Analiz Segregan an gwo

Bulked segregant analysis (BSA) se yon teknik ki itilize pou idantifye byen vit fenotip ki asosye makè jenetik yo.Flux travay prensipal nan BSA gen chwazi de gwoup moun ki gen fenotip trè opoze, mete ADN nan tout moun yo fòme de esansyèl nan ADN, idantifye sekans diferans ant de pisin.Teknik sa a te itilize anpil nan idantifye makè jenetik fòtman ki asosye pa jèn vize nan jenom plant / bèt.

Kontakte nou

Detay Sèvis

Rezilta Demo

Etid ka

Avantaj sèvis yo

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Lokalizasyon egzat: Melanje bulks ak 30 + 30 a 200 + 200 moun pou minimize bri background;prediksyon rejyon kandida ki pa sinonim ki baze sou mutan.

● Analiz konplè: an pwofondè kandida fonksyon jèn anotasyon, ki gen ladan NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, elatriye.

● Pi vit tan rotation: Rapid lokalizasyon jèn nan 45 jou travay.

● Eksperyans anpil: BMK te kontribye nan plizyè milye lokalizasyon karakteristik, ki kouvri divès espès tankou rekòt, pwodwi akwatik, forè, flè, fwi, elatriye.

Espesifikasyon Sèvis

Popilasyon:
Segregasyon pitit paran ak fenotip opoze.
pa egzanp, pitit F2, Backcrossing (BC), liy recombinant enbred (RIL)

Melanje pisin
Pou karakteristik kalitatif: 30 a 50 moun (minimòm 20) / esansyèl
Pou tratis quantitative: pi wo 5% a 10% moun ki gen swa fenotip ekstrèm nan tout popilasyon an (minimòm 30+30).

Pwofondè sekans rekòmande
Omwen 20X/paran ak 1X/pitit moun (egzanp pou pisin melanje pitit 30+30 moun, pwofondè sekans yo pral 30X pou chak bulk)

Analiz bioenfòmatik

● Resekans genomic antye

● Pwosesis done

● SNP/Indel rele

● Depistaj rejyon kandida yo

● Annotasyon fonksyon jèn kandida

Egzanp kondisyon ak livrezon

Egzanp kondisyon:

Nukleotid:

echantiyon gDNA	Echantiyon tisi
Konsantrasyon: ≥30 ng/μl	Plant: 1-2 g
Kantite lajan: ≥2 μg (Volòn ≥15 μl)	Bèt: 0.5-1 g
Pite: OD260/280= 1.6-2.5	San antye: 1.5 ml

Koule Travay Sèvis

Eksperyans konsepsyon

Livrezon echantiyon

RNA ekstraksyon

Konstriksyon bibliyotèk

Sekans

Analiz done

Sèvis apre-sale

Previous: Jenomik konparatif

Pwochen: Jenetik evolisyonè

1.Association analiz baz sou Euclidean Distans (ED) pou idantifye rejyon kandida.Nan figi sa a

X-aks: Nimewo kwomozòm;Chak pwen reprezante yon valè ED nan yon SNP.Liy Nwa a koresponn ak valè ED ekipe.Yon valè ED ki pi wo endike yon asosyasyon ki pi enpòtan ant sit la ak fenotip la.Liy priz wouj reprezante papòt asosyasyon enpòtan.

mRNA-FLNC-li-longè-distribisyon

2.Association analiz ki baze pa gen okenn SNP-endèks

X-aks: Nimewo kwomozòm;Chak pwen reprezante valè SNP-endèks.Liy nwa a vle di valè SNP-endèks ekipe.Pi gwo valè a, se plis enpòtan asosyasyon an.

mRNA-Konplete-ORF-longè-distribisyon

Ka BMK

Fnl7.1 kode yon anbriogenesis an reta abondan pwoteyin ki asosye ak longè kou fwi nan konkonb.

Pibliye: Plant Biotechnologie Journal, 2020

Estrateji sekans:

Paran (Jin5-508, YN): Resekans genomic antye pou 34× ak 20×.

Pisin ADN (50 kou long ak 50 kou kout): Resekans pou 61 × ak 52 ×

Rezilta kle yo

Nan etid sa a, segregasyon popilasyon (F2 ak F2: 3) te pwodwi pa travèse liy konkonb kou long Jin5-508 ak kout kou YN.De pisin ADN te konstwi pa 50 moun ekstrèm kou long ak 50 moun ekstrèm kou kout.Gwo-efè QTL te idantifye sou Chr07 pa analiz BSA ak kat QTL tradisyonèl yo.Rejyon kandida a te vin pi plis redui pa amann kat, quantifikasyon ekspresyon jèn ak eksperyans transjenik, ki te revele jèn kle nan kontwole kou-longè, CsFnl7.1.Anplis de sa, yo te jwenn polimòfis nan rejyon pwomotè CsFnl7.1 ki asosye ak ekspresyon ki koresponn lan.Pli lwen analiz filogenetik sijere ke Fnl7.1 locus gen anpil chans pou soti nan peyi Zend.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

QTL-kat nan analiz BSA yo idantifye rejyon kandida ki asosye ak longè kou konkonb

LOD pwofil konkonb kou-longè QTL idantifye sou Chr07

Referans

Xu, X., et al."Loks karakteristik pi gwo-efè quantitative Fnl7.1 la kode yon anbriogenesis an reta abondan pwoteyin ki asosye ak longè kou fwi nan konkonb."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).