Metagenomic sekans -ngs
Yon metagenome se yon koleksyon total materyèl jenetik nan yon kominote melanje nan òganis, tankou anviwònman ak metagenomes moun. Li gen ladan jnom nan tou de cultivatable ak uncultivatable mikwo -òganis. Gè metagenomik sekans ak NGS pèmèt etid la nan sa yo paysages konplike jenomik entegre nan echantiyon anviwònman pa bay plis pase profilage taksonomik, bay tou Sur granulaire nan divèsite espès, dinamik abondans, ak estrikti popilasyon konplèks. Beyond etid taksonomik, metagenomics gè tou ofri yon pèspektiv fonksyonèl jenomik, pèmèt eksplorasyon an nan jèn kode ak wòl putatif yo nan pwosesis ekolojik. Finalman, etablisman an nan rezo korelasyon ant eleman jenetik ak faktè anviwònman kontribye nan yon konpreyansyon holistic nan entre la konplike ant kominote microbes ak background ekolojik yo. An konklizyon, sekans metagenomik kanpe kòm yon enstriman esansyèl pou demantelman sibtilite yo jenomik nan kominote divès mikwòb, limine relasyon yo plizyè aspè ant jenetik ak ekoloji nan ekosistèm sa yo konplèks.
Platfòm: Illumina Novaseq ak Dnbseq-T7
Avantaj Sèvis
●Izolasyon ak kiltivasyon-gratis metòd pou profilaj kominote microbes: Pèmèt sekans nan materyèl jenetik soti nan òganis ki pa kiltive.
●Segondè rezolisyon: Detekte espès ki ba-abondans nan echantiyon anviwònman an.
●Comprehensive analiz bioinformatics:Konsantre pa sèlman sou divèsite taksonomik, men tou sou divèsite fonksyonèl nan kominote a.
●Anpil eksperyans:Avèk yon dosye track nan avèk siksè fèmen plizyè pwojè metagenomics nan domèn rechèch ak divès kalite pwosesis plis pase 200,000 echantiyon, ekip nou an pote yon richès nan eksperyans nan chak pwojè.
Espesifikasyon Sèvis
| Platfòm sekans | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwòl kalite |
| Illumina Novaseq oswa Dnbseq-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
Kondisyon sèvis yo
| Konsantrasyon (ng/µL) | Kantite lajan total (ng) | Volim (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥ 20 |
● Tè/depo: 2-3g
● Entestinal kontni-bèt: 0.5-2g
● Kontni entesten-ensèk: 0.1-0.25g
● Sifas plant (sediman anrichi): 0.5-1g
● Fermentation bouyon anrichi sediman): 0.2-0.5g
● matyè fekal (gwo bèt): 0.5-2g
● matyè fekal (sourit): 3-5grains
● Likid lavaj alveolè poumon: papye filtre
● Vajinal prelèvman: 5-6 tanporè
● Po/jenital prelèvman/krache/oral tisi mou/faringèl prelèvman/rectal prelèvman: 2-3 tanpon
● Mikwo-òganis sifas: 5-6 tanporè
● waterbody/lè/biofilm: papye filtre
● Endofit: 2-3g
● Plak dantè: 0.5-1g
Sèvis koule travay
Livrezon echantiyon
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
Gen ladan analiz sa a:
● Sekans kontwòl kalite done
● Asanble metagenome ak prediksyon jèn
● Anotasyon jèn
● Analiz divèsite alfa taksonomik
● Analiz fonksyonèl nan kominote a: fonksyon byolojik, metabolik, rezistans antibyotik
● Analiz sou tou de divèsite fonksyonèl ak taksonomik:
Analiz beta divèsite
Analiz entè-gwoup
Analiz korelasyon: ant faktè anviwònman ak konpozisyon soti ak divèsite
Analiz fonksyonèl: kat rezistans antibyotik
Diferansyèl analiz de chemen metabolik KEGG: Heatmap nan wout enpòtan
Alpha Divèsite nan Distribisyon Taksonomik: Ace Index
Beta Divèsite nan Distribisyon Taksonomik: PCOA
Eksplore pwogrè yo fasilite pa BMKGENE a metagenome sèvis sekans ak Illumina nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon.
Hai, K. et al. (2023) 'analiz metagenomic ak metabolomik nan chanjman ki fèt nan sa ki nan entesten nan lakansyèl Trout (Oncorhynchus mykiss) enfekte ak enfeksyon viris necrosis ematopyotik nan diferan tanperati dlo kilti',Frontiers nan mikrobyoloji, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Kominote mikwòb, jèn rezistans, ak risk rezistans nan lak iben nan diferan eta twofik: lyen entèn ak enfliyans ekstèn',Journal of danjere materyèl avans, 9, p. 100233. DOI: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'analiz metagenomik devwale diferans nan konpozisyon ak fonksyon ant likid ki asosye ak mikwo-òganis ki asosye ak solid nan mouton yo',Frontiers nan mikrobyoloji, 13, p. 851567. DOI: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'obèz ningxiang kochon-sòti mikrobiota rewires metabolis carnitine ankouraje nan misk depo asid gra nan kochon mèg dly',Inovasyon an, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomic Sur nan risk ki genyen nan potansyèl nan reprezantan biyo/ki pa Peye-degradabl plastik ak ki pa Peye-plastik debri nan rive yo anwo ak pi ba nan Haihe estuary, Lachin',Syans nan anviwònman an total, 887, p. 164026. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
