Kat chalè
Zouti Heatmap la aksepte yon fichye done matris kòm done antre epi li pèmèt itilizatè yo filtre, nòmalize epi gwoupe done yo. Prensipal ka itilizasyon pou heatmaps se analiz gwoupman nivo ekspresyon jèn ant diferan echantiyon yo.
Anotasyon Jèn
Zouti Annotasyon Jèn lan fè anotasyon jèn ki baze sou aliyman sekans fichye FASTA yo parapò ak plizyè baz done.
Zouti Rechèch Aliyman Lokal Debaz (BLAST)
Zouti BLAST la se yon vèsyon NCBI BLAST entegre ak BMKCloud epi li ka itilize pou fè menm fonksyon yo lè l sèvi avèk done ki telechaje nan kont BMKCloud la.
Prediksyon CDS_UTR
Zouti Prediksyon CDS_UTR la fèt pou predi rejyon kodan (CDS) ak rejyon ki pa kodan (UTR) nan sekans transkripsyon yo bay, baze sou rezilta BLAST kont baz done pwoteyin li te ye ak rezilta prediksyon ORF.
Konplo Manhattan
Zouti Manhattan Plot la pèmèt ekspozisyon eksperyans ki gen anpil echantiyon epi li souvan itilize nan etid asosyasyon sou tout jenòm lan (GWAS).
Dyagram Sik
Zouti dyagram CIRCOS la bay yon vizyalizasyon efikas sou kijan karakteristik jenomik yo distribye atravè jenòm lan. Karakteristik komen yo enkli lokus kantitatif, SNP, InDels, varyant estriktirèl ak nimewo kopi.
Anrichisman Ontoloji Jèn (GO)
Zouti Anrichisman GO a bay analiz anrichisman fonksyonèl. Lojisyèl prensipal ki nan zouti sa a se pake TopGO-Bioconductor, ki gen ladan analiz ekspresyon diferansyèl, analiz anrichisman GO ak vizyalizasyon rezilta yo.
Analiz Rezo Ko-ekspresyon Jèn Pondere (WGCNA)
WGCNA se yon metòd eksplorasyon done ki lajman itilize pou dekouvri modil ko-ekspresyon jèn. Li aplikab a plizyè ansanm done ekspresyon tankou done ekspresyon jèn microarray ak NGS.
InterProScan
Zouti InterProScan an bay analiz ak klasifikasyon sekans pwoteyin InterPro.
Anrichisman GO KEGG
Zouti anrichisman GO KEGG la fèt pou jenere yon istogram anrichisman GO, yon istogram anrichisman KEGG ak yon chemen anrichisman KEGG ki baze sou yon seri jèn yo bay ak anotasyon ki koresponn lan.