page_head_bg

Pwodwi yo

Sekans metagenomik (NGS)

Metagenome refere a yon koleksyon total de materyèl jenetik nan yon kominote melanje nan òganis, tankou metagenome anviwònman an, metagenome imen, elatriye.Sekans metagenomik se yon zouti molekilè ki itilize pou analize materyèl jenomik melanje ki soti nan echantiyon anviwònman an, ki bay enfòmasyon detaye sou divèsite espès ak abondans, estrikti popilasyon, relasyon filojenetik, jèn fonksyonèl ak rezo korelasyon ak faktè anviwònman an.

Platfòm:Illumina NovaSeq6000


Detay Sèvis

Rezilta Demo

Etid ka

Avantaj sèvis yo

ØIzolasyon ak kiltivasyon-gratis pou pwofil kominote mikwòb

ØSegondè rezolisyon nan detekte espès ki ba-abondans nan echantiyon anviwònman an

ØLide "meta-" entegre tout karakteristik byolojik nan nivo fonksyonèl, nivo espès ak nivo jèn, ki reflete yon vi dinamik ki pi pre reyalite.

ØBMK akimile eksperyans masiv nan divès kalite echantiyon ak plis pase 10,000 echantiyon trete.

Espesifikasyon Sèvis

SekansPlatfòm

Bibliyotèk

Rekòmande done rannman

Estimasyon tan vire

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 Jou

Analiz bioenfòmatik

üKontwòl kalite done kri

üAsanble metagenom

üAnsanm jèn ki pa redondants ak anotasyon

üAnaliz divèsite espès yo

üAnaliz divèsite fonksyon jenetik

üAnaliz entè-gwoup

üAnaliz asosyasyon kont faktè eksperimantal

2

Egzanp kondisyon ak livrezon

Egzanp kondisyon yo:

PouEkstrè ADN:

Kalite echantiyon

Kantite lajan

Konsantrasyon

Pite

Ekstrè ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Pou echantiyon anviwònman:

Kalite echantiyon

Pwosedi echantiyon rekòmande

Kantite echantiyon: approx.5 g;Sibstans cheche ki rete yo dwe retire nan sifas la;Moulen gwo moso epi pase nan filtè 2 mm;Echantiyon alikòt nan esteril EP-tib oswa cyrotube pou rezèvasyon.

Poupou

Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon.

Kontni entesten

Echantiyon yo bezwen trete nan kondisyon aseptik.Lave tisi kolekte ak PBS;Santrifize PBS a epi kolekte presipitant la nan EP-tib.

Boue

Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon depo nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon.

Dlo

Pou echantiyon ak kantite limite nan mikwòb, tankou dlo tiyo, dlo byen, elatriye, Kolekte omwen 1 L dlo epi pase nan 0.22 μm filtre anrichi mikwòb sou manbràn la.Sere manbràn nan nan tib esteril.

Po

Ak anpil atansyon grate sifas po a ak yon prelèvman koton esteril oswa yon lam chirijikal epi mete l nan tib esteril.

Livrezon echantiyon rekòmande

Jele echantiyon yo nan nitwojèn likid pou 3-4 èdtan epi estoke nan nitwojèn likid oswa -80 degre nan rezèvasyon alontèm.Anbake echantiyon ak glas sèk obligatwa.

Koule Travay Sèvis

logo_02

Livrezon echantiyon

logo_04

Konstriksyon bibliyotèk

logo_05

Sekans

logo_06

Analiz done

logo_07

Sèvis apre-sale


  • Previous:
  • Pwochen:

  • 1.Histogram: Distribisyon espès yo

    3

    2.Jèn fonksyonèl anote nan chemen metabolik KEGG

    4

    3.Heat kat: Fonksyon diferans ki baze sou abondans relatif jèn54.Circos nan jèn rezistans antibyotik CARD

    6

    Ka BMK

    Prevalans nan jèn rezistans antibyotik ak patojèn bakteri sou kontinyòm rasin tè-mangrov la

    Pibliye:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Estrateji sekans:

    Materyèl: Ekstrè ADN nan kat fragman echantiyon rasin mangrov ki asosye: tè ki pa plante, rizosfè, episfè ak konpatiman andosfè.
    Platfòm: Illumina HiSeq 2500
    Objektif: Metagenome
    16S rRNA jèn rejyon V3-V4

    Rezilta kle yo

    Yo te trete sekans metagenomik ak profil metabarkod sou kontinyòm tè-rasin nan plant mangrov yo nan lòd yo etidye difizyon nan jèn rezistans antibyotik (ARGs) soti nan tè a nan plant yo.Done metagenomik te revele ke 91.4% nan jèn rezistans antibyotik yo te souvan idantifye nan tout kat konpatiman tè mansyone pi wo a, ki te montre yon mòd kontinyèl.Sekans anplikon 16S rRNA te pwodwi 29,285 sekans, ki reprezante 346 espès.Konbine ak pwofil espès pa sekans anplikon, yo te jwenn difizyon sa a endepandan de mikrobiota ki asosye ak rasin, sepandan, li ta ka fasilite pa mobil nan eleman jenetik.Etid sa a te idantifye koule ARG ak patojèn ki soti nan tè a nan plant yo atravè kontinyòm tè-rasin ki konekte.

    Referans

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalans jèn rezistans antibyotik ak patojèn bakteri sou kontinyòm rasin tè-mangrov la.Journal of Danjere Materyèl, 408, 124985.

    jwenn yon quote

    Ekri mesaj ou a isit la epi voye li ba nou

    Voye mesaj ou a ban nou: