Sekansaj Metajenomik -NGS
Yon metajenom se yon koleksyon materyèl jenetik total yon kominote melanje òganis, tankou metajenom anviwònman ak metajenom imen. Li gen ladan l jenòm mikwo-òganis ki ka kiltive ak ki pa ka kiltive. Sekansaj metajenomik shotgun ak NGS pèmèt etid peizaj jenomik konplèks sa yo entegre nan echantiyon anviwònman yo lè li bay plis pase pwofilaj taksonomik, li bay tou enfòmasyon detaye sou divèsite espès, dinamik abondans, ak estrikti popilasyon konplèks. Anplis etid taksonomik yo, metajenomik shotgun ofri tou yon pèspektiv jenomik fonksyonèl, ki pèmèt eksplorasyon jèn kode ak wòl putatif yo nan pwosesis ekolojik yo. Finalman, etablisman rezo korelasyon ant eleman jenetik ak faktè anviwònman yo kontribye nan yon konpreyansyon holistic sou entèraksyon konplèks ki genyen ant kominote mikwòb yo ak background ekolojik yo. An konklizyon, sekansaj metajenomik kanpe kòm yon enstriman esansyèl pou demele konpleksite jenomik divès kominote mikwòb yo, li mete aksan sou relasyon miltifasèt ki genyen ant jenetik ak ekoloji nan ekosistèm konplèks sa yo.
Platfòm: Illumina NovaSeq ak DNBSEQ-T7
Avantaj Sèvis yo
●Metòd Izolasyon ak San Kiltivasyon pou Pwofilaj Kominote MikwòbPèmèt sekans materyèl jenetik ki soti nan òganis ki pa ka kiltive.
●Rezolisyon SegondèDetekte espès ki pa gen anpil nan echantiyon anviwònman yo.
●Analiz byoenformatik konplè:Konsantre non sèlman sou divèsite taksonomik men tou sou divèsite fonksyonèl kominote a.
●Eksperyans vaste:Avèk yon palmarès nan siksè nan plizyè pwojè metajenomik nan divès domèn rechèch ak nan pwosesis plis pase 200,000 echantiyon, ekip nou an pote yon richès eksperyans nan chak pwojè.
Espesifikasyon Sèvis yo
| Platfòm sekansaj | Estrateji Sekans | Done rekòmande | Kontwòl kalite |
| Illumina NovaSeq oubyen DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Egzijans Sèvis yo
| Konsantrasyon (ng/µL) | Kantite total (ng) | Volim (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tè/labou: 2-3g
● Kontni entesten-animal: 0.5-2g
● Kontni entesten-ensèk: 0.1-0.25g
● Sifas plant (sediman anrichi): 0.5-1g
● Sediman rich ak bouyon fèmantasyon): 0.2-0.5g
● Poupou (gwo bèt): 0.5-2g
● Poupou (sourit): 3-5 grenn
● Likid lavaj alveolè poumonè: papye filtre
● Presyon vajinal: 5-6 presyon
● Presyon po/jenital/krach/tisi mou nan bouch/presyon farinjyen/presyon rektal: 2-3 presyon
● Mikwo-òganis sifas: 5-6 ti koton
● Kò dlo/lè/biofilm: papye filtre
● Andofit: 2-3g
● Plak Dantè: 0.5-1g
Koule Travay Sèvis la
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekansaj
Analiz done
Sèvis apre-lavant
Gen ladan analiz sa yo:
● Kontwòl kalite done sekans
● Asanblaj metajenòm ak prediksyon jèn
● Anotasyon jèn
● Analiz divèsite alfa taksonomik
● Analiz fonksyonèl kominote a: fonksyon byolojik, metabolik, rezistans antibyotik
● Analiz sou divèsite fonksyonèl ak taksonomik:
Analiz divèsite beta
Analiz entè-gwoup
Analiz korelasyon: ant faktè anviwònman yo ak konpozisyon ak divèsite OUT la
Analiz fonksyonèl: rezistans antibyotik CARD
Analiz diferansyèl chemen metabolik KEGG yo: kat chalè chemen enpòtan yo
Divèsite alfa nan distribisyon taksonomik: endèks ACE
Divèsite beta nan distribisyon taksonomik: PCoA
Eksplore avansman sèvis sekansaj metajenòm BMKGene yo fasilite avèk Illumina atravè yon koleksyon piblikasyon ki byen òganize.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analiz metajenomik ak metabolomik chanjman nan kontni entesten trout lakansyèl (Oncorhynchus mykiss) enfekte ak viris nekwoz ematopoyetik enfeksyon nan diferan tanperati dlo kilti',Fwontyè nan Mikwobyoloji, 14, paj 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Kominote mikwòb, jèn rezistans, ak risk rezistòm nan lak iben nan diferan eta trofik: Lyen entèn ak enfliyans ekstèn',Jounal Avansman Materyèl Danjere, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analiz metajenomik revele diferans nan konpozisyon ak fonksyon ant mikwo-òganis ki asosye ak likid ak solid nan rumen mouton',Fwontyè nan Mikwobyoloji, 13, paj 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikwobyota ki sòti nan kochon Ningxiang ki obèz la rekable metabolis karnitin pou ankouraje depo asid gra nan misk nan kochon mèg ki poko gen laj pou jounen an',Inovasyon an, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Apèsi metajenomik sou risk potansyèl ki genyen nan plastik byo/ki pa degradab reprezantatif ak debri ki pa plastik nan pati siperyè ak enferyè estyè Haihe, Lachin',Syans Anviwònman Total la, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
