| Dlo | Pou echantiyon ak kantite limite nan mikwòb, tankou dlo tiyo, dlo byen, elatriye, Kolekte omwen 1 L dlo epi pase nan 0.22 μm filtre anrichi mikwòb sou manbràn la.Sere manbràn nan nan tib esteril. |
| Po | Ak anpil atansyon grate sifas po a ak yon prelèvman koton esteril oswa yon lam chirijikal epi mete l nan tib esteril. |
Livrezon echantiyon rekòmande
Jele echantiyon yo nan nitwojèn likid pou 3-4 èdtan epi estoke nan nitwojèn likid oswa -80 degre nan rezèvasyon alontèm.Anbake echantiyon ak glas sèk obligatwa.
Koule Travay Sèvis
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
1.Heatmap: Espès richès gwoupman
2.Jèn fonksyonèl anote nan chemen metabolik KEGG
3.Espès korelasyon rezo
4.Circos nan jèn rezistans antibyotik CARD
Ka BMK
Nanopore metagenomics pèmèt rapid dyagnostik klinik enfeksyon bakteri respiratwa pi ba yo
Pibliye:Nature Biotechnologie, 2019
Pwen esansyèl teknik
Sekans: Nanopore MinION
Klinik metagenomics bioinformatics: lame ADN rediksyon, WIMP ak analiz ARMA
Deteksyon rapid: 6 èdtan
Segondè sansiblite: 96.6%
Rezilta kle yo
An 2006, enfeksyon respiratwa pi ba yo (LR) te lakòz 3 milyon moun mouri nan lemonn.Metòd tipik pou deteksyon patojèn LR1 se kiltivasyon, ki gen yon sansiblite pòv, yon tan long vire epi li se mank de konsèy nan terapi antibyotik bonè.Yon dyagnostik mikwòb rapid ak egzat te yon bezwen ijan depi lontan.Doktè Justin nan University of East Anglia ak patnè li yo devlope avèk siksè yon metòd metagenomik ki baze sou Nanopore pou deteksyon patojèn.Dapre workflow yo, 99.99% nan ADN lame ka apovri.Deteksyon nan patojèn ak jèn antibyotik rezistan ka fini nan 6 èdtan.
Referans
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics pèmèt rapid dyagnostik klinik enfeksyon bakteri respiratwa pi ba yo.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
