Hőtérkép
A Heatmap eszköz mátrix adatfájlokat fogad bemenetként, és lehetővé teszi a felhasználók számára az adatok szűrését, normalizálását és klaszterezését. A hőtérképek elsődleges felhasználási esete a különböző minták közötti génexpressziós szint klaszteranalízise.
Gén annotáció
A Gene Annotation eszköz a bemeneti FASTA fájlok különböző adatbázisokkal való szekvencia-illesztése alapján végzi a gén-annotációkat.
Alapvető helyi igazításkereső eszköz (BLAST)
A BLAST eszköz az NCBI BLAST BMKCloud integrált verziója, és ugyanazon funkciók végrehajtására használható a BMKCloud fiókba feltöltött adatok felhasználásával.
CDS_UTR előrejelzés
A CDS_UTR predikciós eszközt arra tervezték, hogy a BLAST eredmények alapján, ismert fehérje-adatbázisokkal és ORF predikciós eredményekkel összehasonlítva megjósolja a kódoló régiókat (CDS) és a nem kódoló régiókat (UTR) adott transzkriptumszekvenciákban.
Manhattan-i telek
A Manhattan Plot eszköz lehetővé teszi a nagymintás kísérletek megjelenítését, és gyakran használják a genomszintű asszociációs vizsgálatokban (GWAS).
Kördiagram
A CIRCOS Diagram eszköz hatékony vizualizációt biztosít a genomiális jellemzők eloszlásáról a genomban. A közös jellemzők közé tartoznak a kvantitatív lókuszok, az SNP-k, az InDel-ek, valamint a szerkezeti és kópiaszám-variánsok.
Gén ontológia (GO) dúsítás
A GO Enrichment eszköz funkcionális dúsítási elemzést biztosít. Az eszköz elsődleges szoftvere a TopGO-Bioconductor csomag, amely tartalmazza a differenciális expressziós elemzést, a GO dúsítási elemzést és az eredmények vizualizációját.
Súlyozott génkoexpressziós hálózati elemzés (WGCNA)
A WGCNA egy széles körben használt adatbányászati módszer a génkoexpressziós modulok feltárására. Különböző expressziós adatkészletekre alkalmazható, beleértve a microarray és az NGS génexpressziós adatokat.
InterProScan
Az InterProScan eszköz InterPro fehérjeszekvencia-elemzést és -osztályozást biztosít.
GO KEGG dúsítás
A GO KEGG dúsító eszköz célja, hogy GO dúsítási hisztogramot, KEGG dúsítási hisztogramot és KEGG dúsítási útvonalat generáljon egy megadott génkészlet és a hozzá tartozó annotáció alapján.
