Sekans metagenomik -NGS
Avantaj sèvis yo
● Izolasyon ak kiltivasyon-gratis pou pwofil kominote mikwòb
● Segondè rezolisyon nan detekte espès ki ba-abondans nan echantiyon anviwònman an
● Lide "meta-" entegre tout karakteristik byolojik nan nivo fonksyonèl, nivo espès ak nivo jèn, ki reflete yon vi dinamik ki pi pre reyalite.
● BMK akimile eksperyans masiv nan divès kalite echantiyon ak plis pase 10,000 echantiyon trete.
Espesifikasyon Sèvis
| Platfòm | Sekans | Done rekòmande | Tan vire |
| Platfòm Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 jou travay |
Analiz bioenfòmatik
● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon
● Metagenome asanble
● Ansanm jèn ki pa redondants ak anotasyon
● Analiz divèsite espès yo
● Analiz divèsite fonksyon jenetik
● Analiz ant gwoup
● Analiz asosyasyon kont faktè eksperimantal
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
PouEkstrè ADN:
| Kalite echantiyon | Kantite lajan | Konsantrasyon | Pite |
| Ekstrè ADN | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Pou echantiyon anviwònman:
| Kalite echantiyon | Pwosedi echantiyon rekòmande |
| Tè | Kantite echantiyon: approx.5 g;Rete sibstans cheche bezwen retire nan sifas la;Moulen gwo moso epi pase nan filtè 2 mm;Echantiyon alikòt nan esteril EP-tib oswa cyrotube pou rezèvasyon. |
| Poupou | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon. |
| Kontni entesten | Echantiyon yo bezwen trete nan kondisyon aseptik.Lave tisi kolekte ak PBS;Santrifize PBS a epi kolekte presipitant la nan EP-tib. |
| Boue | Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon depo nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon |
| Dlo | Pou echantiyon ak kantite limite nan mikwòb, tankou dlo tiyo, dlo byen, elatriye, Kolekte omwen 1 L dlo epi pase nan 0.22 μm filtre anrichi mikwòb sou manbràn la.Sere manbràn nan nan tib esteril. |
| Po | Ak anpil atansyon grate sifas po a ak yon prelèvman koton esteril oswa yon lam chirijikal epi mete l nan tib esteril. |
Livrezon echantiyon rekòmande
Jele echantiyon yo nan nitwojèn likid pou 3-4 èdtan epi estoke nan nitwojèn likid oswa -80 degre nan rezèvasyon alontèm.Anbake echantiyon ak glas sèk obligatwa.
Koule Travay Sèvis
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
1.Histogram: Distribisyon espès yo
2.Jèn fonksyonèl anote nan chemen metabolik KEGG
3.Heat kat: Fonksyon diferans ki baze sou abondans relatif jèn
4.Circos nan jèn rezistans antibyotik CARD
Ka BMK
Prevalans nan jèn rezistans antibyotik ak patojèn bakteri sou kontinyòm rasin tè-mangrov la
Pibliye:Journal of Hazardous Materials, 2021
Estrateji sekans:
Materyèl: Ekstrè ADN nan kat fragman echantiyon rasin mangrov ki asosye: tè ki pa plante, rizosfè, episfè ak konpatiman andosfè.
Platfòm: Illumina HiSeq 2500
Objektif: Metagenome
16S rRNA jèn rejyon V3-V4
Rezilta kle yo
Yo te trete sekans metagenomik ak profil metabarkod sou kontinyòm tè-rasin nan plant mangrov yo nan lòd yo etidye difizyon nan jèn rezistans antibyotik (ARG) soti nan tè a nan plant yo.Done metagenomik te revele ke 91.4% nan jèn rezistans antibyotik yo te souvan idantifye nan tout kat konpatiman tè mansyone pi wo a, ki te montre yon mòd kontinyèl.Sekans anplikon 16S rRNA te pwodwi 29,285 sekans, ki reprezante 346 espès.Konbine ak pwofil espès pa sekans anplikon, yo te jwenn difizyon sa a endepandan de mikrobiota ki asosye ak rasin, sepandan, li ta ka fasilite pa mobil nan eleman jenetik.Etid sa a te idantifye koule ARG ak patojèn ki soti nan tè a nan plant yo atravè kontinyòm tè-rasin ki konekte.
Referans
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalans jèn rezistans antibyotik ak patojèn bakteri sou kontinyòm rasin tè-mangrov la.Journal of Danjere Materyèl, 408, 124985.
