Eukarióta mRNS szekvenálás-NGS
Jellemzők
● Opcionális irányított mRNS könyvtár előkészítés a szálspecifikus szekvenálási adatok megszerzéséhez
● Különböző BI elemzések lefedik ügyfeleink minden igényét
Előnyök
●Kiterjedt szakértelemTöbb mint 600 000 mintát dolgoztunk fel, amelyek változatos mintatípusokat öleltek fel, például sejtkultúrákat, szöveteket és testnedveket. Minden projekthez szakértelmünk gazdagságát hozzuk.
●Szigorú minőségellenőrzésAlapvető ellenőrzési pontokat alkalmazunk minden szakaszban, a minta-előkészítéstől a könyvtárkészítésen át a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Gondos monitorozásunk biztosítja az eredmények következetesen kiváló minőségét.
●Átfogó jegyzetekTöbb adatbázist használunk a differenciálisan expresszált gének (DEG) funkcionális annotálásához és a megfelelő dúsulási elemzések elvégzéséhez. Ez az átfogó megközelítés betekintést nyújt a transzkriptomválasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba, biztosítva, hogy minden lehetséges információt megkapjon a kísérlet adatairól.
●Értékesítés utáni támogatásTudjuk, mennyire fontos a jelenlét, ezért elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal is kiterjed. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdéseket feltevéssel segítünk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásában.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| Poli A-dúsított | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
Minimális mintakövetelmények:
| Koncentráció (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás | |
| Standard könyvtár | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | Növények esetében: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
| Iránykönyvtár | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | Növények esetében: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
| növények | Állati | ízeltlábúak | Teljes vér | Sejtek |
| Gyökér, szár vagy sziromlevél: 450 mg Levél vagy mag: 300 mg Gyümölcs: 1,2 g | Szív vagy bélrendszer: 300 mg Zsigeri szervek vagy agy: 240 mg Izom: 450 mg Csontok, haj vagy bőr: 1 g | Rovarok: 6g Rákfélék: 300 mg | 1 cső | 106 sejt |
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (Alufólia használata nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoportosítás+replikáció pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zacskókba kell csomagolni és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-tablet kémcsövek: Az RNS-mintákat RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) lehet szárítani és szobahőmérsékleten szállítani.
Mintakövetelmények és szállítás
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
A rendelkezésre álló referencia genommal rendelkező minták esetében a BI elemzés a következő:
ØNyers adatok minőségellenőrzése
ØReferencia genom igazítás
ØÁtiratszerkezet-elemzés
ØExpresszió kvantifikálása
ØDifferenciális expressziós elemzés
ØFunkcióannotáció és dúsítás
Referencia genom nélküli minták esetén ez a lehetőség áll rendelkezésre:
• Nyers adatok minőségellenőrzése
•Szerkezetoptimalizálással ellátott összeszerelés
•Differenciális expressziós elemzés
•Funkcióannotáció és dúsítás
Referencia genom igazítás
Adattelítettség
Minta korreláció és biológiai replikátumok értékelése
Differenciálisan expresszált gének (DEG-ek)
A differenciálódás-függőségek (DEG-ek) funkcionális annotációja
A differenciálódott gének funkcionális gazdagítása
Fedezze fel a BMKGene eukarióta NGS mRNS szekvenálási szolgáltatásai által lehetővé tett fejlesztéseket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Huang, L. és munkatársai (2023) „A triklozán és a triklokarbán gyengíti az aranyhalak szaglóképességét azáltal, hogy korlátozza a szagfelismerést, megzavarja a szaglási jelátvitelt és megzavarja a szaglási információfeldolgozást”,Vízkutatás, 233., 119736. o. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ és munkatársai (2023) „Az Aspergillus fumigatus az emberi p11 fehérje megzavarásával a gombákat tartalmazó fagoszómákat nem lebontó útvonalra irányítja át”,Sejtgazda és mikroba, 31(3), 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. és munkatársai (2022) „A Ma bambusz (Dendrocalamus latiflorus Munro) hajtásfejlődésében szerepet játszó TCP transzkripciós faktorok”,Határok a növénytudományban, 13., 884443. o. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. és munkatársai (2022) „A Chrysanthemum lavandulifolium genomja és a különféle virágfejecskék típusait meghatározó molekuláris mechanizmus”,Kertészeti kutatás, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie és munkatársai (2023) „Kaszkád nanoreaktor a vastagbélrák szonodinamikus terápiájának fokozására szinergikus ROS-fokozás és autofágia-gátlás révén”,Nano ma, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
